Armored RNA技術(shù)在登革熱病毒及白血病BCR-ABL1 p210/p190 融合基因檢測(cè)中的應(yīng)用研究
發(fā)布時(shí)間:2021-03-26 13:18
Armored RNA技術(shù)是近年來(lái)發(fā)展起來(lái)的一種主要用于制備RNA質(zhì)控品和標(biāo)準(zhǔn)品的技術(shù)。其原理是利用基因工程手段將載有大腸桿菌MS2噬菌體衣殼蛋白的基因序列和外源性基因序列克隆到表達(dá)載體中,然后將外源性基因片段轉(zhuǎn)錄成RNA,并包裹在MS2衣殼蛋白基因表達(dá)的衣殼蛋白中,最終裝配成球狀RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體,一般稱為“盔甲R(shí)NA”(armored RNA),或MS2病毒樣顆粒(MS2 virus-like particle,MS2 VLP)。由于有外層衣殼蛋白的保護(hù),內(nèi)部的RNA片段能抵抗環(huán)境中存在的RNA酶的降解而保持穩(wěn)定;同時(shí),armored RNA整體結(jié)構(gòu)又很好模擬了病毒的天然屬性。所以,armored RNA技術(shù)在疾病診斷,尤其是在感染性疾病的診斷中具有很大的臨床應(yīng)用價(jià)值。我們前期的研究已經(jīng)使用armored RNA技術(shù)成功制備了流行性感冒、埃博拉以及中東呼吸綜合征等多種相關(guān)疾病病毒的armored RNAs,并在國(guó)內(nèi)成功開(kāi)展了這些項(xiàng)目核酸檢測(cè)的室間質(zhì)量評(píng)價(jià)(External quality assessment,EQA)。登革熱是由登革熱病毒引起、經(jīng)伊蚊傳播的一種急性傳染病。登革熱...
【文章來(lái)源】:北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:332 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1-1登革熱病毒基因組結(jié)構(gòu)示意圖??Fig.?1-1?Structure?diagram?of?Dengue?virus?genome??
(DENV1?4),其基因組包括5’端非編碼區(qū)、核心蛋白(C)、前體膜蛋白(M)、??包膜蛋白(E)、非結(jié)構(gòu)蛋白(NS1,?NS2a,?NS2b,NS3,?NS4a,?NS4b?和?NS5)??[7],登革熱病毒基因結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖1-1。??目前,熒光定量PCR技術(shù)(RT-qPCR)廣泛用于登革熱病毒的檢測(cè)和基因分??型[10,?12-14]。但是,在登革熱病毒核酸RT-qPCR檢測(cè)過(guò)程中,一些影響因素,??如核酸抽提方法、檢測(cè)方法、儀器類型以及操作人員等都可能引起檢測(cè)結(jié)果的變??異,造成不同實(shí)驗(yàn)室之間檢查結(jié)果缺乏可比性。另外,大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室使用的??RT-qPCR方法沒(méi)有經(jīng)過(guò)準(zhǔn)確度驗(yàn)證。據(jù)調(diào)查,僅10%的實(shí)驗(yàn)室使用的RT-qPCR??方法性能良好,而超過(guò)80%的實(shí)驗(yàn)室在登革熱病毒RT-qPCR核酸檢測(cè)過(guò)程中缺??乏靈敏度和特異性[15]。值得注意的是,RT-qPCR技術(shù)是一種極為靈敏的檢查技??術(shù),容易受到環(huán)境中交叉污染的影響,而出現(xiàn)假陽(yáng)性的結(jié)果;另外,登革熱病毒??是一種RNA病毒
2.1.?pACYC-MS2-DENV-l ̄4?重組質(zhì)粒的驗(yàn)證??2.1.1.?PCR?驗(yàn)證??目的片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳后在凝膠成像儀上顯示的圖片(圖1-4)表明??DENV-1?4目的片段均成功插入pACYC-MS2重組質(zhì)粒的MCS2位點(diǎn)。??(bp)??2000??■1000??750??500??250??。??圖1-4?pACYC-MS2-DENY-l?4目的片段PCR驗(yàn)證示意圖??注:M:?2,OOObpMarker;?1:?DENV-1;?2:?DENV-2;?3:?DENV-3;?4:?DENV-4;??5:?GAPDH?(496bp)〇??Fig.?1-4?Ethidium?bromide-stained?1%?agarose?gel?of?the?PCR?products?of?target??fragments.??Note:?the?PCR?products?of?pACYC-MS2-DENV-l ̄4?fragments;?M:?2,000?bp?Marker;??1:?DENY-1;?2:?DENV-2;?3:?DENV-3;?4:?DENV-4;?5:?GAPDH?(496bp)??2.1.2.測(cè)序驗(yàn)證??2.1.2.1.?pACYC-MS2-DENV-l?測(cè)序結(jié)果??■?上下游引物測(cè)序序列拼接結(jié)果與DENV-1目的片段匹配??Sequence?ID:?Query_196201Length:?2872?Number?of?Matches:?1??Score?Expect?
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]實(shí)時(shí)定量RT-PCR技術(shù)測(cè)定初治白血病患者常見(jiàn)融合基因轉(zhuǎn)錄子水平及其標(biāo)準(zhǔn)化的探討[J]. 秦亞溱,李金蘭,主鴻鵠,李玲娣,常艷,郝樂(lè),阮國(guó)瑞,劉艷榮,黃曉軍,陳珊珊. 中華血液學(xué)雜志. 2007(07)
本文編號(hào):3101653
【文章來(lái)源】:北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:332 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1-1登革熱病毒基因組結(jié)構(gòu)示意圖??Fig.?1-1?Structure?diagram?of?Dengue?virus?genome??
(DENV1?4),其基因組包括5’端非編碼區(qū)、核心蛋白(C)、前體膜蛋白(M)、??包膜蛋白(E)、非結(jié)構(gòu)蛋白(NS1,?NS2a,?NS2b,NS3,?NS4a,?NS4b?和?NS5)??[7],登革熱病毒基因結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖1-1。??目前,熒光定量PCR技術(shù)(RT-qPCR)廣泛用于登革熱病毒的檢測(cè)和基因分??型[10,?12-14]。但是,在登革熱病毒核酸RT-qPCR檢測(cè)過(guò)程中,一些影響因素,??如核酸抽提方法、檢測(cè)方法、儀器類型以及操作人員等都可能引起檢測(cè)結(jié)果的變??異,造成不同實(shí)驗(yàn)室之間檢查結(jié)果缺乏可比性。另外,大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室使用的??RT-qPCR方法沒(méi)有經(jīng)過(guò)準(zhǔn)確度驗(yàn)證。據(jù)調(diào)查,僅10%的實(shí)驗(yàn)室使用的RT-qPCR??方法性能良好,而超過(guò)80%的實(shí)驗(yàn)室在登革熱病毒RT-qPCR核酸檢測(cè)過(guò)程中缺??乏靈敏度和特異性[15]。值得注意的是,RT-qPCR技術(shù)是一種極為靈敏的檢查技??術(shù),容易受到環(huán)境中交叉污染的影響,而出現(xiàn)假陽(yáng)性的結(jié)果;另外,登革熱病毒??是一種RNA病毒
2.1.?pACYC-MS2-DENV-l ̄4?重組質(zhì)粒的驗(yàn)證??2.1.1.?PCR?驗(yàn)證??目的片段進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳后在凝膠成像儀上顯示的圖片(圖1-4)表明??DENV-1?4目的片段均成功插入pACYC-MS2重組質(zhì)粒的MCS2位點(diǎn)。??(bp)??2000??■1000??750??500??250??。??圖1-4?pACYC-MS2-DENY-l?4目的片段PCR驗(yàn)證示意圖??注:M:?2,OOObpMarker;?1:?DENV-1;?2:?DENV-2;?3:?DENV-3;?4:?DENV-4;??5:?GAPDH?(496bp)〇??Fig.?1-4?Ethidium?bromide-stained?1%?agarose?gel?of?the?PCR?products?of?target??fragments.??Note:?the?PCR?products?of?pACYC-MS2-DENV-l ̄4?fragments;?M:?2,000?bp?Marker;??1:?DENY-1;?2:?DENV-2;?3:?DENV-3;?4:?DENV-4;?5:?GAPDH?(496bp)??2.1.2.測(cè)序驗(yàn)證??2.1.2.1.?pACYC-MS2-DENV-l?測(cè)序結(jié)果??■?上下游引物測(cè)序序列拼接結(jié)果與DENV-1目的片段匹配??Sequence?ID:?Query_196201Length:?2872?Number?of?Matches:?1??Score?Expect?
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]實(shí)時(shí)定量RT-PCR技術(shù)測(cè)定初治白血病患者常見(jiàn)融合基因轉(zhuǎn)錄子水平及其標(biāo)準(zhǔn)化的探討[J]. 秦亞溱,李金蘭,主鴻鵠,李玲娣,常艷,郝樂(lè),阮國(guó)瑞,劉艷榮,黃曉軍,陳珊珊. 中華血液學(xué)雜志. 2007(07)
本文編號(hào):3101653
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