蛋白質(zhì)是細胞結(jié)構(gòu)的重要構(gòu)成物質(zhì),也是細胞內(nèi)各項功能的直接執(zhí)行者。蛋白質(zhì)組學(xué)的主要任務(wù)是定性和定量地鑒定某生物體組織或細胞內(nèi)的全部蛋白質(zhì),并進一步對這些蛋白質(zhì)的亞細胞定位、相互作用與翻譯后修飾進行系統(tǒng)分析。蛋白質(zhì)翻譯后修飾在真核生物細胞內(nèi)廣泛存在,對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能有重要影響。磷酸化修飾在信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、代謝、增殖與分化等重要細胞進程中發(fā)揮著重要作用,是目前蛋白質(zhì)組學(xué)研究最廣泛的修飾類型之一。串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)的快速發(fā)展,為蛋白質(zhì)組學(xué)研究提供了良好的技術(shù)平臺。其中鳥槍法蛋白質(zhì)組學(xué)策略以肽段為核心,可實現(xiàn)肽段、蛋白質(zhì)及其翻譯后修飾的高通量快速鑒定,是目前蛋白質(zhì)組學(xué)研究最主要的技術(shù)手段。蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫搜索是串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)解析最主要的策略。然而受質(zhì)譜數(shù)據(jù)復(fù)雜性影響,數(shù)據(jù)庫搜索鑒定結(jié)果中會存在相當(dāng)比例的錯誤匹配。因此采用合理策略對數(shù)據(jù)庫搜索結(jié)果進行質(zhì)量控制已成為數(shù)據(jù)解析的必要環(huán)節(jié)。正偽庫搜索是目前質(zhì)量控制領(lǐng)域應(yīng)用最廣泛的策略,可以估計不同來源質(zhì)譜數(shù)據(jù)肽段鑒定的準(zhǔn)確性。然而隨著蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)規(guī)模的不斷提升,現(xiàn)有質(zhì)量控制算法開始面臨更多的挑戰(zhàn):1.在肽段質(zhì)控層面,多種數(shù)據(jù)搜索引擎被應(yīng)用于大規(guī)模串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析。... 

【文章來源】：中國人民解放軍軍事科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：136 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

鳥槍法蛋白質(zhì)組學(xué)研究策略[6]

圖 2 基于串聯(lián)質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組信息學(xué)分析流程與主要研究內(nèi)容2.2 基于蛋白質(zhì)序列的數(shù)據(jù)庫搜索策略蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫搜索策略由數(shù)據(jù)預(yù)處理、蛋白質(zhì)序列庫配置、數(shù)據(jù)庫搜索以及匹配結(jié)果的質(zhì)量控制組成。常見的數(shù)據(jù)庫搜索引擎包括商業(yè)軟件 Mascot[26]、

法可以支持任何搜索引擎的鑒定結(jié)果，滿足大規(guī)模蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)要（圖 1-1）；最后針對同一數(shù)據(jù)集不同搜索引擎的鑒定結(jié)果，構(gòu)建合質(zhì)控模式，提升肽段水平鑒定的靈敏度。本章工作是整個質(zhì)量控，為后續(xù)翻譯后修飾及蛋白質(zhì)水平質(zhì)控算法開發(fā)提供了平臺支撐。


本文編號：3219721