調(diào)研國內(nèi)外醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)學(xué)術(shù)信息聚合系統(tǒng),剖析了現(xiàn)有系統(tǒng)的資源組織原理和特點,梳理了資源聚合的主要方法和模式。從用戶需求理論的基本觀點出發(fā),探討了學(xué)術(shù)信息聚合系統(tǒng)未來的發(fā)展趨勢,旨在為學(xué)術(shù)信息聚合平臺的聚合方法提供可靠的引導(dǎo)和參考。 

【文章來源】：中華醫(yī)學(xué)圖書情報雜志. 2020,29(08)

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

Coremine Medical平臺的主題概念

Chilibot平臺的檢索界面

圖2 Chilibot平臺的檢索界面生命醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中，對細(xì)胞功能的研究需要在系統(tǒng)層面了解和理解各種蛋白、基因之間的相互作用關(guān)系和信號傳導(dǎo)通路[8]，并以前人的研究結(jié)果所揭示和注釋的蛋白質(zhì)功能和蛋白質(zhì)之間的相互作用為基礎(chǔ)。然而信息資料和呈現(xiàn)蛋白質(zhì)之間相互作用信息的收集一直是一項需要大量查找、分析、注釋和重組信息的過程和工作，需要研究人員耗費大量的時間和精力在相關(guān)的文獻(xiàn)中通過人工閱讀析出基因與蛋白、蛋白與蛋白之間的相互作用關(guān)系，從而預(yù)測或科學(xué)假設(shè)未知生物學(xué)進(jìn)程中可能存在的靶點，以及調(diào)控、相互作用機(jī)制。String平臺整合了多個功能基因組學(xué)生物信息庫的資源(如Ref Seq參考序列數(shù)據(jù)庫[9]、Ensembl基因組數(shù)據(jù)庫項目[10])，對蛋白相似性數(shù)據(jù)(Similarity Matrix of Proteins,SIMAP[11])進(jìn)行了相同基因信息的去重和完整性篩選。為了保證功能基因組的系統(tǒng)化，String平臺還儲備了交叉同源基因組學(xué)的信息庫，可以提供微生物或有機(jī)生物內(nèi)的基因相互作用信息。用戶在String平臺輸入基因或蛋白名稱即可得到蛋白質(zhì)或基因相互作用的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖，節(jié)點之間的連線分別鏈接了相互作用的證據(jù)，如圖4中節(jié)點間不同顏色連線代表不同的證據(jù)，圖5中節(jié)點間連線的粗細(xì)顯示證據(jù)強(qiáng)度評分的高低。String平臺旨在提供一站式的蛋白功能和相互作用關(guān)系的信息，將用戶從信息梳理和整合工作中解放出來。String平臺中呈現(xiàn)的蛋白或基因之間的網(wǎng)絡(luò)圖有多種形式，既有關(guān)聯(lián)強(qiáng)度圖，也有關(guān)聯(lián)證據(jù)圖。許多蛋白或基因的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(如SWISS Model Respository[12]、Uni Pot蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫[13]、SMART蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫[14]、Gene Cards數(shù)據(jù)庫[15]等)都通過API接口連接到String平臺，這些數(shù)據(jù)庫中都有鏈接String平臺的功能按鈕。具有類似功能和內(nèi)容的還有Gene Mania平臺數(shù)據(jù)庫[16]。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]圖情領(lǐng)域聚合概念溯源及信息聚合研究進(jìn)展[J]. 王志紅.  圖書館論壇. 2019(01)
[2]信息聚合概念的構(gòu)成與聚合模式研究[J]. 曹樹金,馬翠嫦.  中國圖書館學(xué)報. 2016(03)
[3]網(wǎng)絡(luò)資源聚合研究綜述[J]. 劉清堂,吳林靜,黃煥.  情報科學(xué). 2015(10)
[4]基于語義的數(shù)字資源超網(wǎng)絡(luò)聚合研究[J]. 畢強(qiáng),王傳清,李潔.  情報科學(xué). 2015(03)



本文編號：3436880