研究癌細(xì)胞系對(duì)抗癌藥物的反應(yīng)是理解癌癥生物學(xué)和研發(fā)新型抗癌療法的關(guān)鍵,在癌癥治療中起著至關(guān)重要的作用。傳統(tǒng)的研究癌細(xì)胞系-藥物反應(yīng)方法是基于臨床實(shí)驗(yàn)的,這是一個(gè)時(shí)間和資金耗費(fèi)巨大的過(guò)程。為了尋找一種投入低、周期短、臨床前的方法,研究人員開(kāi)始利用已知的生物數(shù)據(jù)對(duì)藥物反應(yīng)敏感性進(jìn)行建模。研究表明,通過(guò)多種生物分子信息的有效整合能大幅提高細(xì)胞系-藥物反應(yīng)預(yù)測(cè)的準(zhǔn)度率。本文主要研究通過(guò)有效整合多源數(shù)據(jù),建立合適的模型,對(duì)細(xì)胞系-藥物反應(yīng)進(jìn)行預(yù)測(cè)。所做的工作如下:(1)提出了一種基于異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的最大信息流模型用于預(yù)測(cè)細(xì)胞系-藥物反應(yīng)(Using Maximum Information Flow on Heterogeneous Network For Drug Response Prediction,MIF2DRP)。首先,下載得到多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的細(xì)胞系、藥物和基因數(shù)據(jù),通過(guò)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行相似性度量和預(yù)處理,整合得到一個(gè)包含多源信息的三層異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)。接著,將其轉(zhuǎn)換為流網(wǎng)絡(luò),針對(duì)每種藥物用最大流算法計(jì)算得到藥物節(jié)點(diǎn)間和細(xì)胞系節(jié)點(diǎn)間的最大信息流,用該值來(lái)衡量細(xì)胞系-藥物反應(yīng)的作用關(guān)系。最后,通過(guò)閾值的設(shè)定...

【文章頁(yè)數(shù)】：54 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSRTACT
第1章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 研究現(xiàn)狀
    1.3 研究?jī)?nèi)容
    1.4 論文組織結(jié)構(gòu)
第2章 最大流算法和隨機(jī)森林模型
    2.1 最大流算法
        2.1.1 流網(wǎng)絡(luò)和流
        2.1.2 Ford-Fulkerson算法
        2.1.3 殘存網(wǎng)絡(luò)
        2.1.4 增廣路徑
    2.2 基于最大流的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)重要性度量指標(biāo)
    2.3 隨機(jī)森林模型
第3章 基于異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的最大信息流模型
    3.1 數(shù)據(jù)和異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        3.1.1 藥物相似性網(wǎng)絡(luò)
        3.1.2 細(xì)胞系相似性網(wǎng)絡(luò)
        3.1.3 基因間相互作用網(wǎng)絡(luò)
        3.1.4 細(xì)胞系-基因相互作用網(wǎng)絡(luò)
        3.1.5 細(xì)胞系-藥物反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)
        3.1.6 構(gòu)建異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)
    3.2 MIF2DRP模型
    3.3 性能指標(biāo)和實(shí)驗(yàn)結(jié)果比較分析
    3.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.4.1 參數(shù)調(diào)優(yōu)
        3.4.2 模型性能比較
        3.4.3 不同信息對(duì)模型性能的影響
        3.4.4 案例研究
    3.5 本章小結(jié)
第4章 基于最大流的隨機(jī)森林模型
    4.1 相關(guān)數(shù)據(jù)和關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        4.1.1 藥物關(guān)系網(wǎng)絡(luò)
        4.1.2 細(xì)胞系關(guān)系網(wǎng)絡(luò)
        4.1.3 細(xì)胞系-藥物反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)
        4.1.4 細(xì)胞系特征和藥物特征
    4.2 RFMMIF模型
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.3.1 參數(shù)調(diào)優(yōu)
        4.3.2 模型性能比較
    4.4 案例研究
    4.5 本章小結(jié)
第5章 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
    5.2 未來(lái)工作
參考文獻(xiàn)
附錄(攻讀學(xué)位期間發(fā)表的論文)
致謝



本文編號(hào)：3803162