MicroRNAs（miRNAs）是一種大小約21—23個堿基的單鏈小分子RNA,是由具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的約70-90個堿基大小的單鏈RNA前體經(jīng)過Dicer酶加工后生成。隨著人們對mi RNA的認(rèn)知逐步深入,許多研究表明,mi RNA在生物過程中有著重要的作用,而mi RNA自身的表達(dá)和對基因的調(diào)控作用可能會影響各種疾病。因此,準(zhǔn)確檢測miRNAs與疾病之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系成為近年來的一個新的研究熱點(diǎn)。早期研究方法主要基于生物實(shí)驗(yàn),獲得的結(jié)果準(zhǔn)確度較高,也從根本上驗(yàn)證了mi RNA與疾病存在關(guān)聯(lián)關(guān)系。然而實(shí)驗(yàn)方法存在成本昂貴,耗時(shí)較長,且成功率不高等缺點(diǎn),研究者需要更有效的方法來解決該問題。而隨著已知關(guān)聯(lián)關(guān)系的增加,利用已知的關(guān)聯(lián)關(guān)系而使用計(jì)算生物學(xué)方式來預(yù)測miRNAs與疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系似乎成為了科研工作者的突破口。一方面,它的結(jié)果可以剔除大量的“錯誤答案”,節(jié)約寶貴的實(shí)驗(yàn)成本;另一方面,好的生物計(jì)算方法甚至可以替代生物實(shí)驗(yàn),用極高的準(zhǔn)確率完成miRNAs與疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測。本文將當(dāng)前的用于miRNAs-疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系的計(jì)算方法分為兩大類:（1）基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的方法,（2）基于機(jī)器學(xué)習(xí)的方法。... 

【文章來源】：哈爾濱工業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 985工程院校

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【圖文】：

RWRMDA算法示意圖

分布示意圖見圖3-1 和 3-2。從圖中可以看到，有大量的 miRNAs 和疾病只有 1-2 個已知關(guān)聯(lián)，在進(jìn)行交叉檢驗(yàn)時(shí)，這將極大的考驗(yàn) miRNAs-疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測算法在未知miRNAs-疾病關(guān)聯(lián)的情況下進(jìn)行預(yù)測的能力。

- 21 -圖 3-2 miRNA 中 miRNAs-疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系分布圖3.3 實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證本小節(jié)對本文提出的基于序列的 miRNA 功能相似度計(jì)算方法和 MISIM 進(jìn)行了結(jié)果比對，這里用到了本文在第 5 章將要提出的基于矩陣分解的 miRNAs-疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測算法模型，模型細(xì)節(jié)將在第 5 章做出詳細(xì)介紹，這里只用作說明基于序列的 miRNA 功能相似度計(jì)算方法的有效性。除此之外，還有將在第5章用于對比實(shí)驗(yàn)的一些現(xiàn)有的其他方法，如 RWRMDA、CMFMDA和RLSMDA，具體的結(jié)果如圖 3-3 所示。從圖 3-3 中可以看到，基于序列的 miRNA 功能相似度計(jì)算方法除了在原理上規(guī)避了多余先驗(yàn)信息的問題外，在結(jié)果上也取得了和使用 MISIM 時(shí)近似甚至


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