目的:耳聾是嚴(yán)重影響人類生活質(zhì)量、造成殘疾的常見感覺神經(jīng)性疾病。由遺傳因素所致的耳聾約占50%左右,但是由于遺傳性耳聾異質(zhì)性較高,且對于外顯子數(shù)目較多的常見致病耳聾基因如MYO7A和MYO15A基因來說,傳統(tǒng)一代測序?qū)Υ祟愔旅@基因的檢測通量低且鑒定致病突變的能力有限,高通量測序技術(shù)的出現(xiàn)很好的彌補(bǔ)了傳統(tǒng)測序技術(shù)的不足。我們對收集到的云南部分地區(qū)耳聾人群的樣本進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域捕獲聯(lián)合高通量測序,并利用生物信息學(xué)對測序結(jié)果進(jìn)行分析和統(tǒng)計(jì),初步對MYO7A和MYO15A基因的變異和突變頻譜進(jìn)行繪制,以期填補(bǔ)云南地區(qū)對MYO7A和MYO15A基因的研究空白,并對云南地區(qū)遺傳性耳聾的防控提供一定的數(shù)據(jù)參考。方法:對耳聾患者外周血基因組DNA進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域捕獲和高通量測序,以124個遺傳性耳聾相關(guān)致病基因的所有外顯子及每個外顯子兩側(cè)各延伸100bp作為目標(biāo)區(qū)域,利用生物信息學(xué)分析,查找MYO7A和MYO15A變異和突變位點(diǎn),并對出現(xiàn)的位點(diǎn)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析繪制云南地區(qū)耳聾患者M(jìn)YO7A和MYO15A基因的變異和突變譜。結(jié)果:我們共收集了116例云南部分地區(qū)耳聾患者的樣本,包括漢族43例和彝族73例。43例漢族... 

【文章來源】：昆明理工大學(xué)云南省

【文章頁數(shù)】：92 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

a：芯片捕獲聯(lián)合高通量測序?qū)嶒?yàn)流程圖

臺或生物安全柜，并進(jìn)行紫外消毒。2.3.2 基因組 DNA 樣品檢測使用 Qubit 熒光計(jì)對所提取的樣品 DNA 進(jìn)行定量檢測，操作步驟如下：1.打開電源后，在顯示屏上選擇 Sample，就進(jìn)入了樣品檢測的界面。2.在樣品槽中插入樣品，并按下 Read，測定完成后，結(jié)果會顯示在屏幕上（測定過程大約需要 3 秒鐘）。3.將測完的樣品從樣品槽中取出，測下一個樣品時，插入下一個樣品后選擇Read Next Sample，即可得到后一樣品的濃度。4.重復(fù)上述步驟，測定所有樣品的濃度并記錄。所提取的 DNA 樣本總量>0.5ug，OD260/OD280 的比值在 1.6-1.8 之間的 A 類和 B 類樣本可以用來建庫，建庫的 DNA 樣本質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)如圖 2.3.2.a。若提取的 DNA濃度和純度達(dá)不到質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的樣本應(yīng)重新提取 DNA，符合建庫測序要求的 DNA樣本放置于冰箱-20℃層保存。

昆明理工大學(xué)碩士生畢業(yè)論文23圖 2.3.3.2.a: 羅氏 NimbleGen 基因芯片目標(biāo)區(qū)域捕獲流程圖2.3.3.3 庫檢使用 Qubit 2.0 熒光計(jì)對構(gòu)建好的測序 DNA 文庫初步進(jìn)行定量，測序 DNA文庫插入片段大小的檢測使用的是安捷倫生物芯片分析系統(tǒng)，若插入片段大小滿足預(yù)期要求，則使用 qPCR 的方法準(zhǔn)確對文庫的有效濃度進(jìn)行定量，這樣就強(qiáng)有力的保證了測序文庫的質(zhì)量達(dá)到上機(jī)測序的要求。2.3.3.4 上機(jī)測序上述庫檢合格的測序 DNA 文庫上 Illumina HiSeq 4000 系統(tǒng)測序，測序類型是 PE150 即 Pair end 150 bp，指的是高通量雙端測序，每端讀長為 150bp。這種小片段文庫構(gòu)建成功后，新一代測序平臺以 insert DNA 即插入片段作為直接測序單位,并對每條 insert DNA 的兩端同時進(jìn)行測序，由于 insert DNA 的長度分布和接頭序列已知

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[3]遺傳性耳聾的基本概念（1）[J]. 王秋菊,縱亮.  聽力學(xué)及言語疾病雜志. 2015(06)
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[8]云南省白族、彝族遺傳性非綜合癥性耳聾人群GJB2基因突變研究[J]. 余詠梅,焦揚(yáng),顧娟,張瀛.  昆明醫(yī)學(xué)院學(xué)報. 2010(06)
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[10]中國聾病防治現(xiàn)狀[J]. 韓東一.  中華耳科學(xué)雜志. 2007(04)

博士論文
[1]非綜合征型遺傳性聽力損失家系致病基因定位克隆研究[D]. 袁虎.中國人民解放軍軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院 2006



本文編號：3127794