【摘要】：本實(shí)驗(yàn)分為兩部分進(jìn)行,第一部分是SSR分子標(biāo)記的開發(fā)與篩選,從NCBI上通過MISA軟件掃描目標(biāo)基因組序列,在43Mb的甘蔗基因組序列中共找到7231個SSR位點(diǎn),平均每5947bp含有1個SSR位點(diǎn)�；蚪M其中二、三堿基的占比類型最多,這與研究其它作物發(fā)表的有關(guān)SSR結(jié)果相一致。本研究設(shè)計(jì)、合成了 232對SSR引物。使用12個甘蔗品種對232對引物進(jìn)行PCR篩選驗(yàn)證,共篩選出48對多態(tài)性效果好的引物,分離出212個多態(tài)位點(diǎn),平均每對引物擴(kuò)增出4.41個多態(tài)位點(diǎn)。本研究第二部分關(guān)聯(lián)分析所使用的9對SSR引物,選自48對引物之中。實(shí)驗(yàn)第二部分用從國家甘蔗種質(zhì)資源庫選取80份源自世界各地的甘蔗品種,并對試驗(yàn)材料的10個重要農(nóng)藝性狀(出苗數(shù)、總苗數(shù)、分蘗數(shù)、分蘗率%、有效莖/4m、畝有效莖、錘度、株高、莖徑、單莖重)進(jìn)行田間調(diào)查統(tǒng)計(jì)。用64對AFLP引物和9對SSR引物產(chǎn)生的分子標(biāo)記對試驗(yàn)群體進(jìn)行全基因組掃描。通過表型變異,基因多態(tài)性以及群體結(jié)構(gòu)的鑒定分析后,用廣義線性模型(GLM)進(jìn)行對表型性狀和基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,鑒定出與目標(biāo)性狀呈顯者關(guān)聯(lián)的703個標(biāo)記位點(diǎn),極顯著關(guān)聯(lián)的111個AFLP標(biāo)記位點(diǎn)以及與性狀呈顯著關(guān)聯(lián)27個SSR標(biāo)記位點(diǎn),極顯著關(guān)聯(lián)的10個SSR標(biāo)記位點(diǎn)。1.試驗(yàn)材料的表型性狀的統(tǒng)計(jì)描述和方差分析結(jié)果顯示,80個試驗(yàn)材料的十個表型性狀間的P值均小于0.001,差異極其顯著,表明試驗(yàn)所構(gòu)建的關(guān)聯(lián)作圖群體的表型多態(tài)性十分豐富。2.在表型性狀的相關(guān)分析中,株高、莖徑、單莖重三個表型性狀之間也是呈現(xiàn)極顯著的的正相關(guān),錘度在該相關(guān)分析中除了與莖徑表現(xiàn)為顯著的負(fù)相關(guān),與其他性狀均未發(fā)現(xiàn)相關(guān)關(guān)系。3.64對AFLP引物在80個甘蔗品種上共檢測到15159個變異位點(diǎn),選取其中4141個質(zhì)量優(yōu)等的標(biāo)記位點(diǎn)(平均每對引物64.7個標(biāo)記),9對SSR引物擴(kuò)增出的151個多態(tài)位點(diǎn)。4、將AFLP分子數(shù)據(jù)使用群體結(jié)構(gòu)分析軟件STRUCTURE 2.3.4將試驗(yàn)群體劃為6個亞群,該結(jié)果與利用NTSYS2.1e基于UPGMA做出聚類分析圖結(jié)果基本相同,說明群體結(jié)構(gòu)分析結(jié)果可靠。5、基因型性狀與表型性狀的關(guān)聯(lián)分析顯示從結(jié)果中可以看出與錘度呈極顯著關(guān)聯(lián)標(biāo)記個數(shù)明顯要遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其他性狀的,在AFLP標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析中,標(biāo)記對性狀的變異解釋率分布在13.09%到25.86%之間,其中變異解釋率高于20%的標(biāo)記為點(diǎn)多達(dá)8個,最高變異解釋率高達(dá)25.86%與其關(guān)聯(lián)的標(biāo)記為E-ACT/M-CAT_293bps。在SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析中,27個標(biāo)記與性狀呈顯著關(guān)聯(lián)(P0.01),其中FZW89_100bp,FZW202_201bp均與總苗數(shù)和分蘗數(shù)顯著關(guān)聯(lián)。FZW97_270bp位點(diǎn)與錘度和莖重均顯著關(guān)聯(lián)。10個標(biāo)記與表型性狀呈極顯著關(guān)聯(lián)(P0.001),其中 FZW107_106bp,FZW202_101bp,FZW202_195bp三個位點(diǎn)對錘度變異的解釋率分別高達(dá)35.59%,37.62%,30.17%。
【圖文】：

全部ＳＳＲ類型中，不同重復(fù)類型出現(xiàn)的頻率也不相同，且差異很大。其中，在逡逑二堿基重復(fù)類型中，ＴＡ／ＡＴ所占的比例最高，為４４．３％，邋ＣＧ／ＧＣ所占比例最低，逡逑僅僅占４％邋（圖２－１）。在三堿基重復(fù)類型中，ＡＡＧ／ＴＴＣ所占比例最高，為逡逑１０．８％；占比最低的堿基組合是ＡＣＣ／ＴＧＧ，其占比僅為０．８３％邋（圖２－２）。由于逡逑四、五、六堿基重復(fù)類型呈現(xiàn)指數(shù)上升（分別為２５２，邋１０２０和４０９２），因而使其逡逑不同堿基排列所出現(xiàn)的頻率遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于二、三核苷酸重復(fù)基序。從圖２－１，圖２－２逡逑可以看到形成堿基互補(bǔ)的堿基重復(fù)類型，例如ＡＴ與ＴＡ，ＡＡＧ／ＴＴＣ在基因組中逡逑出現(xiàn)的頻率基本符合１：１，但ＡＣＴ與ＴＧＡ，ＡＴＣ與ＴＡＧ邋顯然相差較大，其逡逑出現(xiàn)次數(shù)分別為４與４８，邋５４與８，而產(chǎn)生這種結(jié)果的原因是因?yàn)榻y(tǒng)計(jì)頻數(shù)過低逡逑還是有其他的原因仍需進(jìn)一步探究。逡逑１４逡逑

１００逡逑］ｌ＼邋ｉｉＪｌｉｉ邋ｌ�。椋欤椋。欤椋戾澹椋戾澹椋戾澹卞义蠄D２－２三堿基重復(fù)序列的次數(shù)分布逡逑Ｆｉｇ．邋２－２邋Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ邋ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ邋ｏｆ邋ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ邋ｒｅｐｅａｔ邋ｍｏｔｉｆｓ逡逑２．４．３引物效果與篩選逡逑使用ＳＳＲ引物進(jìn)行擴(kuò)增的ＰＣＲ產(chǎn)物用７％的非變性聚丙稀銑胺膠進(jìn)行電泳逡逑分離，使用１ＸＴＢＥ作為緩沖液，上樣５ｕＬ，每塊膠功率設(shè)置為１８Ｗ［５５］，電泳逡逑９０ｍｉｎ，電泳結(jié)束后進(jìn)行銀染上然后拍照。部分引物篩選結(jié)果如圖２－３所示。逡逑—逡逑圖２－３部分引物篩選結(jié)果逡逑Ｆｉｇ邋２－３邋ｐａｒｔ邋ｏｆ邋ｔｈｅ邋ｒｅｓｕｌｔ邋ｏｆ邋ｐｒｉｍｅｒ邋ｓｃｒｅｅｎ逡逑從２３２對ＳＳＲ引物中共篩選出４８對多態(tài)效果好的引物，在聚丙烯酰胺膠上逡逑共分離出２１２個多態(tài)位點(diǎn)，平均每對引物擴(kuò)增出４．４１個多態(tài)位點(diǎn)。說明開發(fā)的逡逑這批引物多態(tài)信息含量豐富，，能夠?yàn)楦收岱肿訕?biāo)記研究提供幫助。本研宄所使用逡逑的９對ＳＳＲ引物，選自本章中的４８對引物之中。篩選出的４８對引物結(jié)果見附逡逑表Ｂ。逡逑１６逡逑
【學(xué)位授予單位】：福建農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S566.1

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本文編號：2634974