Effects of Intrinsic and Extrinsic Noises on Transposons Kin
發(fā)布時(shí)間:2021-10-27 01:52
噪聲(或波動(dòng))現(xiàn)象在各種生物系統(tǒng)中普遍存在,從種群水平到分子水平的生物系統(tǒng)。噪聲在耦合極限環(huán)振子模型的中被廣泛的研究。例如,種群系統(tǒng)(如捕食者-獵物模型)、可興奮細(xì)胞(如神經(jīng)元模型)和細(xì)胞內(nèi)信號(hào)系統(tǒng)(如鈣振蕩模型)。轉(zhuǎn)座因子是能夠改變其在基因組中位置的DNA序列。在真核細(xì)胞中,TES在基因組功能和進(jìn)化中起著至關(guān)重要的作用。TES對(duì)宿主基因組的編輯操作分為兩類:一類是“復(fù)制粘貼”,另一類是“剪切粘貼”。一些轉(zhuǎn)座子(如自主長(zhǎng)穿插的核元素,LINES)編碼執(zhí)行切除功能的酶,而另一些轉(zhuǎn)座子是寄生的(如非自主短穿插的核元素,SINES),依賴于常規(guī)TES產(chǎn)生的酶。雖然噪聲在各種生物系統(tǒng)中普遍存在,但生化系統(tǒng)的絕對(duì)濃度魯棒性(ACR)穩(wěn)定狀態(tài)可以防止系統(tǒng)成分的大濃度變化。本文基于LINES與SINES相互作用的最小模型,分別研究了內(nèi)噪聲和外噪聲對(duì)系統(tǒng)的影響。通過(guò)數(shù)值模擬研究了內(nèi)、外噪聲對(duì)轉(zhuǎn)座子動(dòng)力學(xué)ACR穩(wěn)態(tài)的影響,研究發(fā)現(xiàn),ACR穩(wěn)態(tài)周圍的捕食者-食餌類振蕩是由內(nèi)噪聲或外噪聲引起的:(ⅰ)在相同的噪聲強(qiáng)度下,內(nèi)噪聲引起的振蕩幅度大于外噪聲引起的振蕩幅度。隨著噪聲強(qiáng)度的增加,系統(tǒng)概率分布的峰值由第...
【文章來(lái)源】:華中師范大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:178 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1.1兩種自主或“非自主”的轉(zhuǎn)座元件
希茫裕希遙粒蹋牐模桑櫻櫻牛遙裕粒裕桑希危崳姡墸崳?圖3.3具有不同反饋的突變序列中SCs,TCs和DCs的時(shí)間進(jìn)程。初始參數(shù)??取為?NO?(0)?=1.0,?N1?(0)?=1.0,?N2?(0)?=1.0,并且a=0.286,p=0.432,a2=??0.3,?P2=?0.3。突變導(dǎo)致P=?0.512,?a=?0.5,?p=?0.6973。最后一個(gè)突變是上排a=?1.1,??底行P=?1.1。所有參數(shù)均以hr-1測(cè)量。??3.2.1突變過(guò)程和腫瘤開始??由式(1)-(3)可知,四種反饋情況下的突變過(guò)程如圖3所示。我們考慮可以增??加凈生長(zhǎng)速率a或P的突變,并且突變可以給出對(duì)細(xì)胞2,3選擇優(yōu)勢(shì)。選擇相同的??初始參數(shù)集N0?(0)?=?1.0,?N1?(0)?=?1.0,?N2?(0)?=?1_0,并且a=0.286,?p=0.432,??a2=?0.3,?P2=?0.3與四種反饋情況一起選擇。隨著時(shí)間的推移,除了最后一個(gè)突??變,其中a=l.l,p=0.697?(圖3的上排)或a=0.5,p=l.l?(底部),所有四個(gè)??反饋中的過(guò)程都采用相同的突變序列。圖3)。以上兩種情況表示最后的突變??可以引起極大的選擇性優(yōu)勢(shì)
DOCTORAL?DISSERTATION??0.2?且p=0.432。?(e-h)?a=0.2?且a2=0.3。所有參數(shù)均以?hr-1?測(cè)量。??圖3.5四種不同反饋下,凈增長(zhǎng)率對(duì)Fano因子漲落影響的差異性。(a-c〇a2??=0.2,p=?0.432〇?(d,e)a=?0.2?和a2?=?0.3。所有參數(shù)均以?hr-1?表示。??3.2.3?Fano?Facto上的范德華式循環(huán)??以上理論結(jié)果表明,隱窩中SC的數(shù)量總是很少,除了具有較大凈增長(zhǎng)率a??的SL和SS反饋(圖4?(c,d))之外,這與正常結(jié)腸隱窩中的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)一致。??由于SCs數(shù)量較少,用Langevin方法研究了穩(wěn)定狀態(tài)下種群相對(duì)較高的漲落,??這些漲落可以用Fano因子來(lái)表征。具有作為a的函數(shù)的四個(gè)反饋的SCs,TCs和??DCs的Fano因子順序地由圖5?(a-c)示出。固定凈增長(zhǎng)率為p?(p=0.432),很??明顯,SL和SS反饋的三個(gè)Fano因子(F0,?FI,?F2)與LL和LS反饋有很大不??同。隨著a的増加
本文編號(hào):3460634
【文章來(lái)源】:華中師范大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:178 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1.1兩種自主或“非自主”的轉(zhuǎn)座元件
希茫裕希遙粒蹋牐模桑櫻櫻牛遙裕粒裕桑希危崳姡墸崳?圖3.3具有不同反饋的突變序列中SCs,TCs和DCs的時(shí)間進(jìn)程。初始參數(shù)??取為?NO?(0)?=1.0,?N1?(0)?=1.0,?N2?(0)?=1.0,并且a=0.286,p=0.432,a2=??0.3,?P2=?0.3。突變導(dǎo)致P=?0.512,?a=?0.5,?p=?0.6973。最后一個(gè)突變是上排a=?1.1,??底行P=?1.1。所有參數(shù)均以hr-1測(cè)量。??3.2.1突變過(guò)程和腫瘤開始??由式(1)-(3)可知,四種反饋情況下的突變過(guò)程如圖3所示。我們考慮可以增??加凈生長(zhǎng)速率a或P的突變,并且突變可以給出對(duì)細(xì)胞2,3選擇優(yōu)勢(shì)。選擇相同的??初始參數(shù)集N0?(0)?=?1.0,?N1?(0)?=?1.0,?N2?(0)?=?1_0,并且a=0.286,?p=0.432,??a2=?0.3,?P2=?0.3與四種反饋情況一起選擇。隨著時(shí)間的推移,除了最后一個(gè)突??變,其中a=l.l,p=0.697?(圖3的上排)或a=0.5,p=l.l?(底部),所有四個(gè)??反饋中的過(guò)程都采用相同的突變序列。圖3)。以上兩種情況表示最后的突變??可以引起極大的選擇性優(yōu)勢(shì)
DOCTORAL?DISSERTATION??0.2?且p=0.432。?(e-h)?a=0.2?且a2=0.3。所有參數(shù)均以?hr-1?測(cè)量。??圖3.5四種不同反饋下,凈增長(zhǎng)率對(duì)Fano因子漲落影響的差異性。(a-c〇a2??=0.2,p=?0.432〇?(d,e)a=?0.2?和a2?=?0.3。所有參數(shù)均以?hr-1?表示。??3.2.3?Fano?Facto上的范德華式循環(huán)??以上理論結(jié)果表明,隱窩中SC的數(shù)量總是很少,除了具有較大凈增長(zhǎng)率a??的SL和SS反饋(圖4?(c,d))之外,這與正常結(jié)腸隱窩中的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)一致。??由于SCs數(shù)量較少,用Langevin方法研究了穩(wěn)定狀態(tài)下種群相對(duì)較高的漲落,??這些漲落可以用Fano因子來(lái)表征。具有作為a的函數(shù)的四個(gè)反饋的SCs,TCs和??DCs的Fano因子順序地由圖5?(a-c)示出。固定凈增長(zhǎng)率為p?(p=0.432),很??明顯,SL和SS反饋的三個(gè)Fano因子(F0,?FI,?F2)與LL和LS反饋有很大不??同。隨著a的増加
本文編號(hào):3460634
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