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野生二粒小麥面粉加工品質(zhì)相關(guān)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析及高分子量谷蛋白亞基基因1Ax1的克隆

發(fā)布時(shí)間:2020-05-22 16:22
【摘要】:野生二粒小麥(Triticum dicoccoides L.,2n=4x=28,AABB)被認(rèn)為是普通小麥(Triticum aestivum L.,2n=6x=42,AABBDD)染色體組AABB的供體種,含有很多有益性狀,包括抗病性強(qiáng)、蛋白質(zhì)和微量元素含量高等,是改良普通小麥的重要基因資源。面粉加工品質(zhì)性狀是由多基因控制的數(shù)量性狀,受環(huán)境影響較大,表現(xiàn)為連續(xù)變異,遺傳基礎(chǔ)較為復(fù)雜。利用高密度的SNP標(biāo)記對(duì)野生二粒小麥的面粉加工品質(zhì)相關(guān)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,挖掘其蘊(yùn)含的有益的基因位點(diǎn),可以豐富小麥的遺傳基礎(chǔ),為小麥的面粉加工品質(zhì)改良提供新的基因資源。本研究以來自中東地區(qū)的121份野生二粒小麥為材料,在輝縣、商丘和開封3個(gè)地點(diǎn)進(jìn)行田間試驗(yàn),結(jié)合小麥55K SNP芯片上來自A、B染色體組上的多態(tài)性位點(diǎn),對(duì)野生二粒小麥的面粉加工品質(zhì)相關(guān)性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,為小麥品質(zhì)育種提供優(yōu)異位點(diǎn);同時(shí)以面粉加工品質(zhì)較好的野生二粒小麥J129為材料,利用定向缺失亞克隆技術(shù),克隆出了一個(gè)新的高分子量谷蛋白亞基1Ax1基因,取得如下結(jié)果:(1)對(duì)121份野生二粒小麥的面粉加工品質(zhì)性狀:淀粉含量、蛋白含量、濕面筋含量、沉降值、吸水率、面筋指數(shù)和粉質(zhì)延伸度性狀考察分析,結(jié)果表明:在3個(gè)地點(diǎn)的材料7個(gè)品質(zhì)性狀均存在廣泛的變異,變異系數(shù)最大的是粉質(zhì)延伸度(FE),為33.42%,最小的是淀粉含量(GSC),為5.84%。方差分析結(jié)果顯示,7個(gè)品質(zhì)性狀基因型間差異、環(huán)境間差異以及基因型與環(huán)境互作差異均達(dá)顯著水平,表明基因型和環(huán)境對(duì)性狀變異均有顯著影響。廣義遺傳率分析表明蛋白含量(GPC)遺傳率最大,為32%;吸水率(WA)的遺傳率最小,為11%。相關(guān)性分析結(jié)果顯示:蛋白含量與濕面筋含量、沉降值呈極顯著正相關(guān),濕面筋含量與吸水率呈極顯著正相關(guān),粉質(zhì)延伸度與蛋白含量呈極顯著正相關(guān),面筋指數(shù)與蛋白質(zhì)含量、濕面筋含量呈極顯著負(fù)相關(guān)。(2)基于小麥55K SNP芯片中來自A、B染色體組上的10907個(gè)高質(zhì)量的多態(tài)性SNP標(biāo)記,對(duì)121份野生二粒小麥進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明:共鑒定出1840個(gè)位點(diǎn)與面粉加工品質(zhì)性狀顯著相關(guān)的位點(diǎn),其中有714個(gè)區(qū)段,這些SNP位點(diǎn)在野生二粒小麥的1-7A和1-7B染色體上均有分布,其中,在1A染色體上分布的標(biāo)記最多達(dá)到332個(gè),在6B染色體上分布的標(biāo)記最少僅有72個(gè),所有關(guān)聯(lián)位點(diǎn)表型變異解釋率(R~2)總幅度為8.3%-26.4%。淀粉含量和蛋白含量的穩(wěn)定關(guān)聯(lián)位點(diǎn)最多。檢測(cè)到與淀粉含量相關(guān)的穩(wěn)定的關(guān)聯(lián)區(qū)段/位點(diǎn)有16個(gè)(區(qū)段3個(gè)),分布在1A、4A、1B、3B、4B、5B染色體上,且1B(372.30-374.91 Mb)、4A(121.05-121.21 Mb)、5B(142.67-144.87 Mb)染色體上定位到的穩(wěn)點(diǎn)關(guān)聯(lián)位點(diǎn)最多;檢測(cè)到與蛋白含量相關(guān)的穩(wěn)定的關(guān)聯(lián)區(qū)段/位點(diǎn)有14個(gè)(區(qū)段1個(gè)),分布在2A、3A、4A、5A、6A、3B、6B、7B染色體上,且7B(50.30-50.78Mb)染色體上定位到的穩(wěn)點(diǎn)關(guān)聯(lián)位點(diǎn)最多;檢測(cè)到與濕面筋含量相關(guān)的穩(wěn)定的關(guān)聯(lián)區(qū)段有1個(gè),分布在7A(510.65-510.83 Mb)染色體上;檢測(cè)到與沉降值相關(guān)的穩(wěn)定的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)有1個(gè),分布在1B染色體上,物理位置為289.53 Mb;檢測(cè)到與粉質(zhì)延伸度相關(guān)的穩(wěn)定的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)有5個(gè),分布在1A、2A、6A、3B、6B染色體上,其物理位置分別為518.77 Mb、95.16Mb、74.45Mb、23.38 Mb和16.40 Mb。另外,對(duì)121份野生二粒小麥的相關(guān)性狀關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)進(jìn)行候選基因預(yù)測(cè)和功能注釋,結(jié)果表明這些位點(diǎn)在小麥及其近緣種中主要與抗病蛋白、細(xì)胞色素、轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、結(jié)構(gòu)蛋白以及蛋白激酶等相關(guān)。(3)以野生二粒小麥J129為材料,通過定向缺失亞克隆的方法獲得了高分子量谷蛋白亞基Ax基因序列,通過序列分析比對(duì),顯示J129-1Ax1基因序列與已發(fā)布的HMW-GS的x型亞基基因結(jié)構(gòu)一致,其具有的氨基酸序列與其它Ax亞基基因序列相比多了一個(gè)九肽PTQGQQGQQ序列,該結(jié)構(gòu)可能影響蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的形成與穩(wěn)定。此外,J129-1Ax1亞基中的谷氨酰胺(Q)、α-螺旋和β-折疊的含量較高,因此推測(cè),該亞基基為能增加面團(tuán)彈性的優(yōu)質(zhì)基因。
【圖文】:

直方圖,野生二粒小麥,頻數(shù)分布,表型


圖 2-1 121 份野生二粒小麥的表型頻數(shù)分布直方圖注:a:淀粉含量;b:蛋白含量;c:濕面筋含量;d:沉降值;e:吸水率;f:面筋指數(shù);g:粉質(zhì)延伸度。Fig 2-1 Histogram of phenotypic frequency distribution of 121 T.dicoccoidesNote: a: GSC (Grain starch content); b: GPC (Grain protein content); c: WGC (Wet gluten conted: SV (Sedimentation value); e: WA(Water absorption); f: GI (Gluten index); g: FE(Flour extensi

野生二粒小麥,群體結(jié)構(gòu)


圖 2-2 121 份野生二粒小麥的群體結(jié)構(gòu)圖Fig 2-2 Population structure of 121 T.dicoccoides品質(zhì)相關(guān)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析最終保留 10907 個(gè)高質(zhì)量的 SNP 用于 GWAS 分析,,將這些粉加工品質(zhì)性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析。各個(gè)品質(zhì)性狀的 M(Q-Q)如圖 2-3 所示。通過全基因組關(guān)聯(lián)分析共鑒定出 18麥面粉加工品質(zhì)性狀在 P<0.001 水平存在顯著關(guān)聯(lián)(表 2-7)位置<3 Mb)和 37 個(gè)穩(wěn)定的關(guān)聯(lián)區(qū)段/位點(diǎn)(至少在兩個(gè)環(huán)狀結(jié)果描述如下:含量(GSC)的分析結(jié)果:檢測(cè)到的顯著關(guān)聯(lián)的區(qū)段/位點(diǎn)有野生二粒小麥的 1-7A、1-7B 染色體上均有分布,表型變表型變異解釋率最大的標(biāo)記是位于 5B 染色體上的 AX-11172/位點(diǎn)有 16 個(gè)(區(qū)段 3 個(gè)),分布在 1A、4A、1B、3B、4B
【學(xué)位授予單位】:河南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:S512.1

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào):2676270

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