【摘要】：長鏈非編碼RNA(lncRNA)是許多生物過程中的調(diào)控因子。其中,基因間lncRNA(lincRNA)是一類重要的lncRNA,但其在植物(特別是作物)中的功能研究仍然非常有限。玉米(Zea mays L)作為一種主要的經(jīng)濟作物,它的用途廣泛,具有很高的經(jīng)濟價值。此外,玉米基因組極其復雜。隨著基因組注釋信息的不斷更新,lincRNA的研究逐漸受到關(guān)注,并發(fā)現(xiàn)其可能在玉米生長和發(fā)育中起著重要的調(diào)控作用。本研究通過大規(guī)模RNA-Seq數(shù)據(jù)整合分析,在玉米全基因組范圍內(nèi)展開了lincRNA的鑒定、特征分析和功能注釋研究。具體研究結(jié)果如下:1.研發(fā)出一套lincRNA的生物信息學分析流程,通過拼接145組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)并整合已發(fā)表的lncRNA數(shù)據(jù),鑒定出3,292條高置信的玉米lincRNAs。2.lincRNA與mRNA相比,長度更短,表達水平較低,且存在較明顯的組織特異性。lincRNA與鄰近基因的表達存在相似性。通過與擬南芥,水稻和大豆的lincRNA比對,鑒定出446條具有位置保守性的玉米lincRNAs。3.基因共表達分析發(fā)現(xiàn)lincRNA參與花發(fā)育、葉綠體光合作用、脅迫響應(yīng)等重要生物學過程,并與bHLH,NAC,C2H2,MYB,WRKY等轉(zhuǎn)錄因子家族基因存在共表達關(guān)系。4.GWAS分析鑒定出8個與雄穗分枝數(shù),穗葉長等農(nóng)藝性狀顯著相關(guān)的SNPs,這些SNPs與16個lincRNAs相關(guān)聯(lián)。
【學位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：S513
【圖文】：

lncRNA的分類(Maetal.2013)

圖 1-2 RNA-Seq 方法操作流程(Wang et al. 2009)Figure 1-2 Atypical RNA-Seq experiment(Wang et al. 2009).2 共表達分析生物過程和細胞調(diào)控網(wǎng)絡(luò)非常復雜，涉及各種分子如蛋白質(zhì)，RNA 和 DNA 的相互

圖 1-3 WGCNA 方法綜述(Langfelder et al. 2008)Figure 1-3 Overview of WGCNAmethodology(Langfelder et al. 2008)轉(zhuǎn)錄因子分子生物學中，轉(zhuǎn)錄因子（TF）（或序列特異性 DNA 結(jié)合因子）是通過結(jié)

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8 王擇;又到玉米購種時 擦亮眼睛要注意[N];山西科技報;2019年

9 作物栽培專家 梁p芎

本文編號：2796450