內(nèi)源性多肽是生物體存在的天然生物活性肽,其中內(nèi)源性神經(jīng)肽能夠引發(fā)多種內(nèi)分泌功能的關(guān)鍵信號(hào)傳導(dǎo)反應(yīng),例如對(duì)體重的平衡、疼痛感的影響和精神疾病等。目前胰高血糖素樣肽1(GLP-1)的類似物被用于治療代謝性疾病的藥物正在推廣,因此,發(fā)現(xiàn)組織內(nèi)新的內(nèi)源性多肽并研究?jī)?nèi)源性肽對(duì)藥物開(kāi)發(fā)和疾病治療具有很大作用。目前肽段鑒定的主流方法仍是質(zhì)譜分析法和數(shù)據(jù)庫(kù)搜索兩種方法。同時(shí),因?yàn)殡亩蔚姆g后修飾(Post-Translational Modifications,PTMs)信息復(fù)雜多樣,數(shù)據(jù)庫(kù)搜索方法無(wú)法鑒定帶有PTMs的肽段。因此發(fā)展更好的方法來(lái)提高內(nèi)源肽的鑒定效率和靈敏度,能對(duì)生物醫(yī)學(xué)的發(fā)展起到重要的推動(dòng)作用。本文主要工作如下:1.分析現(xiàn)有質(zhì)譜分析法和數(shù)據(jù)庫(kù)搜索方法在鑒定質(zhì)譜時(shí)的局限性,胰蛋白酶會(huì)降低內(nèi)源肽樣品的生物活性,使得質(zhì)譜分析法提取得到的內(nèi)源肽質(zhì)量并不理想。提出了質(zhì)譜歸檔庫(kù)搜索流程方法,選擇在公共數(shù)據(jù)庫(kù)里那些未被鑒定的大鼠質(zhì)譜數(shù)據(jù)作為研究對(duì)象,用于鑒定大鼠的內(nèi)源性神經(jīng)肽。2.利用質(zhì)譜網(wǎng)絡(luò)方法鑒定內(nèi)源性神經(jīng)肽可能包含的PTMs信息,質(zhì)譜網(wǎng)絡(luò)方法通過(guò)計(jì)算相似度聚類質(zhì)譜,然后利用質(zhì)譜圖比對(duì)來(lái)鑒定氨基酸序列或翻譯后修飾。計(jì)算質(zhì)譜圖的相似性時(shí)允許肽段的部分匹配,能夠?qū)μ厥怆亩蔚拿總�(gè)質(zhì)譜圖獨(dú)立分析,所以本研究采用質(zhì)譜網(wǎng)絡(luò)方法來(lái)分析內(nèi)源肽,從未鑒定的質(zhì)譜圖中解析出神經(jīng)肽和其對(duì)應(yīng)的PTMs信息。成功解析出了來(lái)自大鼠下丘腦組織的33條內(nèi)源肽和對(duì)應(yīng)的11個(gè)PTMs。本文以解析質(zhì)譜為目標(biāo),分析了現(xiàn)有方法并建立質(zhì)譜圖數(shù)據(jù)庫(kù)搜索流程鑒定肽段,利用質(zhì)譜圖數(shù)據(jù)庫(kù)搜索結(jié)果,設(shè)計(jì)質(zhì)譜網(wǎng)絡(luò)方法流程鑒定肽段的PTMs。通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索驗(yàn)證,確定了鑒定結(jié)果的準(zhǔn)確性和有效性,為肽組學(xué)中鑒定質(zhì)譜和復(fù)雜的PTMs提供了參考。
【學(xué)位單位】：重慶郵電大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：O657.63;Q51
【部分圖文】：

驗(yàn)獲得的鑒定結(jié)果獲得的實(shí)驗(yàn)比較。質(zhì)譜圖庫(kù)圖 2.2 質(zhì)譜圖庫(kù)搜索流程的鑒定結(jié)果經(jīng)過(guò)提取構(gòu)建一致性質(zhì)譜圖庫(kù)獲得的實(shí)驗(yàn)質(zhì)譜圖與候選質(zhì)譜圖庫(kù)進(jìn)行匹配，實(shí)。質(zhì)譜圖庫(kù)搜索中使用的譜譜打分算法：利利

肽TETMA的修飾和未修飾變體之間的質(zhì)譜圖比對(duì)

圖注：使用 TPP version 5.0 (Lam, 2011)中提到的search”中，使用 SpectraST 作者提出的“fval> = 0.52002)進(jìn)行質(zhì)控以獲得較好的判別分?jǐn)?shù)和更可信的閾值（于它的原始算法就是針對(duì)正常的庫(kù)搜索和序列搜索而設(shè)計(jì)，因此對(duì)歸檔庫(kù)搜索結(jié)果的輸出沒(méi)有驗(yàn)證。圖 3.2 質(zhì)譜圖歸檔庫(kù)搜索管道SpectraST 來(lái)完成質(zhì)譜圖歸檔庫(kù)的建立，搜索和質(zhì)譜圖庫(kù)的建立。在“”作為閾值進(jìn)行訓(xùn)練。在“l(fā)ibrary search”中，使用 PeptidePrP=1）。但是在“archive searching model”中沒(méi)有使用 PeptideProphetspectral archivPeptideProphet(Keller et al.原因在

【參考文獻(xiàn)】

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1 阮班軍;代鵬;王偉;孫建斌;張文濤;顏真;楊靜華;;蛋白質(zhì)翻譯后修飾研究進(jìn)展[J];中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報(bào);2014年07期

2 楊帆;敬海明;張拓;原劍;趙超英;馬玲;甄蓓;李國(guó)君;魏開(kāi)華;;MALDI-TOF/TOF和LC-MS/MS液質(zhì)聯(lián)用分析大鼠腦脈絡(luò)叢的多肽組[J];中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào);2010年07期

3 龐小剛;趙彥修;;鳥(niǎo)槍法蛋白質(zhì)組學(xué)的研究動(dòng)態(tài)與應(yīng)用[J];阜陽(yáng)師范學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2005年04期

4 胡笳,郭燕婷,李艷梅;蛋白質(zhì)翻譯后修飾研究進(jìn)展[J];科學(xué)通報(bào);2005年11期

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本文編號(hào)：2825134