同源異型盒(homeobox,HB)蛋白是一類重要的轉(zhuǎn)錄因子,在植物生長發(fā)育的各個(gè)方面起著重要的調(diào)控作用,然而對竹子中HB的功能了解甚少。該研究在毛竹中鑒定了115個(gè)HB基因(PeHB001～PeHB115),分為13個(gè)不同的亞類,各亞類成員的數(shù)量在2～24。在115個(gè)PeHBs中共發(fā)現(xiàn)20個(gè)保守基序,其中基序1最為常見。GO分析表明,有19個(gè)PeHBs被注釋為參與木質(zhì)部發(fā)育、木質(zhì)部和韌皮部形態(tài)形成。基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析顯示,這19個(gè)PeHBs中有10個(gè)具有共表達(dá)相關(guān)性,其中3個(gè)屬于KNOX亞類的樞紐蛋白與MYB、bHLH和OVATE互作,并通過酵母雙雜交得到了驗(yàn)證。轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜顯示,除PeHB017外,其它所有PeHBs均檢測到表達(dá),其中有90個(gè)PeHBs在所有組織中均有表達(dá)。對19個(gè)PeHBs表達(dá)定量分析結(jié)果顯示,隨著筍高度的增加,大部分PeHBs的表達(dá)量均上調(diào)。此外,在參與木質(zhì)素合成的關(guān)鍵基因(Pe4CL、PeC3H、PeCCR、PeCOMT)的啟動子中均有KNOX的結(jié)合位點(diǎn),這些基因與5個(gè)KNOX基因的表達(dá)呈正相關(guān)。對冬筍貯藏過程中的基因表達(dá)與木質(zhì)化的研究也得到了類似的結(jié)果。該研...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 毛竹HB基因的鑒定
    1.2 序列分析、基因結(jié)構(gòu)和進(jìn)化分析
    1.3 功能預(yù)測、共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析和下游靶基因的預(yù)測
    1.4 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組織特異性表達(dá)分析
    1.5 毛竹實(shí)驗(yàn)材料
    1.6 cDNA合成及qRT-PCR分析
    1.7 木質(zhì)素含量測定和組織觀察
    1.8 酵母雙雜交
2 結(jié)果和分析
    2.1 PeHBs基因的鑒定與分析
    2.2 基因結(jié)構(gòu)和保守結(jié)構(gòu)域分析
    2.3 PeHBs組織特異性表達(dá)分析
    2.4 基于GO分析的PeHBs的功能預(yù)測
    2.5 PeHBs共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)及PPI預(yù)測
    2.6 PeHBs轉(zhuǎn)錄活性及互作關(guān)系驗(yàn)證
    2.7 與木質(zhì)素生物合成相關(guān)的PeHBs的表達(dá)模式分析
    2.8 毛竹筍在不同儲藏時(shí)間下的木質(zhì)化分析
    2.9 與木質(zhì)素合成相關(guān)的結(jié)構(gòu)基因在竹筍木質(zhì)化過程中的表達(dá)
3 討論
    3.1 基因結(jié)構(gòu)和保守結(jié)構(gòu)域可能與基因功能相關(guān)
    3.2 PeHBs在不同組織中的表達(dá)模式具有多樣性
    3.3 19個(gè)PeHBs在毛竹筍木質(zhì)化過程中起重要作用
    3.4 PeHBs組成木質(zhì)化調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
4 結(jié)論



本文編號：4022343