本文選題：基因芯片　切入點(diǎn)：基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)　出處：《數(shù)學(xué)的實(shí)踐與認(rèn)識(shí)》2017年06期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：為了探討高維基因芯片基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)篩選差異表達(dá)基因的方法,分析比較t檢驗(yàn)法、秩和檢驗(yàn)法、BON法、SIDAK法及ALSU法5種算法的差異表達(dá)基因篩選效率;采用模擬實(shí)驗(yàn)對(duì)t檢驗(yàn)法、ALSU法等5種算法進(jìn)行比較,并使用第一類、第二類錯(cuò)誤率、總體錯(cuò)誤率、篩選差異表達(dá)基因數(shù)及其均方根誤差等5種指標(biāo)進(jìn)行評(píng)價(jià);t檢驗(yàn)法、秩和檢驗(yàn)法計(jì)算結(jié)果過(guò)于靈敏,篩選差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)較多,會(huì)促使篩選差異表達(dá)基因中假陰性事件的發(fā)生,BON法、SIDAK法篩選結(jié)果過(guò)于保守,篩選的差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)較少,假陽(yáng)性事件發(fā)生率較為顯著,ALSU法能較穩(wěn)定的抑制第一、二類錯(cuò)誤率的發(fā)生,同時(shí)ALSU法篩選結(jié)果受系統(tǒng)擾動(dòng)誤差影響較箋LSU方法能夠穩(wěn)定的、高效的篩選差異表達(dá)基因,在使用高緯基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)篩選差異表達(dá)基因時(shí)應(yīng)首選ALSU法.
[Abstract]:In order to study the methods of screening differentially expressed genes by using high dimensional gene microarray gene expression profile data, the screening efficiency of differential expression genes was analyzed and compared among t test method, rank sum test method and SIDAK method and ALSU method. Five algorithms, such as t test method and ALSU method, were compared with each other by simulation experiments. The first type, the second type error rate, the total error rate, the number of differentially expressed genes and their root-mean-square error were used to evaluate t test method. The results of rank sum test were too sensitive and the number of differentially expressed genes was more, which would promote the occurrence of false negative events in the screening of differentially expressed genes and the SIDAK method was too conservative, and the number of differentially expressed genes was less. The incidence of false positive events was more significant. ALSU method could stably inhibit the occurrence of the first and second class error rates. Meanwhile, the screening results of ALSU method were more stable and efficient than those of LSU method in screening differentially expressed genes, which were influenced by systematic disturbance error. ALSU method should be used to screen differentially expressed genes using high latitude gene expression profile data.
【作者單位】： 南京醫(yī)科大學(xué)附屬南京醫(yī)院醫(yī)療設(shè)備處;青島理工大學(xué)土木工程系;南京醫(yī)科大學(xué)數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)系;南京醫(yī)科大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程系;
【基金】：南京醫(yī)科大學(xué)科技發(fā)展基金面上項(xiàng)目(2014NJMU035)
【分類號(hào)】：R440

【參考文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1588311