發(fā)布時(shí)間：2021-08-07 02:13

　　靜電嵌入的擴(kuò)展化的分子碎片共軛帽（EE-GMFCC）方法已成功應(yīng)用于高效線性伸縮量子力學(xué)（QM）的蛋白質(zhì)能量計(jì)算。本文中,我們將EE-GMFCC方法應(yīng)用于計(jì)算核酸內(nèi)切酶與免疫蛋白復(fù)合物的結(jié)合自由能。用EE-GMFCC方法計(jì)算野生型復(fù)合物與變異復(fù)合物的結(jié)合自由能與實(shí)驗(yàn)值能很好的符合�；诜肿恿W(xué)泊松-玻爾茲曼表面積方法（MM/PBSA）所得的最靠近平均結(jié)合自由能的結(jié)構(gòu)在B3LYP/6-31G*-D水平下的預(yù)測(cè)值與實(shí)驗(yàn)值之間的相關(guān)系數(shù)為0.906。其結(jié)果顯示量子效應(yīng)對(duì)于精確預(yù)測(cè)蛋白-蛋白結(jié)合自由能非常重要。此外,PB溶劑化自由能的自洽計(jì)算對(duì)于精確計(jì)算蛋白-蛋白結(jié)合自由能也發(fā)揮了重要作用。目前的研究表明EE-GMFCC計(jì)算方法能夠?yàn)榈鞍?蛋白復(fù)合體結(jié)合自由能的計(jì)算提供可信的預(yù)測(cè)。 

【文章來(lái)源】：華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：52 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

人類肌肉乳酸脫氫酶-L兩條M鏈結(jié)合的熱點(diǎn)區(qū)域（PDBID：li10）兩條鏈分別用黃色與藍(lán)綠色表示，熱點(diǎn)區(qū)域用紅色的球棍模型表示圖中展示了此同源二聚體相互作用面

人類生長(zhǎng)激素蛋白（綠色）與其配體（藍(lán)色）四個(gè)熱點(diǎn)殘基用球棍模型表示，兩個(gè)色氨酸為粉色PDBID:1a22

在較大的蛋白體系中嚴(yán)格處理兩體量子相互作用能是必須的 在 EE-GMFCC 方法中，一種廣義的共軛帽用來(lái)描述空間中非鄰近碎片殘基（見圖3.1b） 對(duì)于EE-GMFCC方法更為詳盡的描述見文獻(xiàn)[101] 基于此前的研究[101, 137], 兩個(gè)非鄰近殘基，當(dāng)他們之間的距離小于闕值 λ 時(shí)（本研究中 λ=4.0 ），就認(rèn)為緊密接觸，他們的相互作用能就會(huì)在量子水平計(jì)算 所有碎片的相關(guān)計(jì)算都基于點(diǎn)電荷的靜電場(chǎng)，蛋白的其他部分當(dāng)成背景電荷 體系的總能量可以通過(guò)下式得到（3-1）其中 包括每一塊碎片自身的能量以及碎片與其背景電荷的相互作用能 i 與 j表示蛋白中第 i 與第 j 個(gè)殘基碎片, C ¤ C ¤ 表示第 i 個(gè)殘基碎片 ( )左端加上帽子 (C ¤ ) ，右端加上帽子 (C ¤


本文編號(hào)：3326887