本文關(guān)鍵詞：膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)新基因研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】： 找出膠質(zhì)瘤的致病基因，進(jìn)行針對(duì)性的防治是徹底治愈這種頑疾的根本途徑。利用基因芯片技術(shù)和生物信息學(xué)手段分析基因在系統(tǒng)水平的調(diào)控機(jī)制，是當(dāng)前功能基因組學(xué)的重要研究手段，它明顯優(yōu)于過(guò)去的單一基因研究模式，可以在整體的、基因組的水平對(duì)基因的表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)機(jī)制，進(jìn)行系統(tǒng)、全面地分析，，最后找出在這個(gè)功能調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵基因。本文利用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)我們建立的膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)基因表達(dá)譜和膠質(zhì)瘤誘導(dǎo)分化相關(guān)基因表達(dá)譜作系統(tǒng)的聚類(lèi)分析，并對(duì)候選基因作了初步的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索和RT-PCR分析驗(yàn)證，最后挑選具有潛在應(yīng)用價(jià)值的Tob基因在國(guó)內(nèi)首次做基因克隆、表達(dá)載體構(gòu)建和基因轉(zhuǎn)染研究，初步證實(shí)Tob基因是一新發(fā)現(xiàn)的膠質(zhì)瘤細(xì)胞增殖抑制基因，值得進(jìn)一步全面研究其功能和進(jìn)行實(shí)驗(yàn)性治療研究。 第一部分 生物信息學(xué)篩選膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)新基因 目的：本研究首先利用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)已經(jīng)建立的膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展和誘導(dǎo)分化2個(gè)膠質(zhì)瘤相關(guān)基因表達(dá)譜作系統(tǒng)的聚類(lèi)分析，并對(duì)候選基因作廣泛的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索，目的在于篩選與腫瘤惡性進(jìn)展相關(guān)的新基因，為進(jìn)一步克隆其全長(zhǎng)、研究其功能提供依據(jù)。方法：首先對(duì)基因表達(dá)譜做聚類(lèi)分析，在數(shù)據(jù)分析時(shí)我們?nèi)‰p點(diǎn)之間的變異系數(shù)＜0.33的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以便盡量減少實(shí)驗(yàn)誤差。又取2組比值差異均在2倍以上、雙點(diǎn)之間變異系數(shù)＜0.33的基因，據(jù)此從2個(gè)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)中分別篩選出368和115個(gè)基因做聚類(lèi)分析。分別從2個(gè)表達(dá)譜中得到17和11條基因，進(jìn)一步做生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索，去分析它們對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)和功能。結(jié)果：從惡性進(jìn)展表達(dá)譜中得到17條可能是在膠質(zhì)瘤中有重要調(diào)控作用的基因，生物信息學(xué)分析可把它們分成兩大類(lèi)基因。第一類(lèi)是從WHOⅡ級(jí)、WHO Ⅲ級(jí)、WHO Ⅳ級(jí)膠質(zhì)瘤中表達(dá)逐步升高，有11條；另一大類(lèi)則相反，是表達(dá)逐步遞減的，有6條。從誘導(dǎo)分化表達(dá)譜中對(duì)差異2倍以上的115個(gè)基因作聚類(lèi)分析，得到6大類(lèi)不同表達(dá)模式的基因類(lèi)別；進(jìn)一步生物信息學(xué)分 膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)新基因研究 中文摘要 析表明，其中有n條基因的功能信息、與誘導(dǎo)分化關(guān)系密切，可能是這一過(guò)程的 關(guān)鍵基因。結(jié)論:生物信息學(xué)是分析基因表達(dá)譜的有力工具，可以很好的從表達(dá) 譜數(shù)據(jù)提取出與膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展和誘導(dǎo)分化相關(guān)的關(guān)鍵基因，本文利用這一先進(jìn) 工具篩選出了28條可能是膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展過(guò)程中的關(guān)鍵基因供進(jìn)一步研究。 第二部分半定量RT一pCR驗(yàn)證膠質(zhì)瘤相關(guān)新基因的表達(dá) 利用基因芯片和生物信息、學(xué)手段從大量的基因中篩選腫瘤發(fā)生發(fā)展過(guò)程中 重要的新調(diào)控基因，是目前腫瘤功能基因組研究的一個(gè)重要研究方向。但是小樣 本量的檢測(cè)有時(shí)會(huì)出現(xiàn)一些假陽(yáng)性和假陰性結(jié)果，因此很有必要抽取部分樣本和 基因進(jìn)行驗(yàn)證。本文利用半定量R于PCR檢測(cè)了上文中篩選出來(lái)的28條基因中 的7條基因在膠質(zhì)瘤組織中的表達(dá)情況，目的:一方面驗(yàn)證以前的基因芯片數(shù)據(jù) 的可靠性;另一方面通過(guò)對(duì)基因表達(dá)水平的半定量，進(jìn)行橫向的對(duì)比，希望能夠 找出這些基因在不同級(jí)別膠質(zhì)瘤中的表達(dá)規(guī)律，為進(jìn)一步的功能研究提供依據(jù)。 方法:按照7條基因的GenBax水登錄號(hào)，檢索GenBank得到這些基因的全長(zhǎng)cDNA 序列，然后設(shè)計(jì)相應(yīng)的PCR引物，針對(duì)22例惡性膠質(zhì)瘤病人的腫瘤組織作檢測(cè)， 22例膠質(zhì)瘤按照WHO分級(jí)其中I級(jí)3例，11級(jí)8例，m級(jí)7例，IV級(jí)4例， 最后利用SmartView電泳圖像分析軟件對(duì)各個(gè)基因在不同組織中的表達(dá)進(jìn)行半 定量。結(jié)果:這些基因在這些腫瘤中的表達(dá)差異是有規(guī)律性的，和以前的基因 芯片結(jié)果基本一致。如X54304(肌球蛋白輕鏈)、AI264216(膽堿轉(zhuǎn)運(yùn)因子2) 都是隨著惡性程度的進(jìn)展而表達(dá)升高，而NM_0198%(DNA多聚酶plZ亞基)、 NM 0 1 5962(CGI一35蛋白)、AB037886(NESH蛋白)、D38305(TOb蛋白)、 M87507(半膚天冬酶1，CasPasel)都是隨著惡性程度的進(jìn)展而表達(dá)降低。結(jié)論: 我們對(duì)于基因芯片和生物信息學(xué)技術(shù)篩選到的7條基因作半定量RT-PCR分析， 證實(shí)我們使用的基因芯片是可靠的;同時(shí)顯示這些基因在膠質(zhì)瘤的惡性進(jìn)展過(guò)程 中都發(fā)生了規(guī)律性的改變，信息學(xué)檢索提示其中有些基因可能是腫瘤惡變的重要 調(diào)控因子。 第三部分新基因丁ob轉(zhuǎn)染膠質(zhì)瘤細(xì)胞的研究 按照上面工作的提示，我們選擇了其中有應(yīng)用前景的腫瘤抗增殖蛋白Tob基 因，作相應(yīng)的基因克隆和表達(dá)載體構(gòu)建，然后進(jìn)一步作體外的基因轉(zhuǎn)染等功能研 膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)新基因研究 中文摘要 究。目的:將這一基因在體外成功分離和克隆培養(yǎng)，并構(gòu)建到表達(dá)載體中，以便 將來(lái)更好更方便地研究它的功能和調(diào)控機(jī)制，同時(shí)初步分析了它轉(zhuǎn)染人類(lèi)膠質(zhì)瘤 細(xì)胞系SHG一44細(xì)胞后這種細(xì)胞從宏觀到微觀的改變，研究Tob基因在這一代表 性膠質(zhì)瘤細(xì)胞系中的功能和作用，為下一步進(jìn)行試驗(yàn)性治療提供依據(jù)。方法:按 照Tob基因的GenBank登錄號(hào)D38305，檢索GenBank得到這個(gè)基因的cDNA序 列全長(zhǎng)，依據(jù)蛋白質(zhì)編碼區(qū)的序列設(shè)計(jì)PCR引物，并在兩端分別加上Kpnl和 Xbal酶切位點(diǎn)。從正常發(fā)育的3一5月齡的胎腦組織提取總RNA作Rl飛PCR。然 后利用相應(yīng)內(nèi)切酶和T4 DNA連接酶將上
【關(guān)鍵詞】：膠質(zhì)瘤 生物信息學(xué) 基因表達(dá)譜 聚類(lèi)分析 Tob基因
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2003
【分類(lèi)號(hào)】：R730.2
【目錄】：

• 中文摘要3-6
• 英文摘要6-16
• 背景資料16-23
• 第一部分 生物信息學(xué)篩選膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)新基因23-40
• 第二部分 半定量RT-PCR驗(yàn)證膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)新基因的表達(dá)40-47
• 第三部分 新基因Tob轉(zhuǎn)染膠質(zhì)瘤細(xì)胞的初步研究47-56
• 結(jié)論56-57
• 綜述57-80
• 綜述一、 生物信息學(xué)及其在腫瘤研究中的應(yīng)用57-64
• 綜述二、 基因表達(dá)譜的數(shù)據(jù)分析64-72
• 綜述三、 神經(jīng)腫瘤學(xué)的研究背景和未來(lái)發(fā)展72-80
• 附錄80-92
• 附錄一、 基因芯片實(shí)驗(yàn)方法80-84
• 附錄二、 惡性進(jìn)展相關(guān)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)84-86
• 附錄三、 誘導(dǎo)分化基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)86-92
• 英文縮略詞表92-93
• 發(fā)表文章93-94
• 致謝94

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前6條

1 孫繼勇,黃強(qiáng),王愛(ài)東,董軍,邵耐遠(yuǎn),蘭青;膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析[J];癌癥;2003年03期

2 孫立軍,張全斌,黃強(qiáng);三株分化程度不同的膠質(zhì)瘤細(xì)胞的建立[J];實(shí)用腫瘤雜志;2002年03期

3 孫立軍,黃強(qiáng),王愛(ài)東,李曉楠,蘭青,杜子威;應(yīng)用差異顯示技術(shù)克隆膠質(zhì)瘤細(xì)胞誘導(dǎo)分化相關(guān)基因[J];中華神經(jīng)外科雜志;2003年02期

4 孫繼勇,黃強(qiáng),王愛(ài)東,孫立軍,董軍,蘭青;膠質(zhì)瘤誘導(dǎo)分化相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析[J];中華實(shí)驗(yàn)外科雜志;2003年04期

5 夏家輝,何云貴,曾志紅,唐冬生,戴和平,潘乾,龍志高,廖曉東;人神經(jīng)性耳聾多肽因子樣基因克隆和表達(dá)分析[J];中華醫(yī)學(xué)雜志;2000年05期

6 孫立軍,黃強(qiáng),王愛(ài)東,蘭青,杜子威,胡賡熙;建立膠質(zhì)瘤細(xì)胞誘導(dǎo)分化相關(guān)基因譜[J];中華腫瘤雜志;2002年03期

  本文關(guān)鍵詞：膠質(zhì)瘤惡性進(jìn)展相關(guān)新基因研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：391968