發(fā)布時(shí)間：2020-10-12 02:07

　　 隨著蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)量的快速增長(zhǎng),設(shè)計(jì)高效快速的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)算法是一個(gè)具有挑戰(zhàn)性且有重要意義的問(wèn)題。本論文設(shè)計(jì)了一個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的快速搜索算法和一個(gè)準(zhǔn)確的多重結(jié)構(gòu)比對(duì)算法,并搭建了相應(yīng)的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器mTM-align。在結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的快速搜索算法中,本文重新組織了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)中的結(jié)構(gòu),并使用啟發(fā)式算法,來(lái)加速搜索的速度。經(jīng)測(cè)試表明,mTM-align結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的快速搜索算法在速度和精度兩方面都優(yōu)于現(xiàn)今最受歡迎的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的快速搜索算法Dali Server。在多重結(jié)構(gòu)比對(duì)算法中,本文基于快速的兩兩結(jié)構(gòu)比對(duì)算法TM-align提出了mTM-align多重結(jié)構(gòu)比對(duì)算法。本文在四個(gè)數(shù)據(jù)集上與五種其他多重結(jié)構(gòu)比對(duì)算法進(jìn)行了嚴(yán)格的比較和分析,得出了mTM-align多重結(jié)構(gòu)比對(duì)算法優(yōu)于其他五種算法的結(jié)論。網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器mTM-align的一個(gè)特點(diǎn)是提供了結(jié)構(gòu)搜索和多重結(jié)構(gòu)比對(duì)的聯(lián)動(dòng)。mTM-align服務(wù)器不僅提供搜索,并且會(huì)將搜索的結(jié)果進(jìn)行多重結(jié)構(gòu)比對(duì)。一般來(lái)說(shuō),服務(wù)器完成一個(gè)中等大小蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)(長(zhǎng)度大約為300個(gè)殘基)的搜索任務(wù)需要花費(fèi)2-5分鐘;完成10個(gè)中等大小蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的多重比對(duì)大約需要10秒。服務(wù)器的網(wǎng)址為:http://yanglab.nankai.edu.cn/mTM-align/。
【學(xué)位單位】：南開大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：Q51;Q811.4
【部分圖文】：

圖 2 蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)（左為 α-螺旋，右為 β-折疊）結(jié)構(gòu)（TertiaryStructure）：指二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)一步通過(guò)盤曲或折疊形成的定規(guī)律的結(jié)構(gòu)，其主要依靠氨基酸之間的疏水相互作用，靜電力，氫鍵，

蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)

蛋白質(zhì)的四級(jí)結(jié)構(gòu)
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