本文關鍵詞：基于Android的手機桌面搜索引擎研究與設計，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《西安電子科技大學》 2009年

基因組中最大唯一匹配的查找算法研究

王學  

【摘要】：最大唯一匹配在基因序列比對中有著重要的作用。它可以從相互重疊的序列片斷中重構DNA的完整序列,可在各種試驗條件下從探測數(shù)據(jù)中決定物理和基因圖存貯,可遍歷和比較數(shù)據(jù)庫中的DNA序列來判斷兩個或多個序列的相似性。 本文首先簡單介紹了國內(nèi)外現(xiàn)有的部分研究成果,并在詳細介紹后綴樹和后綴數(shù)組的基礎上,給出了一種基于后綴數(shù)組的最大唯一匹配(Maximal Unique Matches簡寫為MUM)查找及其排序的方法。算法首先構造出兩條基因序列的后綴數(shù)組,然后通過兩兩比較后綴數(shù)組中相鄰的后綴獲得相鄰后綴的最長公共前綴(Longest Common Prefixes簡寫為LCP)值,然后通過掃描滿足MUM條件的LCP值求出MUM,最后利用最長遞增子序列(Longest Increasing Subsequences簡寫為LIS)算法對獲得的MUM進行排序。測試結果表明,在同等規(guī)模的數(shù)據(jù)量下,基于后綴數(shù)組的算法相比基于后綴樹的算法在空間上具有顯著優(yōu)勢,基于后綴數(shù)組的MUM查找及其排序方法可以節(jié)省28%的空間。

【關鍵詞】：
【學位授予單位】：西安電子科技大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2009
【分類號】：TP301.6
【目錄】：

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【共引文獻】

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