生物細(xì)胞種包含了許多蛋白質(zhì),這些大分子在生物體內(nèi)起著重要作用。蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)往往決定其功能,因此,揭示蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)是了解其生物功能,實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)折疊病基因治療的先決條件。目前,蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)實(shí)驗(yàn)測(cè)定方法包括X射線晶體衍射和核磁共振,然而,這些方法不僅費(fèi)錢費(fèi)力,而且周期長(zhǎng)。因此,如何利用計(jì)算機(jī)設(shè)計(jì)適當(dāng)?shù)乃惴?以序列為起點(diǎn),預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)是生物信息學(xué)領(lǐng)域的重要研究課題之一。從頭預(yù)測(cè)方法是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)領(lǐng)域中最為活躍的研究熱點(diǎn)之一。該方法根據(jù)Anfinsen法則,直接基于蛋白質(zhì)物理或知識(shí)能量模型,利用優(yōu)化算法在構(gòu)象空間搜索全局最低能量構(gòu)象解。但是,蛋白質(zhì)構(gòu)象空間優(yōu)化的本質(zhì)復(fù)雜性,使其成為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)從頭預(yù)測(cè)領(lǐng)域中一個(gè)極具挑戰(zhàn)性的研究課題。為了能夠利用計(jì)算機(jī)在巨大采用空間中發(fā)現(xiàn)唯一的天然結(jié)構(gòu),就必須設(shè)計(jì)高效的構(gòu)象優(yōu)化算法將其轉(zhuǎn)化為可實(shí)際操作的計(jì)算問題。本文基于進(jìn)化算法框架,結(jié)合抽象凸估計(jì)理論,提出兩種抽象凸估計(jì)差分進(jìn)化算法;進(jìn)一步,針對(duì)單域蛋白,提出抽象凸估計(jì)多策略蛋白質(zhì)構(gòu)象空間優(yōu)化算法;針對(duì)多域蛋白,提出多域蛋白結(jié)構(gòu)域組裝算法。本文的主要工作可以歸納為以下幾點(diǎn):（1）針對(duì)差分進(jìn)化算法在... 

【文章來(lái)源】：浙江工業(yè)大學(xué)浙江省

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

0種常見的氨基酸(圖片來(lái)源于http://letterformatfor.org/8-amino-acid-chart)

浙江工業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文是指多肽主鏈(不包括側(cè)鏈構(gòu)象)上存在的，具有包括如圖 2.2 所示的 螺旋和 β 折疊，與一級(jí)結(jié)構(gòu)。 螺旋和 β 折疊是有規(guī)則的幾何結(jié)構(gòu)， 螺旋曲、穩(wěn)固的螺旋結(jié)構(gòu)，而 β 折疊是肽鏈平面折疊an plot)中， 螺旋和 β 折疊的二面角 ψ 和 φ 具有特種氫鍵配體和受體在肽鏈骨架上的飽和方式。蛋三維結(jié)構(gòu)的隨機(jī)線圈稱為 loop 區(qū)域。從蛋白質(zhì)的 PSIPRED[87]和 PSSpred[88]等，從三維結(jié)構(gòu)出發(fā)，結(jié)構(gòu)。

圖 2.3 雞卵清溶菌酶(1dpx)的三維結(jié)構(gòu)個(gè)稱為亞基的多肽鏈組成，這些亞基可以相同(體中)。蛋白質(zhì)四級(jí)結(jié)構(gòu)就是由兩個(gè)或多個(gè)獨(dú)立中，每條多肽鏈都是一個(gè)獨(dú)立的三級(jí)結(jié)構(gòu)。與三氫鍵、離子鍵和范德華力等來(lái)保持結(jié)構(gòu)穩(wěn)定的；都有四級(jí)結(jié)構(gòu)，只有包含多條能夠聚合在一起形蛋白質(zhì)四級(jí)締合可以增強(qiáng)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性，提高遺生物功能。圖 2.4 給出了人類增殖細(xì)胞核抗原(1

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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