目前,心源性猝死的臨床檢測方法主要是對家族史、個人史進(jìn)行篩查,同時進(jìn)行體格及心電圖檢查及超聲心動圖等檢查,但存在檢出率低,針對性不強(qiáng)等缺點(diǎn)。近年來,心源性猝死相關(guān)基因研究成果使心源性猝死基因篩查成為可能,因此通過早期基因篩查來規(guī)避心源性猝死發(fā)生顯得尤為重要。本研究的目的是建立基因重測序技術(shù),并利用該技術(shù)對心源性猝死相關(guān)遺傳病進(jìn)行基因突變篩查。利用Agilent SureSelect目標(biāo)基因捕獲技術(shù),設(shè)計88個基因的1727個外顯子區(qū)域特異性探針,通過與基因組DNA文庫進(jìn)行雜交,將目標(biāo)基因組區(qū)域的DNA片段進(jìn)行富集,然后通過Illumina MiniSeq測序儀對其進(jìn)行測序,以生物信息分析為研究手段發(fā)現(xiàn)目標(biāo)基因中存在的突變,根據(jù)ACMG規(guī)則對變異位點(diǎn)進(jìn)行臨床意義分類,確定致病突變和疑似致病突變位點(diǎn),并通過Sanger測序法對突變位點(diǎn)進(jìn)行驗證。本研究設(shè)計合成的目標(biāo)基因特異性捕獲探針可有效地捕獲并富集基因組DNA的目標(biāo)靶片段,通過梯度篩選測序深度,確定最佳測序深度為200×左右。本研究以4名心率失�；颊吆鸵粋�房顫家系中的8名家族成員為研究對象,利用本研究建立的基因重測序技術(shù)從12名受檢者中檢... 

【文章來源】：華南理工大學(xué)廣東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２－１生物信息分析流程圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２０??

?第三犟結(jié)果與分析???第三章結(jié)果與分析??３．１方法學(xué)建立??３．１．１核心基因的收集和捕獲芯片設(shè)計??使用ＨＧＭＤ數(shù)據(jù)庫和ＮＩＨ的Ｇｅｎｅｔｉｃｓ?Ｈｏｍｅ?Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ數(shù)據(jù)庫查找心源性猝死相關(guān)遺??傳性心血管病的主要致病基囡，收集８８個關(guān)鍵基因整理成與基因?qū)?yīng)的猝死相關(guān)疾病，??見表３－１。采用Ａｇｉｌｅｎｔ?ＳｕｒｅＳｅｌｅｃｔ捕獲技術(shù)對８８個基因的Ｉ７２７個無簠疊的外顯子區(qū)域，??共設(shè)計了?２００９條捕獲探針形成捕獲芯片，目標(biāo)區(qū)域大小為３３４６４４ｂｐ。??Ｉ?，?．?！??Ｇ０：００６００４８：心肌Ｈ媒??

圖：３－ｌａ＞。我們從得分最贏的２０個ｃｌｕｓｔｅｒ中，每個ｃｌｕｓｔｅｒ選擇ｐ植邏小的十個最佳ｔｅｒｍ，??■后連接與Ｋａｐｐａ相似度高于０．３的ｔｅｒｍ。點(diǎn)代表ｃｌｕｓｔｅｒ的ｉｄ，點(diǎn)之間的連線越寬，相似性??越高（見圖３＿ｌｂ）??■?ＭＣＯＤＥ１?嚴(yán)、＾??■?ＭＣＯＤＥ２?贏??ＩＩ?＾??ａ）?ｂ）??圖３－２蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)分析??Ｔａｂｌｅ?３－２?Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｐｒｏｔｅｉｎ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ?ｎｅｔｗｏｒｋ??對于猝死芯片基因列表，我們從ＢｉｏＧｒｉｄ數(shù)據(jù)庫提取蛋白質(zhì)物理間相互作用關(guān)系，連??接相互作用的蛋白形成蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)，見圖３－２ａ？在ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)中連接的蛋白質(zhì)，可能通??過相互作用來執(zhí)行各種相關(guān)的生命過程，包括生物信號傳遞、墓因表達(dá)調(diào)節(jié)、能量和物??質(zhì)代謝及細(xì)胞周期調(diào)控等。緊密連接的三個蛋白小網(wǎng)絡(luò)在圖３－２ｂ突出顯示，導(dǎo)致同一??類型疾病的基因間往往緊密連接，ＭＣＯＤ１子網(wǎng)絡(luò)包含心肌病相關(guān)的基因，ＭＣＯＤＥ２小??網(wǎng)絡(luò)包含長ＱＴ綜合征相關(guān)的大部分基囡，ＭＣＯＤＥ３小網(wǎng)絡(luò)包含致心律失常性右心室心??肌病的相關(guān)基因＿。??３．１．２實驗流程的建立??我們建髮—套從基因組ＤＮＡ提取到上機(jī)測序的實驗流程，用于對心源性猝死相關(guān)核??心基因區(qū)域進(jìn)行測序。首先從全血提�。模危�

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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本文編號：3138963