【摘要】：Internet的普及為專業(yè)人員獲取數(shù)據(jù)信息、利用計(jì)算工具提供了統(tǒng)一的平臺(tái),由此為化學(xué)信息學(xué)的發(fā)展帶來(lái)了新的空間,推動(dòng)了化學(xué)信息學(xué)以網(wǎng)絡(luò)為基礎(chǔ),以化學(xué)相關(guān)的數(shù)據(jù)、信息及計(jì)算資源共享為目標(biāo)的快速發(fā)展。本文將從不同側(cè)面回顧近10年來(lái)化學(xué)信息學(xué)的重要進(jìn)展,包括:(1)網(wǎng)絡(luò)化學(xué)信息檢索:索引對(duì)象從化學(xué)淺層網(wǎng)向化學(xué)深層網(wǎng)發(fā)展;檢索工具從web化學(xué)信息資源導(dǎo)航向化學(xué)專業(yè)搜索引擎(包括文本信息和化合物標(biāo)識(shí)信息)、及化學(xué)深層網(wǎng)檢索引擎(化合物物性數(shù)據(jù)提取)發(fā)展;索引粒度從web站點(diǎn)向頁(yè)面、乃至頁(yè)面中的特定內(nèi)容發(fā)展,一般頁(yè)面特定內(nèi)容的數(shù)據(jù)提取(即非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)提取)是未來(lái)發(fā)展的方向。(2)可共享的化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù):從可免費(fèi)訪問(wèn)和使用的化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)向數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容通過(guò)集成多來(lái)源數(shù)據(jù)(包括數(shù)據(jù)庫(kù)擁有者主動(dòng)收集、多來(lái)源數(shù)據(jù)主動(dòng)提交達(dá)到共享的方式,repository)實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容免費(fèi)下載和共享,以及不同數(shù)據(jù)庫(kù)之間的相關(guān)內(nèi)容實(shí)現(xiàn)無(wú)縫連接的方向發(fā)展(如NIH建成的藥物小分子共享數(shù)據(jù)庫(kù)PubChem)。(3)開(kāi)源(open source)化學(xué)軟件工具包:從化學(xué)結(jié)構(gòu)基本處理模塊如CDKJ、OELib向集成開(kāi)發(fā)環(huán)境如化學(xué)信息學(xué)與生物信息學(xué)集成環(huán)境Bioclipse發(fā)展。(4)與化合物及其數(shù)據(jù)共享相關(guān)的推薦標(biāo)準(zhǔn):包括用于共享數(shù)據(jù)交換的化學(xué)標(biāo)記語(yǔ)言CMLI、UPAC推薦的學(xué)術(shù)論文相關(guān)熱力學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)提交標(biāo)準(zhǔn)ThermoML及化合物結(jié)構(gòu)唯一描述碼InChI。(5)計(jì)算化學(xué)資源共享及基于網(wǎng)格的應(yīng)用:從可執(zhí)行程序的下載向在線計(jì)算、基于網(wǎng)格的應(yīng)用發(fā)展。(6)eChemistry和虛擬研究環(huán)境:網(wǎng)絡(luò)也成為化學(xué)相關(guān)日常的科學(xué)活動(dòng)中不可缺少的平臺(tái)。構(gòu)建以網(wǎng)絡(luò)為平臺(tái)、支持開(kāi)展科研活動(dòng)的數(shù)字化基礎(chǔ)設(shè)施和服務(wù)的eChemistry探索開(kāi)始出現(xiàn),根據(jù)需要自主集成多來(lái)源數(shù)據(jù)和計(jì)算資源,形成不同層次的支持協(xié)同工作的虛擬研究環(huán)境是未來(lái)數(shù)據(jù)和計(jì)算資源共享方式的發(fā)展方向。
【圖文】：

絡(luò)化學(xué)信息的文本索引(chemistrytext index)開(kāi)始,逐步向建立化合物索引、以及向建立化合物相關(guān)的數(shù)據(jù)的索引發(fā)展(圖1)。其中建立化學(xué)文本索引形成的工具從網(wǎng)絡(luò)化學(xué)信息資源導(dǎo)航系統(tǒng)(chemistry webdirectory)向化學(xué)(文本)專業(yè)搜索引擎(chemistrysearch engine)發(fā)展。圖1　Web化學(xué)信息專門檢索工具從文本檢索引向化合物索引、乃至化合物性質(zhì)數(shù)據(jù)的索引發(fā)展Fig.1　The evolution of web searching tools specific forchemical information, from text index to compound index,further to chemical property data index最近兩三年值得關(guān)注的熱點(diǎn)是建立化合物索引(compound index)的努力,目標(biāo)是建立化合物搜索引擎(chemical/compound search engine)實(shí)現(xiàn)分布在網(wǎng)絡(luò)上多來(lái)源化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的統(tǒng)一檢索。一類方法是通過(guò)各個(gè)化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)主動(dòng)將自己庫(kù)的化合物索引提交到一個(gè)中心站點(diǎn)(DB index deposit),在此基礎(chǔ)上生成化合物的統(tǒng)一索引;另一類方法是通過(guò)化學(xué)深層網(wǎng)(chemistry deep web)深層數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)挖掘和目標(biāo)數(shù)據(jù)·1850·化　學(xué)　進(jìn)　展第20卷

相關(guān)的領(lǐng)域知識(shí)相結(jié)合,設(shè)計(jì)并建立了一個(gè)規(guī)模為1 000萬(wàn)頁(yè)面的化學(xué)(文本)搜索引擎原型系統(tǒng)ChemEngine。ChemEngine的系統(tǒng)結(jié)構(gòu)如圖3所示,與通用搜索引擎的結(jié)構(gòu)類似,由網(wǎng)絡(luò)爬蟲(chóng)、索引器和檢索器三大塊組成,所不同的是ChemEngine的爬蟲(chóng)是一個(gè)化學(xué)主題爬蟲(chóng)(chemistry focused crawler),其檢索器(searcher)可根據(jù)化學(xué)相關(guān)主題進(jìn)行檢索結(jié)果的自動(dòng)分類[23—32]。ChemEngine所解決的關(guān)鍵問(wèn)題是如何在化學(xué)相關(guān)領(lǐng)域知識(shí)的指導(dǎo)下實(shí)現(xiàn)化學(xué)相關(guān)的web頁(yè)面的自動(dòng)發(fā)現(xiàn)和選擇性爬行。ChemEngine利用ChIN[8,9]所積累的網(wǎng)絡(luò)化學(xué)信息源知識(shí)如ChIN的URL庫(kù)、ChIN所索引資源的描述數(shù)圖3　化學(xué)專業(yè)搜索引擎ChemEngine的系統(tǒng)架構(gòu)圖Fig.3　The architecture of chemistry focused search engineChemEngine據(jù)、化學(xué)化工專業(yè)字典等領(lǐng)域知識(shí),采用文本自動(dòng)分類方法用于web頁(yè)面的化學(xué)相關(guān)性判斷,系統(tǒng)分析了建立化學(xué)主題爬蟲(chóng)的各種影響因素

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前4條

1 夏詔杰;梁春燕;郭力;;化學(xué)主題網(wǎng)絡(luò)爬蟲(chóng)的設(shè)計(jì)和實(shí)現(xiàn)[J];計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用;2006年10期

2 梁春燕,郭力,夏詔杰,楊章遠(yuǎn);網(wǎng)絡(luò)搜索引擎的性能優(yōu)化策略和相關(guān)技術(shù)[J];計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用;2004年36期

3 儲(chǔ)春梅,李曉霞,郭力;定向查詢引擎在Web化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)集成檢索中的應(yīng)用[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);2005年08期

4 祝宇;夏詔杰;聶峰光;郭力;;支持向量機(jī)在化學(xué)主題爬蟲(chóng)中的應(yīng)用[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);2006年04期

【共引文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 唐培麗;解飛;陳志雨;;基于概念檢索的中文搜索引擎研究[J];長(zhǎng)春大學(xué)學(xué)報(bào);2006年04期

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前6條

1 董立;Web信息挖掘在公共信息安全中的應(yīng)用[D];山東大學(xué);2007年

2 于歌;搜索引擎中自動(dòng)分類關(guān)鍵技術(shù)研究[D];燕山大學(xué);2006年

3 徐金雷;專業(yè)搜索引擎的排序算法研究[D];南京師范大學(xué);2007年

4 杜光芹;效用驅(qū)動(dòng)的主題Web挖掘算法研究[D];山東師范大學(xué);2007年

5 方利偉;個(gè)性化在線答疑系統(tǒng)的研究與實(shí)現(xiàn)[D];浙江師范大學(xué);2007年

6 周阿連;基于智能Agent的社區(qū)化信息檢索系統(tǒng)的研究[D];大連海事大學(xué);2007年

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前9條

1 王建勇,單松巍,雷鳴,謝正茂,李曉明;海量Web搜索引擎系統(tǒng)中用戶行為的分布特征及其啟示[J];中國(guó)科學(xué)E輯;2001年04期

2 王繼成,蕭嶸,孫正興,張福炎;Web信息檢索研究進(jìn)展[J];計(jì)算機(jī)研究與發(fā)展;2001年02期

3 李曉黎,劉繼敏,史忠植;基于支持向量機(jī)與無(wú)監(jiān)督聚類相結(jié)合的中文網(wǎng)頁(yè)分類器[J];計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào);2001年01期

4 李曉霞,楊章遠(yuǎn),許志宏;Internet化學(xué)資源的發(fā)展?fàn)顩r與展望[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);1999年05期

5 黃蘇華,李曉霞,郭力,劉宗紅,楊章遠(yuǎn);基于數(shù)據(jù)庫(kù)的Internet化學(xué)資源導(dǎo)航信息管理與自動(dòng)發(fā)布[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);2000年03期

6 劉宗紅,李曉霞,郭力,黃蘇華,楊章遠(yuǎn);基于數(shù)據(jù)庫(kù)的Internet化學(xué)資源導(dǎo)航系統(tǒng)與用戶的交互[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);2000年05期

7 王華彥,李曉霞,郭力,楊章遠(yuǎn);Internet化學(xué)資源導(dǎo)航系統(tǒng)中的相關(guān)資源鏈接[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);2003年Z1期

8 儲(chǔ)春梅,李曉霞,郭力;定向查詢引擎在Web化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)集成檢索中的應(yīng)用[J];計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué);2005年08期

9 龐劍鋒,卜東波,白碩;基于向量空間模型的文本自動(dòng)分類系統(tǒng)的研究與實(shí)現(xiàn)[J];計(jì)算機(jī)應(yīng)用研究;2001年09期

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)會(huì)議論文 前7條

1 李曉霞;郭力;袁小龍;聶峰光;;Internet推動(dòng)的化學(xué)信息學(xué)重要進(jìn)展[A];中國(guó)化學(xué)會(huì)第26屆學(xué)術(shù)年會(huì)化學(xué)信息學(xué)與化學(xué)計(jì)量學(xué)分會(huì)場(chǎng)論文集[C];2008年

2 沈天翔;朱福成;黃迎;謝微;姚建華;;化學(xué)信息學(xué)與“e-科學(xué)”[A];第九屆全國(guó)計(jì)算（機(jī)）化學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];2007年

3 喬園園;李飛;;Mashup開(kāi)發(fā)模式及實(shí)例CHEMap[A];第九屆全國(guó)計(jì)算（機(jī)）化學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];2007年

4 李曉霞;袁小龍;夏詔杰;井銀鈴;聶峰光;唐武成;郭力;;利用ChemDB Portal檢索化學(xué)深層網(wǎng)[A];中國(guó)化學(xué)會(huì)第27屆學(xué)術(shù)年會(huì)第15分會(huì)場(chǎng)摘要集[C];2010年

5 張勇;傅堯;;基于量化的數(shù)據(jù)庫(kù)[A];第九屆全國(guó)計(jì)算（機(jī)）化學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];2007年

6 李佳;黃迎;徐雯麗;胡靜;姚建華;;虛擬技術(shù)與化學(xué)研究[A];中國(guó)化學(xué)會(huì)第28屆學(xué)術(shù)年會(huì)第16分會(huì)場(chǎng)摘要集[C];2012年

7 李佳;黃迎;解麗娜;凌敏;胡靜;陳碧玲;馮j;姚建華;;虛擬技術(shù)在化學(xué)研究中的應(yīng)用[A];公共安全中的化學(xué)問(wèn)題研究進(jìn)展（第二卷）[C];2011年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前5條

1 劉志剛;天然藥物網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)中活性分子3D結(jié)構(gòu)的實(shí)現(xiàn)及其構(gòu)效關(guān)系研究[D];四川大學(xué);2002年

2 曹慶文;常用化學(xué)數(shù)據(jù)資源庫(kù)的構(gòu)建和基于ASP的WEB管理信息系統(tǒng)的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[D];四川大學(xué);2003年

3 張靜;MDL數(shù)據(jù)庫(kù)與虛擬篩選技術(shù)跨平臺(tái)對(duì)接技術(shù)研究與應(yīng)用[D];長(zhǎng)春理工大學(xué);2009年

4 曹東升;QSPR/QSAR中分子結(jié)構(gòu)信息的挖掘和建模中奇異樣本檢測(cè)[D];中南大學(xué);2009年

5 李創(chuàng)業(yè);化合物結(jié)構(gòu)的網(wǎng)絡(luò)檢索[D];河北工業(yè)大學(xué);2007年

，

本文編號(hào)：2573192