發(fā)布時間：2021-10-20 17:18

　　MHC是主要組織相容性復合體,其編碼的分子參與抗原呈遞、制約細胞間相互識別以及誘導免疫反應,人類的MHC通常稱為HLA基因。銀屑病是一種免疫介導的遺傳性皮膚疾病,患病周期較長,容易復發(fā),有些病人可能終生不會痊愈。該病癥的主要發(fā)病人群為青壯年,而且患病之后對于患者的身體健康和精神狀況影響比較大。由于HLA的型別可以遺傳,因此可以通過對HLA的研究來判斷銀屑病的相關基因型。Sanger測序技術對HLA基因家族分型是目前最準確、解析度最高的方法,但是測序成本過高、且通量很低;與此相比,基于區(qū)域捕獲的二代測序可以實現(xiàn)其高通量分型,再結合適當?shù)纳镄畔W分析和統(tǒng)計學算法可以實現(xiàn)其精確分型,是一種理想的技術手段,但是此技術對統(tǒng)計方法要求很高,不同方法的推斷速度和準確性差異很大。本實驗通過開發(fā)一種基于二代測序技術的HLA分型新算法,利用測序read深度及一種迭代算法依次對兩條同源染色體上的單倍型準確分型。利用國際千人組基因計劃中隨機抽取的100個人的Sanger測序HLA分型的結果作為“金標準”,判斷新方法的準確性,并與polysolver軟件比較。結果表明,新算法可以對HLA區(qū)域的基因進行較為準確... 

【文章來源】：黑龍江八一農(nóng)墾大學黑龍江省

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
英文縮寫表
摘要
Abstract
1.文獻綜述
    1.1 .HLA簡介
    1.2 .HLA分型技術
        1.2.1 .利用生物學實驗進行分型
        1.2.2 .基于PCR結合Sanger測序技術的分型
        1.2.3 .基于二代測序技術的分型
        1.2.4 .各種分型方法的比較
    1.3 .銀屑病與HLA
        1.3.1 .銀屑病介紹
        1.3.2 .HLA與銀屑病的關系
    1.4 .研究的目的及意義
2.材料與方法
    2.1 .材料
        2.1.1 .實驗所用數(shù)據(jù)
        2.1.2 .實驗設備
        2.1.3 .調試及運行環(huán)境配置
    2.2 .實驗方法
        2.2.1 .實驗數(shù)據(jù)處理
        2.2.2 .Polysolver軟件算法分析
        2.2.3 .數(shù)據(jù)庫構建
        2.2.4 .序列比對及構建關系矩陣
        2.2.5 .分型算法構建
    2.3 .算法實現(xiàn)
    2.4 .算法優(yōu)化及測試
    2.5 .技術路線
3.結果與分析
    3.1 .新算法介紹
    3.2 .使用代碼實現(xiàn)新算法
        3.2.1 .數(shù)據(jù)庫構建
        3.2.2 .初步提取HLA數(shù)據(jù)
        3.2.3 .與嚴格過濾序列比對
        3.2.4 .精確比對
        3.2.5 .生成關系矩陣
        3.2.6 .迭代算法主體部分
    3.3 .各算法分型結果比較
        3.3.1 .Polysolver分型
        3.3.2 .優(yōu)化算法分型
        3.3.3 .新算法確定
    3.4 .新算法測試
        3.4.1 .HLA-A測試結果比較分析
        3.4.2 .HLA-B測試結果比較分析
        3.4.3 .HLA-C測試結果比較分析
        3.4.4 .小結
4.討論
5.結論
參考文獻
致謝
個人簡歷


【參考文獻】：
期刊論文
[1]尋常型銀屑病疾病活動與相關因子的相關性研究[J]. 王立紅.  中國繼續(xù)醫(yī)學教育. 2018(04)
[2]郭艷幸平衡理論在銀屑病性關節(jié)炎防治中的應用[J]. 王敬威,王振亞,高山,朱小磊,孫乾坤.  中國中醫(yī)骨傷科雜志. 2018(01)
[3]基于二代測序技術的HLA基因分型進展[J]. 鄒森,洪坤學.  檢驗醫(yī)學與臨床. 2017(01)
[4]一種新的HLA分型方法的介紹[J]. 張瑞麗,杜國棟,楊玉梅,李一佳.  生物醫(yī)學工程與臨床. 2017(01)
[5]中醫(yī)藥對銀屑病T細胞相關免疫學作用機制的研究進展[J]. 梅沉成,李玲玲,張云璧,霍春波,曾亞軍,張潤田,陳廣山.  中華中醫(yī)藥雜志. 2016(10)
[6]人類白細胞抗原與銀屑病相關性研究進展[J]. 唐利利,范星,楊森.  國際皮膚性病學雜志. 2016 (03)
[7]新疆地區(qū)銀屑病伴發(fā)代謝綜合征的患病率調查[J]. 馮燕艷,劉俊伶,普雄明.  中國麻風皮膚病雜志. 2016(03)
[8]NGS在HLA基因分型中的應用[J]. 鄒義洲,郭靖.  中國輸血雜志. 2015(10)
[9]銀屑病的流行病學與危險因素[J]. 張建中.  實用醫(yī)院臨床雜志. 2013(01)
[10]紅皮病型銀屑病120例臨床分析[J]. 姚樹蘭,朱紅,劉梅,孫玉魯,楊振海,何春滌.  中國皮膚性病學雜志. 2011(10)

博士論文
[1]HLA-Ⅱ基因多態(tài)性與蘭州地區(qū)幽門螺桿菌感染關聯(lián)研究及Meta分析[D]. 王競秋.甘肅農(nóng)業(yè)大學 2015

碩士論文
[1]尋常型銀屑病及關節(jié)型銀屑病患者紅細胞分布寬度的變化及意義[D]. 姜瑩.吉林大學 2017
[2]無線體域網(wǎng)中基于人體移動性的鏈路可靠性分析[D]. 崔健.北京郵電大學 2016
[3]HLA-A33分子的體外表達及鑒定[D]. 王健.山東農(nóng)業(yè)大學 2011



本文編號：3447298