發(fā)布時(shí)間：2020-12-27 10:50

　　雪蓮在我國(guó)新疆、青海、甘肅、四川、云南和西藏等省區(qū)的高海拔、寒冷地區(qū)均有分布,主產(chǎn)于新疆的天山、昆侖山等地區(qū),是一種高原多年生珍稀草本植物。雪蓮不僅具有很強(qiáng)的抗寒性和適應(yīng)惡劣環(huán)境的能力,還演化出一套能在高海拔的冰川上旺盛生長(zhǎng)并適應(yīng)缺氧環(huán)境的形態(tài)通氣結(jié)構(gòu),以維持其呼吸作用的進(jìn)行。線粒體能夠維持雪蓮在低溫下生長(zhǎng)的能量供給,保證其形態(tài)建成和對(duì)生理功能的調(diào)控。對(duì)其線粒體基因組的組裝與分析,能為從更深層次上去分析其低溫呼吸機(jī)制,以及低溫條件下的核質(zhì)互作,并為逆境脅迫耐受機(jī)制等研究打下堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。本研究主要內(nèi)容為:以兩種不同的組裝方法對(duì)雪蓮線粒體基因進(jìn)行組裝,并對(duì)組裝結(jié)果進(jìn)行分析,比較分析兩種方法之間的優(yōu)缺點(diǎn),為下一步分析基因組分析打定基礎(chǔ)。本實(shí)驗(yàn)組裝策略:第一種方法是從測(cè)序數(shù)據(jù)中將能與核基因組和葉綠體基因組比對(duì)上的reads去除,然后使用剩下的reads進(jìn)行組裝得到雪蓮線粒體基因組;但由于雪蓮核基因組是未知的,本研究使用與雪蓮?fù)瑢倬湛魄矣H緣關(guān)系較近的向日葵核基因組,代替雪蓮核基因組進(jìn)行雪蓮線粒體reads的篩選。第二種方法利用三代數(shù)據(jù)讀長(zhǎng)較長(zhǎng)的特點(diǎn),與二代數(shù)據(jù)進(jìn)行混合組裝,然后從中篩選出線粒體c... 

【文章來(lái)源】：石河子大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：70 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

RS41蘿卜線粒體環(huán)形基因組GenemapFig1.TheringgenomeofradishRS41向日葵線粒體基因組的主復(fù)制環(huán)長(zhǎng)度為300945bp，平均GC含量為45％，

illumina邊合成邊測(cè)序原理

半導(dǎo)體芯片測(cè)序技術(shù)Fig3.TheprincipleofIonTorrent隨著測(cè)序技術(shù)的不斷進(jìn)步，出現(xiàn)了第三代高通量測(cè)序技術(shù)，該技術(shù)又被稱為單分子測(cè)序技術(shù)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]新疆天山雪蓮轉(zhuǎn)錄組注解知識(shí)庫(kù)[J]. 李錦,嚴(yán)潘瑤,錢(qián)飛箭,邱寶義,夏雯雯,牟曉威,邱麗娟,林忠平,陳銘,祝建波,陳賢豐.  植物學(xué)報(bào). 2017(04)
[2]蘿卜葉綠體及線粒體基因組測(cè)序與組裝[J]. 段乃彬,王俊峰,白靜,謝坤,王效睦.  分子植物育種. 2015(11)
[3]基于Illumina HiSeq 2000測(cè)序技術(shù)對(duì)當(dāng)歸根的轉(zhuǎn)錄組特性研究[J]. 楊杰,王金權(quán),丁維俊,李煒弘,劉宏偉.  中草藥. 2015(08)
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[8]轉(zhuǎn)天山雪蓮冷調(diào)節(jié)蛋白基因煙草的獲得及其抗寒性鑒定[J]. 郭新勇,程晨,王重,王恒良,喻娜,王愛(ài)英,祝建波.  西北植物學(xué)報(bào). 2012(01)
[9]第三代測(cè)序技術(shù):單分子即時(shí)測(cè)序[J]. 劉巖,吳秉銓.  中華病理學(xué)雜志. 2011 (10)
[10]新疆雪蓮化學(xué)成分的分離與鑒定[J]. 侯朋藝,黃健,孫博航,吳立軍,高慧媛.  沈陽(yáng)藥科大學(xué)學(xué)報(bào). 2011(02)

博士論文
[1]蝗蟲(chóng)微孢子蟲(chóng)寄生飛蝗的分子基礎(chǔ)[D]. 陳龍欣.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017

碩士論文
[1]裙帶菜Undaria pinnatifida線粒體全基因組研究及藻類(lèi)線粒體基因組比較分析[D]. 李天勇.中國(guó)海洋大學(xué) 2014



本文編號(hào)：2941612