為探明文冠果MAPK16基因的生物學特征及功能,根據文冠果de novo轉錄組數據搜索MAPK16基因的cDNA序列（XsMAPK16）,并對XsMAPK16基因全長cDNA序列進行生物信息學分析。結果顯示,XsMAPK16基因cDNA序列包含1個長度為1 677bp的完整ORF,可編碼558個氨基酸。XsMAPK16蛋白大部分區(qū)域為親水區(qū),由235個α螺旋、232個無規(guī)則卷曲,59個延伸鏈、32個β轉角構成。依據2gcc.1.A同源建模法,獲得1個三級結構模型,該模型從第12個氨基酸開始到第362個氨基酸結束。XsMAPK16蛋白與12種其他植物MAPK蛋白的同源性分析顯示,文冠果MAPK16與甜橙MAPK的同源性最高（94.93%）。該結果將為解析文冠果抗旱的調控機制提供新的理論基礎,并為文冠果的抗旱育種提供新思路。 

【文章來源】：天津農業(yè)科學. 2020,26(02)

【文章頁數】：5 頁

【部分圖文】：

XsMAPK16蛋白的疏水性/親水性

基于蛋白質數據庫，利用SOPMA軟件對XsMAPK16蛋白序列進行二級結構預測，結果（圖3）顯示，XsMAPK16蛋白由235個ɑ螺旋、232個無規(guī)則卷曲、59個延伸鏈、32個β轉角構成，分別占42.11%、41.58%、10.57%、5.73%，其中ɑ螺旋和無規(guī)則卷曲所占比例分別位列第1、2位，可以推測文冠果XsMAPK16蛋白二級結構的結構元件是以ɑ級螺旋和無規(guī)則卷曲的形式存在，而β旋轉角和延伸鏈散布在整個蛋白質中。2.5 XsMAPK16蛋白序列的三級結構

利用同源建模法，將XsMAPK16蛋白質序列提交至SWISS-MODEL，根據2gcc.1.A同源建模法，得到1個三級結構模型（圖4），該模型從第12個氨基酸開始到第362個氨基酸結束，主要由ɑ氨螺旋、無規(guī)則卷曲、延伸鏈和β旋轉角組成，與二級結構預測結果基本一致。2.6 XsMAPK16蛋白序列與其他植物MAPK蛋白序列的同源性比較

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3562107