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  本文關鍵詞：棉花纖維發(fā)育的蛋白質(zhì)組學研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《南京農(nóng)業(yè)大學》 2011年

不同農(nóng)藝性狀棉花品種（系）纖維初始發(fā)育時期轉錄組和蛋白質(zhì)組的比較分析

李茂峰  

【摘要】：棉花由胚珠部分表皮細胞經(jīng)過起始、伸長、次生加厚和成熟四個既相互不同又部分重疊的發(fā)育階段發(fā)育而成的單細胞纖維,棉花纖維的產(chǎn)量和品質(zhì)主要取決于前三個過程,例如起始發(fā)育決定單個胚珠纖維的數(shù)量,而伸長過程在很大程度上決定纖維的長度同時也部分決定品質(zhì)的形成。棉花纖維發(fā)育是一個非常復雜的生物學過程,EST測序和微陣列分析結果表明棉花纖維起始和伸長發(fā)育相關的基因可能多達幾千個,不少基因已經(jīng)得到了分離和鑒定,然而纖維發(fā)育的分子機理遠未完全揭示,基因的功能也未能與產(chǎn)量或者纖維品質(zhì)等農(nóng)藝性狀直接聯(lián)系起來。選擇不同遺傳背景、具有典型農(nóng)藝性狀的陸地棉品種(系),對纖維某一特定發(fā)育階段基因(轉錄組)和蛋白質(zhì)(蛋白質(zhì)組)表達水平進行分析比較,鑒定其差異表達的基因和蛋白質(zhì),一方面可以篩選可能具有與某些農(nóng)藝性狀直接相關的、有潛在利用價值的候選基因,另一方面,還可以作為遺傳基因組學的候選基因表達性狀和蛋白質(zhì)表達性狀,用于表達QTL (eQTL)和蛋白質(zhì)QTL (pQTL)作圖,從而更準確地鑒別控制復雜性狀及其相關基因表達的候選基因,構建相應的基因調(diào)控網(wǎng)絡。 為此,本文以五種農(nóng)藝性狀差別明顯的陸地棉品種(系)徐州142、蘇研401、7235、CJ139和徐州142無纖維突變體為研究材料,采用基因芯片技術以及iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學技術,比較了纖維初始發(fā)育時期(0、1DPA)四個纖維正常發(fā)育的陸地棉品種(系)之間的RNA和蛋白質(zhì)表達差異,篩選可能與農(nóng)藝性狀形成有關的差異表達基因和蛋白質(zhì)；以徐州142無纖維突變體為對照,鑒定了在四種正常纖維發(fā)育品種(系)中一致上調(diào)或下調(diào)的共同差異表達基因和蛋白質(zhì),研究的主要結果如下： 1.利用Affymetrix公司的GeneChip(?)棉花基因組芯片比較四個具有典型農(nóng)藝性狀的陸地棉品種(系)之間在纖維發(fā)育早期(ODPA和1DPA)基因的表達差異,按照q-value(%)≤5、差異倍數(shù)即Fold Change≥2或≤0.5、樣本數(shù)≥3的篩選的標準進行篩選總共鑒定出2331個差異表達基因。其中有32個基因參與細胞骨架重排、39個基因參與膨壓維持、46個基因參與激素合成與信號轉導、84基因參與糖代謝、22個基因參與胞內(nèi)過氧化物平衡,還有98個基因編碼為轉錄因子。 2.利用iTRAQ蛋白蛋白質(zhì)組學技術比較具有三種典型農(nóng)藝性狀的陸地棉品種(系)蘇研401、7235和CJ139之間在纖維發(fā)育早期(ODPA和1DPA)蛋白質(zhì)的表達差異,以肽段的質(zhì)譜峰面積差異1.2或0.8為界,PMF+MS/MS分別搜索NCBInr綠色植物蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫和棉花EST數(shù)據(jù)庫分別鑒定出485和998個蛋白質(zhì),功能主要涉及到結合活性、催化活性、細胞結構分子、翻譯調(diào)控和細胞組分的組裝等。 3.比較差異表達的轉錄本和蛋白質(zhì),結果發(fā)現(xiàn)有240(10.29%)個基因可以找到270個對應的或高度同源的蛋白質(zhì),其中僅有七個基因表現(xiàn)一致,絕大多數(shù)不一致,相關性低。可能受轉錄后修飾、翻譯和翻譯后修飾等機制調(diào)控。 4.以徐州142無纖維突變體為對照,比較分析正常與突變體之間RNA和蛋白質(zhì)表達差異,利用基因芯片我們總共鑒定出293個共同的差異基因,功能涉及氧化還原酶活性、水解酶活性、離子結合活性、核酸結合活性和跨膜轉運活性。利用iTRAQ技術我們總共鑒定出406個蛋白,功能涉及核酸結合活性、蛋白質(zhì)結合活性、離子結合活性、氧化還原酶活性、水解酶活性、轉移酶活性、輔因子結合和脂質(zhì)的結合活性。

【關鍵詞】：
【學位授予單位】：南京農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2011
【分類號】：S562
【目錄】：

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