原發(fā)性肺癌是我國發(fā)病率及死亡率增長最快的惡性腫瘤之一,在男性患病率高居惡性腫瘤第一位,女性中排名的第二位。肺癌發(fā)病率最為常見的是非小細胞肺腺癌,部分基因的突變會導致肺癌的產生,如在部分患者中能檢測到EGFR、BRAF、KARS等等基因發(fā)生突變。在現(xiàn)階段臨床可通過定量即時聚合酶鏈鎖反應(Quantitative real time polymerase chain reaction,Q-PCR)、非放射性原位雜交技術(fluorescence in situ hybridization,Fish)、多重引物PCR(multiplex PCR)等方式對患者進行相關位點的基因突變檢測,這些技術存在一次只能檢測一個基因或檢測成本高等問題。二代高通量測序方法(Next Generation Sequence,NGS),可有效的實現(xiàn)不同基因和不同藥物作用位點的一次性檢出。本實驗室設計了一個含284個肺癌相關基因的探針,用于臨床肺癌樣本基因組DNA經過酶切打斷后獲得DNA文庫的雜交捕獲測序,進行非小細胞肺癌基因突變的臨床檢測。在本研究存在4個優(yōu)點:1)建庫起始量降低至100ng;2)使用酶切建庫發(fā)替...

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【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 非小細胞肺癌現(xiàn)狀
        1.1.1 非小細胞肺癌現(xiàn)狀
        1.1.2 非小細胞肺癌的機制與靶向藥物
        1.1.3 非小細胞肺癌的診斷方法
    1.2 技術介紹
        1.2.1 第一代測序技術
        1.2.2 第二代測序技術
        1.2.3 第三代測序技術
        1.2.4 Arms-PCR檢測技術介紹
        1.2.5 IHC檢測技術介紹
    1.3 研究目的和意義
第二章 材料與方法
    2.1 研究材料及試劑設備
        2.1.1 試劑
        2.1.2 主要設備
        2.1.3 實驗樣本
    2.2 實驗方法
        2.2.1 臨床FFPE樣本的DNA及RNA提取
        2.2.2 NGS文庫構建、測序及分析
        2.2.3 數(shù)據(jù)處理及分析
        2.2.4 Sanger測序測序驗證
        2.2.5 ArmsPCR熒光法檢測
        2.2.6 ALK融合基因檢測
第三章 結果與分析
    3.1 肺癌探針設計及性能檢測
        3.1.1 肺癌探針設計
        3.1.2 YH細胞系對探針進行準確性及穩(wěn)定性評價
        3.1.3 BGISEQ-500與HISEQ-4000平臺檢測比較
        3.1.4 建庫方法靈敏度檢測
    3.2 NGS在肺癌FFPE臨床樣本的檢測
        3.2.1 實驗
        3.2.2 測序
        3.2.3 分析
        3.2.4 臨床用藥突變基因的驗證
        3.2.5 變異檢測
第四章 討論與總結
    4.1 技術的優(yōu)缺點
    4.2 總結與展望
參考文獻
攻讀碩士學位期間取得的研究成果
致謝
附件



本文編號：3739672