【摘要】：雪茄茄衣煙葉作為雪茄中最重要的原材料,其葉面性狀對(duì)雪茄的質(zhì)量影響非常大,因此明確雪茄茄衣煙葉面主要性狀的遺傳規(guī)律,有利于從遺傳育種角度提高優(yōu)質(zhì)茄衣煙葉品質(zhì)。本研究以遺傳背景差異大且目標(biāo)性狀差異明顯的國(guó)外雪茄種質(zhì)Beinhart1000-1和具有雪茄風(fēng)格的地方曬煙種質(zhì)鶴峰把把煙為親本,構(gòu)建F_2和F_(2:3)遺傳群體,利用植物數(shù)量性狀“主基因+多基因”混合遺傳模型分析葉面褶皺度、葉片厚薄、側(cè)脈粗細(xì)和主側(cè)脈夾角的遺傳效應(yīng),同時(shí)通過簡(jiǎn)化基因組測(cè)序構(gòu)建遺傳圖譜并進(jìn)行相應(yīng)性狀的QTL定位分析,試驗(yàn)結(jié)論如下:1.雪茄茄衣葉面主要性狀的遺傳分析通過4個(gè)世代聯(lián)合分離分析方法發(fā)現(xiàn),葉面褶皺度在團(tuán)棵期和現(xiàn)蕾期的遺傳率分別為42.70%、57.71%;葉片厚薄在現(xiàn)蕾期和中心花開放期的遺傳率分別為64.44%、50.62%;側(cè)脈粗細(xì)在團(tuán)棵期的遺傳率達(dá)到69.47%,現(xiàn)蕾期時(shí)遺傳率為1.75%,中心花開放期為32.52%;主側(cè)脈夾角在現(xiàn)蕾期遺傳率達(dá)90.93%,在中心花開放期遺傳率為42.55%。可以看出,同一性狀在不同生育時(shí)期的遺傳效應(yīng)存在差異,同時(shí)控制每個(gè)性狀的遺傳模型和基因互作效應(yīng)在各個(gè)時(shí)期存在著差異,但這4個(gè)性狀多數(shù)時(shí)期主要受到遺傳因素的影響。2.雪茄煙遺傳圖譜的構(gòu)建利用簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù),分析了兩個(gè)雪茄親本及后代151份F_(2:3)家系群體。首先,親本間共開發(fā)出多態(tài)性位點(diǎn)94818個(gè);然后,篩選出分型后進(jìn)行連鎖性分析的有效子代標(biāo)記共1196個(gè),最后,通過遺傳圖譜構(gòu)建軟件Joinmap 4.0繪制了一張覆蓋24條連鎖群,包含1036個(gè)SNP標(biāo)記的遺傳連鎖圖譜。該遺傳圖譜遺傳距離總長(zhǎng)度為3848.58cM,平均每條連鎖群上有43.2個(gè)SNP標(biāo)記,平均每3.71cM就有一個(gè)SNP標(biāo)記。3.雪茄茄衣葉面主要性狀的QTL定位結(jié)合不同時(shí)期的性狀表型數(shù)據(jù)進(jìn)行QTL分析,共檢測(cè)到69個(gè)與4個(gè)性狀相關(guān)的QTL,其中葉面褶皺度相關(guān)QTL有22個(gè),葉面厚薄相關(guān)QTL有14個(gè),側(cè)脈粗細(xì)相關(guān)QTL有21個(gè),主側(cè)脈夾角相關(guān)QTL有12個(gè)。檢測(cè)到的所有QTL主要分布在除16連鎖群外其他所有連鎖群上,最高可解釋表型變異率83.7%。其中,每個(gè)性狀均存在相關(guān)QTL在多時(shí)期能被檢測(cè)到:葉面褶皺度QTL在F_(2:3)現(xiàn)蕾期和中心花開放期均被檢測(cè)到,該QTL位于14號(hào)連鎖群上66.51cM處,解釋表型變異率為6.52%和4.55%;葉面厚薄QTL在F_2和F_(2:3)現(xiàn)蕾期均被檢測(cè)到,位于22號(hào)連鎖群上37.91cM處,其解釋率達(dá)到14.71%和22.11%;側(cè)脈粗細(xì)QTL在F_2團(tuán)棵期和中心花開放期均被檢測(cè)到,位于18號(hào)連鎖群上63.11cM處,解釋率為20.53%和10.66%;主側(cè)脈夾角在F_(2:3)現(xiàn)蕾期和中心花開放期均被檢測(cè)到,位于18號(hào)連鎖群上175.61cM處,其解釋率分別為4.99%和7.88%。這些位點(diǎn)具有較穩(wěn)定遺傳效應(yīng),可優(yōu)先作為分子標(biāo)記輔助選擇。
【圖文】：

圖 3.1 建庫流程uster Kit 在 cBot 簇生成系統(tǒng)（cBot C備物在 Illumina Hiseq 平臺(tái)上進(jìn)行測(cè)評(píng)估原始測(cè)序數(shù)據(jù)，但因其含有接頭信息干擾后續(xù)的信息分析。因此我們刪除終得到的數(shù)據(jù)為有效數(shù)據(jù)。，獲得高質(zhì)量的 Clean data�？梢越y(tǒng)誤率、Q20、Q30、GC 含量等數(shù)。 Edwards K D 等（2017）的 K326，表 3.1 參考基因組基本情況Table 3.1 Reference genome basicsGC 含量(%) N 比例(%) N50

信息缺失的位點(diǎn)要過濾掉，篩選選擇父母本間皆具有多態(tài)性的位點(diǎn)，并從中得到適合 F2:3作圖群體使用的標(biāo)記類型位點(diǎn)。完成親本間標(biāo)記開發(fā)后，，在親本多態(tài)性標(biāo)記位點(diǎn)上獲得 151 個(gè)后代子代的基因型結(jié)果。得到分型結(jié)果后要進(jìn)行子代標(biāo)記的篩選，主要過程為：首先檢查去掉異常堿基。然后進(jìn)行完整度過濾。最后，偏分離標(biāo)記（Segregation distortion）過濾。3.2.4.4 構(gòu)建遺傳連鎖圖譜完成篩選子代標(biāo)記高質(zhì)量遺傳標(biāo)記后，選取常用分析軟件：Joinmap 4.0 軟件，構(gòu)建遺傳圖譜過程如下：1）通過數(shù)據(jù)劃分連鎖群，設(shè)定 LOD 值在 2～50 區(qū)間內(nèi)；2）采用回歸算法對(duì)每條連鎖群進(jìn)行前后排序；3）利用 Kosambi 函方法手段確定遺傳標(biāo)記間的相對(duì)遺傳距離。其中，在構(gòu)建圖譜過程中，會(huì)產(chǎn)生部分嚴(yán)重不能連鎖的標(biāo)記，通過刪除不連鎖標(biāo)記后能獲得連鎖圖譜上的 SNP 標(biāo)記。最終使用 perl SVG 模塊繪制出遺傳連鎖圖譜。3.3 結(jié)果與分析3.3.1 DNA 檢測(cè)結(jié)果
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：S572

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本文編號(hào)：2623824