發(fā)布時間：2021-08-16 18:36

　　肝癌是世界上比較常見的惡性腫瘤之一,它的發(fā)病率以及病死率在世界范圍內(nèi)分別居于第6位和第3位。且其發(fā)生需要經(jīng)過多個病理階段,是一個涉及多基因、多因子共同參與的復(fù)雜過程。由于肝癌的發(fā)病率較高、轉(zhuǎn)移性較強、目前的確診及治療方法有限等缺點,導(dǎo)致肝癌患者的治療效果欠佳。所以,尋找新的疾病標(biāo)志物、探究藥物治療靶點、研發(fā)新的藥物成為當(dāng)前醫(yī)藥研究的熱點問題。目前,高通量測序技術(shù)以及基因芯片技術(shù)的快速發(fā)展能夠從整個基因組或轉(zhuǎn)錄組水平出發(fā)來研究疾病的發(fā)生、發(fā)展,已廣泛應(yīng)用于一些疾病的基因表達譜分析、基因克隆和尋找疾病標(biāo)志物等方面。通過篩選肝癌樣本組織和正常樣本組織基因表達譜中的差異表達基因,對差異表達的基因進行生物信息學(xué)分析,旨在為研究肝癌的發(fā)生發(fā)展及相關(guān)疾病標(biāo)志物和藥物治療靶點提供有價值的信息。完成的工作如下:1.從GEO數(shù)據(jù)庫中下載兩組肝癌相關(guān)芯片原始數(shù)據(jù)并用R包進行背景矯正、標(biāo)準(zhǔn)化以及表達值計算處理,然后用Limma包進行差異表達基因篩選,共得807個差異表達的基因,其中上調(diào)的有496個,下調(diào)的有311個。使用DAVID對807個差異表達基因進行GO和KEGG分析,對同時在主要功能和信號通路上顯著富... 

【文章來源】：江南大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：43 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

差異表達基因的火山圖，紅色表示上調(diào)基因，藍色表示下調(diào)基因

第二章基于GEO數(shù)據(jù)的肝癌致病標(biāo)志物的研究9圖2-2GO分析結(jié)果可視化2.2.3蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)及關(guān)鍵基因篩選為尋找與肝癌發(fā)生相關(guān)的關(guān)鍵基因，本研究對同時在GO功能和KEGG通路上顯著富集的128個目標(biāo)基因進行分析。使用STRING構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，并用信息分析學(xué)軟件Cytoscape對STRING數(shù)據(jù)庫分析得出的相互作用網(wǎng)絡(luò)中126個節(jié)點和678條相互作用表2.2差異表達基因的KEGG分析結(jié)果CategoryTermDescriptionCountFDRKEGGpathwayhsa01100Metabolicpathways1308.57E-12KEGGpathwayhsa04610Complementandcoagulationcascades241.09E-09KEGGpathwayhsa00830Retinolmetabolism211.34E-07KEGGpathwayhsa05204Chemicalcarcinogenesis221.68E-06KEGGpathwayhsa00380Tryptophanmetabolism151.75E-05KEGGpathwayhsa03320PPARsignalingpathway191.75E-05KEGGpathwayhsa00982Drugmetabolism-cytochromeP450192.26E-05KEGGpathwayhsa00071Fattyaciddegradation153.59E-05KEGGpathwayhsa01130Biosynthesisofantibiotics346.95E-05KEGGpathwayhsa00980MetabolismofxenobioticsbycytochromeP450199.48E-05KEGGpathwayhsa00140Steroidhormonebiosynthesis165.01E-04關(guān)系進行分析（如圖2-4）。使用CytoHubba插件中的MCC算法計算網(wǎng)絡(luò)中每個節(jié)點的最大團中心性（MaximalCliqueCentrality,MCC），篩選出最大團中心度排名前10的關(guān)鍵基因：CYP3A4、CYP2C9、CYP2B6、CYP1A2、CYP3A5、CYP1A1、CYP2E1、HSD17B6、AOX1、CYP2C8，這10個關(guān)鍵基因之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)及這10個基因與其他目標(biāo)基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)如圖2-5。

江南大學(xué)碩士學(xué)位論文10圖2-3KEGG分析結(jié)果可視化2.2.4關(guān)鍵基因的表達水平對生存時間的影響使用KM-Plotter數(shù)據(jù)庫及Oncolnc生存分析網(wǎng)站分別對10個關(guān)鍵基因進行生存曲線分析，研究這些關(guān)鍵基因與肝癌患者總生存期的預(yù)后價值。由KM-Plotter數(shù)據(jù)庫進行圖2-4PPI，紅色表示上調(diào)基因，綠色表示下調(diào)基因生存分析得到CYP3A4（P=0.0017）、CYP2C9（P=3.2e-07）、CYP3A5（P=1.4e-05）、CYP2E1（P=0.0037）、HSD17B6（P=3.9e-05）和CYP2C8（P=0.00048）六個基因，生存曲線分析結(jié)果如圖2-6。由Oncolnc生存分析網(wǎng)站進行生存分析得CYP3A4（P=0.0033）、

【參考文獻】：
期刊論文
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[3]新型胃癌腫瘤標(biāo)志物研究進展[J]. 季善云,馮義朝.  臨床醫(yī)學(xué). 2012(09)
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博士論文
[1]肝癌病人肝微粒體中CYP450酶代謝活性的改變[D]. 周軍.鄭州大學(xué) 2016

碩士論文
[1]基于粒計算的生物復(fù)雜系統(tǒng)建模和網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)分析[D]. 李陽.江南大學(xué) 2017



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