為探明文冠果MAPK16基因的生物學特征及功能,根據(jù)文冠果de novo轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)搜索MAPK16基因的cDNA序列（XsMAPK16）,并對XsMAPK16基因全長cDNA序列進行生物信息學分析。結(jié)果顯示,XsMAPK16基因cDNA序列包含1個長度為1 677bp的完整ORF,可編碼558個氨基酸。XsMAPK16蛋白大部分區(qū)域為親水區(qū),由235個α螺旋、232個無規(guī)則卷曲,59個延伸鏈、32個β轉(zhuǎn)角構(gòu)成。依據(jù)2gcc.1.A同源建模法,獲得1個三級結(jié)構(gòu)模型,該模型從第12個氨基酸開始到第362個氨基酸結(jié)束。XsMAPK16蛋白與12種其他植物MAPK蛋白的同源性分析顯示,文冠果MAPK16與甜橙MAPK的同源性最高（94.93%）。該結(jié)果將為解析文冠果抗旱的調(diào)控機制提供新的理論基礎(chǔ),并為文冠果的抗旱育種提供新思路。 

【文章來源】：天津農(nóng)業(yè)科學. 2020,26(02)

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

XsMAPK16蛋白的疏水性/親水性

基于蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，利用SOPMA軟件對XsMAPK16蛋白序列進行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測，結(jié)果（圖3）顯示，XsMAPK16蛋白由235個ɑ螺旋、232個無規(guī)則卷曲、59個延伸鏈、32個β轉(zhuǎn)角構(gòu)成，分別占42.11%、41.58%、10.57%、5.73%，其中ɑ螺旋和無規(guī)則卷曲所占比例分別位列第1、2位，可以推測文冠果XsMAPK16蛋白二級結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)元件是以ɑ級螺旋和無規(guī)則卷曲的形式存在，而β旋轉(zhuǎn)角和延伸鏈散布在整個蛋白質(zhì)中。2.5 XsMAPK16蛋白序列的三級結(jié)構(gòu)

利用同源建模法，將XsMAPK16蛋白質(zhì)序列提交至SWISS-MODEL，根據(jù)2gcc.1.A同源建模法，得到1個三級結(jié)構(gòu)模型（圖4），該模型從第12個氨基酸開始到第362個氨基酸結(jié)束，主要由ɑ氨螺旋、無規(guī)則卷曲、延伸鏈和β旋轉(zhuǎn)角組成，與二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果基本一致。2.6 XsMAPK16蛋白序列與其他植物MAPK蛋白序列的同源性比較

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3562107