萜類化合物是一類在植物、細(xì)菌及真菌中普遍存在的天然產(chǎn)物,有重要的生理、生態(tài)作用及藥用價(jià)值。萜類化合物以異戊二烯(C5)為結(jié)構(gòu)單元,根據(jù)結(jié)構(gòu)單位數(shù)的不同將萜類化合物分為單萜、倍半萜、二萜等。萜類化合物的合成途徑復(fù)雜,需要多種酶的共同參與及協(xié)調(diào)作用。異戊烯轉(zhuǎn)移酶催化C5前體生成C10、C15、C20等異戊烯焦磷酸中間體。萜類合成酶作為萜類化合物合成的關(guān)鍵酶,催化這些中間體生成相應(yīng)的單萜、倍半萜和二萜等。部分萜類物質(zhì)還需要在細(xì)胞色素P450的修飾下生成具有特定功能的萜類化合物�；鹁嫠墒敲绹戏剿芍凶钪匾乃偕樔~用材樹種,屬于裸子植物松屬,具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值與生態(tài)作用。由于松屬基因組非常大且極其復(fù)雜,基因組測序工作是一項(xiàng)非常大的挑戰(zhàn)。2014年加州大學(xué)科學(xué)家?guī)ьI(lǐng)研究小組完成了火炬松基因組測序工作,在已測序的物種中火炬松的基因組最大。目前萜類合成途徑中相關(guān)酶的研究大多集中在被子植物中,而裸子植物中研究較少。為了系統(tǒng)的探究裸子植物萜類合成途徑相關(guān)酶,本研究選取裸子植物代表物種火炬松為研究對(duì)象利用生物信息學(xué)方法在火炬松全基因組范圍內(nèi)對(duì)萜類合成途徑相關(guān)酶進(jìn)行預(yù)測和鑒定,并對(duì)其蛋白特征序列、啟動(dòng)子、基...

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圖３－１?ＨＭＧＲ基因與不同基因組大小物種間皮爾遜相關(guān)性??Ｆｉｇ．３－１?Ｐｅａｒｓｏｎ?ｃｏｒｒｅ?

圖３－１?ＨＭＧＲ基因與不同基因組大小物種間皮爾遜相關(guān)性??Ｆｉｇ．３－１?Ｐｅａｒｓｏｎ?ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ＨＭＧＲ?ｇｅｎｅ?ｎｕｍｂｅｒ?ａｎｄ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｇｅｎｏｍｅ?ｓｉｚｅ?ｓｐｅｃｉｅｓ注：縱坐標(biāo)為ＨＭＧＲ基因數(shù)，橫坐標(biāo)為不同....

圖3-3擬南芥、水稻、番茄、高粱、江南卷柏、小立碗鮮、萊茵衣藻與火炬松異戊烯轉(zhuǎn)移酶進(jìn)化樹

第３章研宂結(jié)果與分析??移酶［９７］與火炬松中識(shí)別的異戊烯轉(zhuǎn)移酶進(jìn)行多序列比對(duì)，根據(jù)多序列比對(duì)結(jié)果ｍ??ＭＥＧＡ６．０軟件中的最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹（如圖３－２所示）。結(jié)果顯示上述８??個(gè)物種中的異戊烯轉(zhuǎn)移酶分為３個(gè)明Ｓ的進(jìn)化支，ＦＰＳ家族形成一個(gè)獨(dú)立的進(jìn)化支，??ＧＦＰＰＳ和....

圖3-3火炬松異戊烯轉(zhuǎn)移酶表達(dá)譜

３．２．３基于相似性網(wǎng)絡(luò)對(duì)火炬松ＰＴ的功能分析??結(jié)構(gòu)功能聯(lián)系數(shù)據(jù)庫（Ｔｈｅ?Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ－Ｆｕｎｃｔｉｏｎ?Ｌｉｎｋａｇｅ?Ｄａｔａｂａｓｅ，ＳＦＬＤ，??ｈｔｔｐ?：／／ｓｆｌｄ?．ｒｂｖｉ?．ｕｃｓｆ．?ｅｄｕ／）是羊動(dòng)管理的分類資源，描述丫功能多樣的釀超家族的結(jié)??....

圖３－７?ＭＥＭＥ分析結(jié)果中Ｍｏｔｉｆ種類??Ｆｉｇ．３－７?Ｔｈｅ?Ｍｏｔｉｆ?ｔｙｐｅ?ｆｒｏｍ?ｔｈｅ?ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ＭＥＭＥ??

?＾?，??圖３－６火炬松ＴＰＳ啟動(dòng)子順式作用元件分析??Ｆｉｇ．３－６?Ｃｉｓ－ａｃｔｉｎｇ?ｒｅｇｕｌａｔｏｒ?ｅｌｅｍｅｎｔｓ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ｉｎ?ｔｈｅ?ｐｒｏｍｏｔｅｒ?ｒｅｇｉｏｎｓ?ｆｒｏｍ?ＴＰＳ?ｇｅｎｅｓ?ｉｎ?ｐｉｎｕｓ??ｔａｅｄａ??注：橫坐標(biāo)代....

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