本文關(guān)鍵詞：浙江省柯薩奇病毒A16 VP1基因特征分析及B細(xì)胞抗原表位預(yù)測(cè)　出處：《臨床檢驗(yàn)雜志》2017年01期 　論文類(lèi)型：期刊論文

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【摘要】：目的了解浙江省柯薩奇病毒A16(CA16)VP1基因特征及其變遷規(guī)律并預(yù)測(cè)VP1蛋白上B細(xì)胞抗原表位。方法在Gen Bank檢索并下載35個(gè)浙江省CA16流行株及69個(gè)已知基因型CA16參考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0軟件進(jìn)行比對(duì)分析和構(gòu)建種系進(jìn)化樹(shù),確定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸變異;運(yùn)用DNA Star中的Protean模塊預(yù)測(cè)VP1上可能的線(xiàn)性B淋巴細(xì)胞抗原表位。結(jié)果浙江省CA16病毒基因型為B1基因型(34株)和A基因型(1株)。B1型中以B1b亞型(24株)占絕對(duì)優(yōu)勢(shì),其次為B1a亞型(10株)。浙江省CA16流行株VP1核苷酸和氨基酸同源性分別為75.5%~100%和89.5%~100%;VP1區(qū)氨基酸序列高度保守,但也存在部分變異。VP1中可能的B細(xì)胞抗原表位(氨基酸肽段)有13個(gè),分別為10-20、30-38、57-62、73-79、98-106、118-123、159-168、173-177、184-189、240-246、265-273、274-284和289-295。結(jié)論浙江省CA16流行株存在A、B1 2個(gè)基因型,B1b和B1a為主要基因型,其VP1區(qū)氨基酸變異程度較低,VP1中13個(gè)預(yù)測(cè)的B細(xì)胞抗原表位可為CA16疫苗的研制提供科學(xué)依據(jù)。
[Abstract]:Objective to understand Coxsackie virus A16 CA16 in Zhejiang Province. The characteristics of VP1 gene and its changes and the prediction of B cell epitopes on VP1 protein. The VP1 gene sequences of 35 CA16 epidemic strains and 69 known CA16 reference strains in Zhejiang Province were retrieved and downloaded by Bank. The MEGA 6.0 software was used to analyze and construct the phylogenetic tree, to determine the genotype of CA16 epidemic strains in Zhejiang Province, and to analyze the nucleotide and amino acid homology and amino acid variation of VP1. The Protean module of DNA Star was used to predict the possible linear B lymphocyte epitopes on VP1. Results the genotype of CA16 virus in Zhejiang Province was 34 strains with B1 genotype. B 1b subtype (24 strains) was the dominant genotype. The nucleotide and amino acid homology of VP1 of CA16 epidemic strains in Zhejiang Province were 75.555% and 89.5%, respectively. The amino acid sequence of VP1 region was highly conserved, but there were also some variations. There were 13 possible B cell epitopes (amino acid peptide) in VP1, which were 10-20 ~ 30-38 ~ 57-62, respectively. 73-79C98-106C 118-123C 159-168N 173-177-184-189C240-246C265-273. Conclusion there are two genotypes of CA16 in Zhejiang Province, B 1b and B 1a, and the degree of amino acid variation in VP1 region is low. The 13 predicted B cell epitopes in VP1 may provide scientific basis for the development of CA16 vaccine.
【作者單位】： 浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院檢驗(yàn)科;浙江省臨床體外診斷技術(shù)研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;中國(guó)人民解放軍第一一七醫(yī)院檢驗(yàn)科;
【基金】：國(guó)家科技重大專(zhuān)項(xiàng)“傳染病監(jiān)測(cè)技術(shù)平臺(tái)”項(xiàng)目(2012ZX10004-210)
【分類(lèi)號(hào)】：R440
【正文快照】： ~A24)和B組病毒的6個(gè)血清型(B1~B6),其中柯薩奇病毒A16(Coxsaekievirus A16,CA16)是引起兒童手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的主要病原體之一[1]。CA16感染除了引起輕癥感染外,還可導(dǎo)致重癥或死亡病例發(fā)生[2-3]。近年來(lái)浙江省HFMD發(fā)病率一直位居法定傳染病前兩位

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1359112