微生物作為土壤中的主要生命存在形式,在土壤物質(zhì)循環(huán)和能量轉(zhuǎn)換過(guò)程中具有重要作用,因此,研究土壤微生物群落結(jié)構(gòu)和多樣性變化具有重要意義。解析不同環(huán)境因子對(duì)土壤微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性和地理分布特征規(guī)律形成和維持機(jī)制逐漸成為當(dāng)前土壤微生物研究的熱點(diǎn)之一。為了弄清驅(qū)動(dòng)土壤微生物多樣性和生物地理分布特征的影響因素,回答土壤微生物生態(tài)學(xué)研究中的一些基礎(chǔ)性科學(xué)問(wèn)題,本文通過(guò)比較基因組學(xué)方法研究了 土壤和鴿糞微生物群落結(jié)構(gòu)之間的差異;通過(guò)PCR-DGGE和Illumina MiSeq測(cè)序技術(shù)研究鴿糞添加、土壤類型、淹水環(huán)境和土壤基礎(chǔ)理化因子對(duì)土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)和多樣性變化的影響;通過(guò)多元統(tǒng)計(jì)分析方法分析了致使土壤微生物群落結(jié)構(gòu)和多樣性變化的主控因子。Illumina MiSeq測(cè)序和比較基因組學(xué)結(jié)果表明,土壤中有38個(gè)門、86個(gè)綱、179個(gè)目、342個(gè)科、516個(gè)屬,鴿糞有12個(gè)門、31個(gè)綱、55個(gè)目、101個(gè)科和164個(gè)屬,土壤中微生物種類顯著高于鴿糞樣品中,香濃指數(shù):土壤>鴿糞,然而鴿糞中的豐度指數(shù)卻顯著高于土壤樣品。通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)Proteobacteria、Acidobacteria、Bact... 

【文章來(lái)源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：101 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
符號(hào)與縮略語(yǔ)說(shuō)明
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 土壤微生物生物地理分布
    2 土壤微生物多樣性及其影響因素
        2.1 土壤微生物多樣性
        2.2 土壤微生物影響因素
    3 土壤微生物研究方法
    4 論文研究?jī)?nèi)容、目的及意義
第二章 三種典型土壤與家鴿糞便微生物多樣性比較分析
    1 材料與方法
        1.1 研究區(qū)域概況
        1.2 樣品采集與保存
        1.3 土壤與糞便微生物平板計(jì)數(shù)
        1.4 土壤與糞便總DNA的提取純化
        1.5 細(xì)菌Illumina MiSeq測(cè)序
        1.6 數(shù)據(jù)分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 土壤與糞便微生物計(jì)數(shù)
        2.2 土壤與糞便總DNA的提取純化
        2.3 土壤與鴿糞細(xì)菌群落多樣性分析
        2.4 土壤與鴿糞細(xì)菌群落組成的系統(tǒng)發(fā)育分析
        2.5 鴿糞中的病原微生物菌屬
    3 討論
    4 本章小結(jié)
第三章 添加鴿糞后土壤細(xì)菌多樣性的動(dòng)態(tài)演變
    1 材料與方法
        1.1 供試土壤和鴿糞
        1.2 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
        1.3 土壤中可培養(yǎng)細(xì)菌計(jì)數(shù)
        1.4 土壤微生物總DNA提取純化
        1.5 土壤中細(xì)菌16S PCR-DGGE分析
        1.6 數(shù)據(jù)分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 土壤中可培養(yǎng)細(xì)菌計(jì)數(shù)
        2.2 土壤微生物總DNA提取
        2.3 土壤細(xì)菌16S PCR-DGGE分析
    3 討論
    4 本章小結(jié)
第四章 典型時(shí)段的土壤細(xì)菌生物地理分布格局及其驅(qū)動(dòng)因素分析
    1 材料與方法
        1.1 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
        1.2 土壤理化性質(zhì)測(cè)定
        1.3 土壤微生物總DNA提取純化
        1.4 土壤細(xì)菌16S V3V4區(qū)Illumina MiSeq測(cè)序分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 不同時(shí)期土壤理化性質(zhì)分析
        2.2 不同時(shí)期土壤細(xì)菌群落α多樣性分析
        2.3 不同時(shí)期土壤細(xì)菌群落β多樣性分析
        2.4 不同時(shí)期土壤細(xì)菌群落組成分析
        2.5 驅(qū)動(dòng)土壤細(xì)菌群落多樣性影響因子分析
    3 討論
    4 本章小結(jié)
全文總結(jié)
創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄1 文中所用的培養(yǎng)基和試劑配方
附錄2 DGGE數(shù)據(jù)分析
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]長(zhǎng)期保護(hù)性耕作對(duì)纖維素降解基因cbh Ⅰ多樣性的影響[J]. 陳坤,李傳海,朱安寧,彭文濤,錢明媚,曹慧.  土壤學(xué)報(bào). 2015(02)
[2]有機(jī)肥替代部分化肥對(duì)長(zhǎng)期連作棉田產(chǎn)量、土壤微生物數(shù)量及酶活性的影響[J]. 陶磊,褚貴新,劉濤,唐誠(chéng),李俊華,梁永超.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2014(21)
[3]3種典型荒漠灌木內(nèi)生固氮菌及固氮酶基因nifH多樣性分析[J]. 徐正金,羅明,王衛(wèi)霞,王純利.  中國(guó)沙漠. 2014(02)
[4]第三代測(cè)序技術(shù)及其應(yīng)用[J]. 張得芳,馬秋月,尹佟明,夏濤.  中國(guó)生物工程雜志. 2013(05)
[5]Comparison of bacterial community structures in two systems of a sewage treatment plant using PCR-DGGE analysis[J]. Abd El-Latif Hesham.  Journal of Environmental Sciences. 2011(12)
[6]不同城市綠地類型對(duì)土壤微生物數(shù)量及微生物量的影響[J]. 蔣炳伸,楊喜田.  湖南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2011(17)
[7]家畜糞便堆肥對(duì)番茄青枯病、土壤酶活性及土壤微生物功能多樣性的影響[J]. 趙娜,林威鵬,蔡昆爭(zhēng),王建武.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2010(19)
[8]土壤微生物生物地理學(xué)研究進(jìn)展[J]. 賀紀(jì)正,葛源.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2008(11)
[9]土壤微生物多樣性的科學(xué)內(nèi)涵及其生態(tài)服務(wù)功能[J]. 林先貴,胡君利.  土壤學(xué)報(bào). 2008(05)
[10]水分條件對(duì)水稻土微生物群落多樣性及活性的影響[J]. 劉岳燕,姚槐應(yīng),黃昌勇.  土壤學(xué)報(bào). 2006(05)

博士論文
[1]典型農(nóng)藥在稻田及周圍水環(huán)境中對(duì)微生物群落的影響研究[D]. 付巖.浙江大學(xué) 2015
[2]長(zhǎng)期施肥對(duì)溫室和大田土壤微生物的影響[D]. 王軼.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[3]大豆慢生根瘤菌分子進(jìn)化學(xué)分析及土著大豆根瘤菌生物地理分布的高通量研究[D]. 張星星.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[4]基于磷脂脂肪酸（PLFA）分析技術(shù)的土壤微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性的研究[D]. 吳愉萍.浙江大學(xué) 2009

碩士論文
[1]長(zhǎng)期耕作對(duì)土壤團(tuán)聚體有機(jī)碳及微生物多樣性的影響[D]. 李景.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2014
[2]hLYZ轉(zhuǎn)基因山羊糞便對(duì)于土壤微生物群落及基因漂移的影響[D]. 吳潔云.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2012
[3]土壤酶活測(cè)定及土壤微生物總蛋白的提取、純化與鑒定[D]. 吳云.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011



本文編號(hào)：3187960