本文關鍵詞： 肺炎克雷伯菌 質(zhì)粒 多重耐藥 全基因組測序 耐藥編碼基因 轉(zhuǎn)座子 插入序列　出處：《西南醫(yī)科大學》2017年碩士論文　論文類型：學位論文

【摘要】：肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae KPN)是臨床常見的細菌,常引起原發(fā)性肺炎、支氣管炎、泌尿道感染。近年來,由于抗菌藥物選擇壓力加大,臨床濫用藥物情況嚴重,致使多重耐藥肺炎克雷伯菌分離率明顯增加。根據(jù)中國細菌耐藥監(jiān)測網(wǎng)CHINET 2015年底公布最新數(shù)據(jù)顯示革蘭陰性菌占臨床分離菌總數(shù)的71.1%,肺炎克雷伯菌占所有革蘭陰性菌的比例達到19.8%。本研究采用第三代高通量測序技術平臺對臨床所分離多重耐藥肺炎克雷伯菌株SWU01進行全基因組測序,研究多重耐藥肺炎克雷伯菌的耐藥機制和傳播機制,對多重耐藥肺炎克雷伯菌的防治具有重要意義。目的:分析臨床分離多重耐藥肺炎克雷伯菌株SWU01對18種臨床常用抗菌藥物的耐藥情況以及其產(chǎn)超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(ESBLs)、AmpC酶、碳青霉烯酶情況,為指導臨床合理使用抗生素提供科學依據(jù);運用高通量測序技術對多重耐藥肺炎克雷伯菌株SWU01進行全基因測序,分析其基因組特征,并對耐藥基因進行分析,了解菌株多重耐藥的遺傳機制,為醫(yī)院感染防控提供實驗依據(jù)。方法:收集2016年某醫(yī)院臨床分離的多重耐藥肺炎克雷伯菌SWU01,經(jīng)培養(yǎng)鑒定、18種抗菌藥物(阿米卡星、氨芐西林、慶大霉素、頭孢吡肟、頭孢曲松、頭孢他啶、頭孢替坦、頭孢唑林、妥布霉素、氨芐西林/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦、氨曲南、厄他培南、亞胺培南、呋喃妥因、復方新諾明、環(huán)丙沙星、左旋氧氟沙星)最低抑菌濃度值(MIC)以及相關耐藥表型驗證實驗確定其耐藥表型;采用多位點序列分型(MLST)方法確定菌株克隆型別;運用高通量測序技術進行全基因組測序,運用多種生物信息分析軟件和ncbi基因資料庫對所得基因信息進行分析。結(jié)果:1.swu01經(jīng)培養(yǎng)鑒定為肺炎克雷伯菌;藥敏實驗對所有18種抗菌藥物均表現(xiàn)為耐藥,耐藥率達100%;超廣譜β內(nèi)酰胺酶、ampc酶、碳青霉烯酶均為陽性,為多重耐藥菌株;mlst型別為st11。2.對獲得菌株的基因組進行全基因組測序,所獲數(shù)據(jù)通過大量軟件分析后最終確定swu01基因序列全長5,536,506bp,平均gc含量57.51%(genebankaccess-ionno:cp018454-cp018455),包含6459個蛋白質(zhì)編碼基因;在同源基因分析的基礎上,將所有比齊后的同源基因串聯(lián)起來獲得全基因組水平上的比對結(jié)果進行全基因組進化樹的構建,明確swu01與菌株cp006659.2親緣關系最近。3.swu01耐藥基因主要分布在質(zhì)粒pswu01,pswu01全長162,552bp,gc含量52.76%;含有250個開放閱讀框,其中有69個耐藥相關編碼基因,包括36個接合性質(zhì)粒轉(zhuǎn)移編碼基因、5個抗菌藥物耐藥編碼基因(tem-1、ctx-m-65、shv-12、rmtb、kpc-2)、4個毒素編碼基因、8個轉(zhuǎn)座子、15個插入序列以及1個Ⅰ類整合子整合酶編碼基因;pswu01質(zhì)粒與genebank已收錄的耐藥質(zhì)粒lj04(登錄號:kt185451.1)的全長151,466個序列中有85%相同;與另一genebank收錄的耐藥質(zhì)粒pkp1034質(zhì)粒(登錄號:kp893385.1)的全長136,848個序列中有76%相同。pswu01和lj04、pkp1034三個質(zhì)粒均攜帶有耐藥基因tem-1、ctx-m-65、shv-12、rmtb和kpc-2,其表達耐藥基因的序列完全相同,只是各自在質(zhì)粒中所處相對位置有所差異。結(jié)論:1.肺炎克雷伯菌株swu01對所有18種抗菌藥物均耐藥,為多重耐藥菌株。2.肺炎克雷伯菌株swu01全基因組測序(genebankaccessionno:cp018454-cp018455)全長5,536,506bp,平均gc含量57.51%,包含6459個蛋白質(zhì)編碼基因,與菌株cp006659.2親緣關系最近;SWU01含有耐藥質(zhì)粒,其中耐藥基因主要分布在質(zhì)粒PSWU01。3.肺炎克雷伯菌株SWU01質(zhì)粒PSWU01全長162,552bp,GC含量52.76%,包含250個蛋白質(zhì)編碼基因,其中含大量抗菌藥物耐藥編碼基因是菌株多重耐藥的主要原因。
[Abstract]:鑲虹値鍏嬮浄浼弻(Klebsiella pneumoniae KPN)鏄復搴婂父瑙佺殑緇嗚弻,甯稿紩璧峰師鍙戞，

本文編號：1480364