我國(guó)部分地區(qū)孢子絲菌群體遺傳學(xué)分析及分子診斷
發(fā)布時(shí)間:2022-02-08 20:21
背景:孢子絲菌復(fù)合體是全球分布的雙相真菌,主要包含6個(gè)親緣種,其中球形孢子絲菌、申克孢子絲菌以及巴西孢子絲菌為主要的臨床致病菌。不同的種在地域分布、致病力、傳播途徑等方面均存在一定的差異。孢子絲菌通過(guò)侵襲皮膚、皮下組織及附近淋巴系統(tǒng),導(dǎo)致人類(lèi)和其他動(dòng)物的慢性感染,引起孢子絲菌病,其臨床表現(xiàn)多樣,嚴(yán)重程度不一。孢子絲菌病的臨床診斷主要通過(guò)真菌培養(yǎng)及組織病理學(xué)檢查。目前,一些基于核酸擴(kuò)增技術(shù)的分子生物學(xué)方法逐漸應(yīng)用于孢子絲菌病的診斷,但仍存在耗時(shí)長(zhǎng)、靈敏度低、操作復(fù)雜等缺點(diǎn)。研究表明,孢子絲菌病的發(fā)病率逐年上升,引起眾多研究學(xué)者的關(guān)注。我國(guó)東北地區(qū)是孢子絲菌病的高發(fā)地區(qū),幾乎全部由球形孢子絲菌引起。球形孢子絲菌遺傳差異小,常規(guī)方法難以進(jìn)行種內(nèi)區(qū)分,其群體遺傳結(jié)構(gòu)尚未闡明。為了解析我國(guó)球形孢子絲菌的遺傳多態(tài)性,彌補(bǔ)孢子絲菌臨床快速診斷方面的不足,本研究擬采用具有高分辨能力的微衛(wèi)星長(zhǎng)度多態(tài)性分型技術(shù)對(duì)我國(guó)球形孢子絲菌群體遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,并建立孢子絲菌實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法,希望為孢子絲菌流行病學(xué)監(jiān)控及快速診斷提供有力的工具。方法:1、球形孢子絲菌群體遺傳學(xué)分析(1)收集來(lái)自中國(guó)不同地區(qū)的球形...
【文章來(lái)源】:吉林大學(xué)吉林省211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:104 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
PubMed中檢索“孢子絲菌”及“孢子絲菌病”每年發(fā)表文獻(xiàn)數(shù)量與孢子絲菌歷史中的重要發(fā)現(xiàn)
1.1.1 孢子絲菌孢子絲菌在環(huán)境中腐生或者培養(yǎng)溫度為 25℃時(shí),表現(xiàn)為菌絲相,由 1-2μ的分隔菌絲組成,分生孢子梗從菌絲側(cè)呈銳角長(zhǎng)出。頂端分生孢子成簇分布,呈花朵樣,孢子或圍繞菌絲排列,稱(chēng)“套袖狀菌絲”[11]。暗色的分生孢子是區(qū)分病性孢子絲菌與其他非致病性的孢子絲菌的依據(jù)[9]。在燕麥培養(yǎng)基或馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養(yǎng)基上,菌落初期為絲狀且光滑,隨后出現(xiàn)褶皺,初為白色或奶油色[12幾天后變成棕色或黑色,或開(kāi)始即形成暗色菌落[13]。孢子絲菌在人、動(dòng)物組織內(nèi),或在 35℃營(yíng)養(yǎng)豐富的培養(yǎng)基中,可以形成出芽酵母細(xì)胞,圓或者橢圓形,直徑通常 2-6μm,窄端可延伸,形成雪茄樣出芽細(xì)胞。酵母相菌落表面光滑,呈黃褐色或奶油色[14]。孢子絲菌在 35~37°C 下,生長(zhǎng)明顯受到抑制,40℃時(shí)所有菌株都不生長(zhǎng)[6]。孢子絲菌可以利用葡萄糖、果糖、甘露糖和纖維二糖[15-16],蔗糖,阿拉伯糖,棉子糖和核糖醇的利用存在一定的種變異性[6,15]。不同的生長(zhǎng)溫度以及糖同化情況是鑒別不同種孢子絲菌的依據(jù)(圖 1.2)[6]。
孢子絲菌基因分型及群體遺傳結(jié)構(gòu)的研究仍有很多未知之處。尤其是對(duì)不同菌株在地域分布、致病力、臨床表型等方面的差異形成的原因,尚未能進(jìn)行較好的闡述。微衛(wèi)星長(zhǎng)度多態(tài)性分型(microsatellite length polymorphism,MLP)作為具有較高分辨率的分子分型方法,廣泛應(yīng)用于念珠菌屬、曲霉屬以及多種地方性真菌病病原菌的鑒定[108]。微衛(wèi)星標(biāo)記(Microsatellite),也稱(chēng)為短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem DNArepeats,STRs)或簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeats,SSR),廣泛分布在真核生物基因組中。位于非編碼區(qū)的 STRs,由于受到適應(yīng)性壓力較小,具有較高的可變性,因此更有利于基因分型。不同的 STRs 重復(fù)次數(shù)可達(dá) 5-50 次不等,而不同的重復(fù)單元產(chǎn)生了片段大小長(zhǎng)度不等的等位基因。用標(biāo)記引物進(jìn)行 PCR 后,根據(jù)毛細(xì)管電泳的遷移率計(jì)算擴(kuò)增產(chǎn)物的大小。由于STRs 比 SNPs 具有更高的突變性及不穩(wěn)定性,與 MLST 相比,MLP 具有更高的多態(tài)性以及分辨力(圖 1.3)[109-112]。因此,將 MLP 應(yīng)用于孢子絲菌基因分型及遺傳多樣性的研究,可能會(huì)有新的發(fā)現(xiàn)。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)的理論研究及其醫(yī)學(xué)應(yīng)用[J]. 劉小榮,張?bào)?王勇平. 中國(guó)組織工程研究與臨床康復(fù). 2010(02)
[2]申克孢子絲菌基因差異、致病力與孢子絲菌病臨床型別的關(guān)系[J]. 孔祥明,林俊萍,王雅坤,陳洪鐸. 中華皮膚科雜志. 2005(06)
[3]Characterization of Sporothrix schenckii by random amplification of polymorphic DNA assay[J]. 劉曉明,廉翠紅,金禮吉,安利佳,楊國(guó)玲,林熙然. Chinese Medical Journal. 2003(02)
[4]申克孢子絲菌隨機(jī)擴(kuò)增DNA多態(tài)性研究[J]. 廉翠紅,金禮吉,劉曉明,安利佳,楊國(guó)玲,林熙然. 中華皮膚科雜志. 2001(05)
[5]申克孢子絲菌的隨機(jī)擴(kuò)增DNA指紋分型[J]. 涂可正,曹煜,溫海,喻茂娟,姚志榮,李志剛,柴建華,廖萬(wàn)清. 貴陽(yáng)醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2001(03)
[6]黑龍江省肇東地區(qū)孢子絲菌病流行病學(xué)調(diào)查[J]. 李鶴玉,宋軍,張巖,蘆玉娟,趙曉洋,閆哈一,謝珍珍,楊敬源,韓志麗,韋南,蘇克剛,楊恭慧. 中華皮膚科雜志. 1995(06)
博士論文
[1]中國(guó)不同地區(qū)球形孢子絲菌臨床分離株的擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析及表型特征研究[D]. 趙莉佩.吉林大學(xué) 2017
碩士論文
[1]新疆申克孢子絲菌PCR-RAPD基因分型研究[D]. 張萍.新疆醫(yī)科大學(xué) 2010
[2]吉林省孢子絲菌病流行病學(xué)調(diào)查分析[D]. 包寶龍.吉林大學(xué) 2008
[3]利用核糖體基因進(jìn)行孢子絲菌種內(nèi)分型及一株播散型孢子絲菌的基因鑒定[D]. 張振穎.大連醫(yī)科大學(xué) 2005
本文編號(hào):3615687
【文章來(lái)源】:吉林大學(xué)吉林省211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:104 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
PubMed中檢索“孢子絲菌”及“孢子絲菌病”每年發(fā)表文獻(xiàn)數(shù)量與孢子絲菌歷史中的重要發(fā)現(xiàn)
1.1.1 孢子絲菌孢子絲菌在環(huán)境中腐生或者培養(yǎng)溫度為 25℃時(shí),表現(xiàn)為菌絲相,由 1-2μ的分隔菌絲組成,分生孢子梗從菌絲側(cè)呈銳角長(zhǎng)出。頂端分生孢子成簇分布,呈花朵樣,孢子或圍繞菌絲排列,稱(chēng)“套袖狀菌絲”[11]。暗色的分生孢子是區(qū)分病性孢子絲菌與其他非致病性的孢子絲菌的依據(jù)[9]。在燕麥培養(yǎng)基或馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養(yǎng)基上,菌落初期為絲狀且光滑,隨后出現(xiàn)褶皺,初為白色或奶油色[12幾天后變成棕色或黑色,或開(kāi)始即形成暗色菌落[13]。孢子絲菌在人、動(dòng)物組織內(nèi),或在 35℃營(yíng)養(yǎng)豐富的培養(yǎng)基中,可以形成出芽酵母細(xì)胞,圓或者橢圓形,直徑通常 2-6μm,窄端可延伸,形成雪茄樣出芽細(xì)胞。酵母相菌落表面光滑,呈黃褐色或奶油色[14]。孢子絲菌在 35~37°C 下,生長(zhǎng)明顯受到抑制,40℃時(shí)所有菌株都不生長(zhǎng)[6]。孢子絲菌可以利用葡萄糖、果糖、甘露糖和纖維二糖[15-16],蔗糖,阿拉伯糖,棉子糖和核糖醇的利用存在一定的種變異性[6,15]。不同的生長(zhǎng)溫度以及糖同化情況是鑒別不同種孢子絲菌的依據(jù)(圖 1.2)[6]。
孢子絲菌基因分型及群體遺傳結(jié)構(gòu)的研究仍有很多未知之處。尤其是對(duì)不同菌株在地域分布、致病力、臨床表型等方面的差異形成的原因,尚未能進(jìn)行較好的闡述。微衛(wèi)星長(zhǎng)度多態(tài)性分型(microsatellite length polymorphism,MLP)作為具有較高分辨率的分子分型方法,廣泛應(yīng)用于念珠菌屬、曲霉屬以及多種地方性真菌病病原菌的鑒定[108]。微衛(wèi)星標(biāo)記(Microsatellite),也稱(chēng)為短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem DNArepeats,STRs)或簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeats,SSR),廣泛分布在真核生物基因組中。位于非編碼區(qū)的 STRs,由于受到適應(yīng)性壓力較小,具有較高的可變性,因此更有利于基因分型。不同的 STRs 重復(fù)次數(shù)可達(dá) 5-50 次不等,而不同的重復(fù)單元產(chǎn)生了片段大小長(zhǎng)度不等的等位基因。用標(biāo)記引物進(jìn)行 PCR 后,根據(jù)毛細(xì)管電泳的遷移率計(jì)算擴(kuò)增產(chǎn)物的大小。由于STRs 比 SNPs 具有更高的突變性及不穩(wěn)定性,與 MLST 相比,MLP 具有更高的多態(tài)性以及分辨力(圖 1.3)[109-112]。因此,將 MLP 應(yīng)用于孢子絲菌基因分型及遺傳多樣性的研究,可能會(huì)有新的發(fā)現(xiàn)。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)的理論研究及其醫(yī)學(xué)應(yīng)用[J]. 劉小榮,張?bào)?王勇平. 中國(guó)組織工程研究與臨床康復(fù). 2010(02)
[2]申克孢子絲菌基因差異、致病力與孢子絲菌病臨床型別的關(guān)系[J]. 孔祥明,林俊萍,王雅坤,陳洪鐸. 中華皮膚科雜志. 2005(06)
[3]Characterization of Sporothrix schenckii by random amplification of polymorphic DNA assay[J]. 劉曉明,廉翠紅,金禮吉,安利佳,楊國(guó)玲,林熙然. Chinese Medical Journal. 2003(02)
[4]申克孢子絲菌隨機(jī)擴(kuò)增DNA多態(tài)性研究[J]. 廉翠紅,金禮吉,劉曉明,安利佳,楊國(guó)玲,林熙然. 中華皮膚科雜志. 2001(05)
[5]申克孢子絲菌的隨機(jī)擴(kuò)增DNA指紋分型[J]. 涂可正,曹煜,溫海,喻茂娟,姚志榮,李志剛,柴建華,廖萬(wàn)清. 貴陽(yáng)醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2001(03)
[6]黑龍江省肇東地區(qū)孢子絲菌病流行病學(xué)調(diào)查[J]. 李鶴玉,宋軍,張巖,蘆玉娟,趙曉洋,閆哈一,謝珍珍,楊敬源,韓志麗,韋南,蘇克剛,楊恭慧. 中華皮膚科雜志. 1995(06)
博士論文
[1]中國(guó)不同地區(qū)球形孢子絲菌臨床分離株的擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析及表型特征研究[D]. 趙莉佩.吉林大學(xué) 2017
碩士論文
[1]新疆申克孢子絲菌PCR-RAPD基因分型研究[D]. 張萍.新疆醫(yī)科大學(xué) 2010
[2]吉林省孢子絲菌病流行病學(xué)調(diào)查分析[D]. 包寶龍.吉林大學(xué) 2008
[3]利用核糖體基因進(jìn)行孢子絲菌種內(nèi)分型及一株播散型孢子絲菌的基因鑒定[D]. 張振穎.大連醫(yī)科大學(xué) 2005
本文編號(hào):3615687
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