基于弱監(jiān)督學(xué)習(xí)的癌癥病理圖像分割
發(fā)布時間:2021-06-09 16:21
癌癥病理圖像的語義分割已經(jīng)成為輔助醫(yī)生預(yù)判病人患癌風(fēng)險以及癌癥等級的重要手段。隨著深度學(xué)習(xí)技術(shù)在計算機(jī)視覺任務(wù)中取得的卓越成就,全卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)逐漸成為解決醫(yī)學(xué)圖像分割問題的首選方案。然而,這種全監(jiān)督式的學(xué)習(xí)方法需要大量的數(shù)據(jù)以及人工制作的像素級標(biāo)簽,這通常需要花費(fèi)大量的時間和成本。為了克服這種缺陷,本文研究了基于弱監(jiān)督學(xué)習(xí)的癌癥病理圖像分割方法,僅利用圖像級標(biāo)簽實(shí)現(xiàn)像素級的預(yù)測,從而極大地節(jié)省了人工制作標(biāo)簽的繁瑣。本文首先研究了一種基于多示例學(xué)習(xí)的癌癥病理圖像分割算法。利用取最大值的方法將全卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的分割結(jié)果圖轉(zhuǎn)換為反應(yīng)輸入圖像是否是癌癥圖像的概率值,從而和輸入圖像的圖像級標(biāo)簽進(jìn)行交叉熵?fù)p失函數(shù)計算,通過不斷降低該損失值,使網(wǎng)絡(luò)得到訓(xùn)練。最終網(wǎng)絡(luò)的分割概率圖結(jié)合固定閾值便得到輸入圖像的分割結(jié)果。同時針對網(wǎng)絡(luò)分割出的癌癥區(qū)域面積大于實(shí)際的癌癥區(qū)域面積,本文還引入了一項面積約束,有效的提升了分割效果。然而僅利用圖像級標(biāo)簽作為監(jiān)督信息對于網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練的約束能力來說相對有限,最終的分割結(jié)果和全監(jiān)督學(xué)習(xí)之間差距較大。為了更加充分的利用圖像級標(biāo)簽,依據(jù)卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的顯著性目標(biāo)區(qū)域定位能力,本文又研...
【文章來源】:東南大學(xué)江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:71 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
高分辨率癌癥病理圖像示意圖
第二章圖像語義分割概述7第二章圖像語義分割概述2.1引言語義分割(SemanticSegmentation)是計算機(jī)視覺領(lǐng)域中一項至關(guān)重要的任務(wù),它的目的是為圖像中的每一個像素點(diǎn)分配一個類別標(biāo)簽,也就是進(jìn)行像素級的分類,語義分割也因此被稱為密集型預(yù)測(denseprediction)。如圖2-1所示,其中不同顏色的分割結(jié)果代表不同的類別。相較于圖像分類和目標(biāo)檢測,語義分割可以為我們提供關(guān)于圖像的更加細(xì)粒度的信息,使得機(jī)器對于圖像內(nèi)容的理解更加智能化,這也為語義分割的實(shí)現(xiàn)帶來了巨大的困難和挑戰(zhàn)。然而近些年來,隨著深度學(xué)習(xí)技術(shù)的日益成熟,大量高效且精確的分割系統(tǒng)已經(jīng)成功地被應(yīng)用到無人駕駛、人機(jī)交互、圖像搜索和增強(qiáng)現(xiàn)實(shí)等場景中,這些系統(tǒng)的設(shè)計大多是基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(ConvolutionalNeuralNetworks,CNNS)實(shí)現(xiàn)的。圖2-1語義分割示意圖。左為原圖,右為分割結(jié)果圖2.2卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是一系列包含卷積操作的深層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的統(tǒng)稱,是深度學(xué)習(xí)的核心算法。20世紀(jì)90年代,LeCun等人首次發(fā)明了LeNet-5網(wǎng)絡(luò)[56]用于手寫數(shù)字識別,并取得了98%的準(zhǔn)確率,這為以后的CNNs架構(gòu)提供了基本雛形。然而由于當(dāng)時計算機(jī)計算能力的薄弱以及數(shù)據(jù)量的不足,當(dāng)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的規(guī)模增大時,反向傳播算法就會出現(xiàn)梯度消失的問題,這導(dǎo)致卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)沒有獲得學(xué)術(shù)界的足夠重視。直到2006年,Hinton等人正式提出深度學(xué)習(xí),并在《科學(xué)》期刊上發(fā)表論文[57]詳細(xì)給出了梯度消失問題的解決辦法。隨后,他又帶領(lǐng)團(tuán)隊參加了2012年ImageNet圖像分類挑戰(zhàn)賽,基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)提出了AlexNet[58]結(jié)構(gòu)并獲得了最高的分類準(zhǔn)確率,其錯誤率遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于第二名使用傳統(tǒng)方法的團(tuán)隊。至此,深度學(xué)習(xí)開始了引領(lǐng)人工智能領(lǐng)域一波新的高潮,其在各個行業(yè)和領(lǐng)域,如智能翻譯、智
東南大學(xué)碩士學(xué)位論文8共享,這樣的特點(diǎn)有助于網(wǎng)絡(luò)學(xué)習(xí)輸入特征的空間信息和減少網(wǎng)絡(luò)參數(shù)。卷積層以固定步長移動卷積核,使得卷積核與輸入特征圖中相應(yīng)的點(diǎn)相乘求和得到輸出的特征圖。圖2-2展示了步長為1的二維卷積。圖2-2二維卷積示意圖我們用,表示輸入特征圖中的第i行第j列元素,用,表示卷積核第m行第n列參數(shù),卷積核的長寬均為k,用表示偏置項,用,表示輸出特征圖中第i行第j列元素,則卷積的計算方法如式2-1所示。,=∑∑,+,+1=01=0+(2-1)如果輸入的特征圖是三維的,即有D個特征,則對每個特征和相應(yīng)的卷積核做二維卷積計算,并將結(jié)果求和,即得到輸出的二維特征。其計算方法如式2-2所示。,=∑∑∑,,,+,+1=01=01=0+(2-2)假設(shè)輸入特征的維度是W*H*D,卷積核大小為F*F*D,對輸入特征四周補(bǔ)零數(shù)為P,卷積的步長為S,則輸出特征的長寬分別如式2-3、2-4所示!=+2+1(2-3)′=+2+1(2-4)當(dāng)卷積的步長S大于1時,卷積的同時也能起到降采樣的作用。卷積層最大的用途在于提取圖像的相關(guān)特征,淺層的卷積提取圖像的細(xì)節(jié)信息,深層的卷積提取圖像的語義信息,這也是網(wǎng)絡(luò)層數(shù)越深,特征學(xué)習(xí)能力越強(qiáng)的原因。2.2.2激活層卷積實(shí)際上是一種線性變換,即使是多層卷積的直接疊加依然是一種線性變換,深層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)為了能夠擬合任意的非線性變換,通常還需要在每個卷積層的后面加上一層非線性操作,這就是激活層。這一設(shè)計靈感來源于生物系統(tǒng)中的神經(jīng)元,即只有當(dāng)前面的樹突傳遞的信號的加權(quán)值之和大于某一個特定的閾值時,后面的神經(jīng)元才會被激活。對應(yīng)到特征圖中,我們可以獲取那些對最終判別結(jié)果有用的特征。激活層常用的激活函數(shù)有以下三種:sigmoid,tanh,ReLU。它們的相應(yīng)的函數(shù)表達(dá)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He. Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)
[2]醫(yī)學(xué)圖像分割方法綜述[J]. 劉宇,陳勝. 電子科技. 2017(08)
本文編號:3220911
【文章來源】:東南大學(xué)江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:71 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
高分辨率癌癥病理圖像示意圖
第二章圖像語義分割概述7第二章圖像語義分割概述2.1引言語義分割(SemanticSegmentation)是計算機(jī)視覺領(lǐng)域中一項至關(guān)重要的任務(wù),它的目的是為圖像中的每一個像素點(diǎn)分配一個類別標(biāo)簽,也就是進(jìn)行像素級的分類,語義分割也因此被稱為密集型預(yù)測(denseprediction)。如圖2-1所示,其中不同顏色的分割結(jié)果代表不同的類別。相較于圖像分類和目標(biāo)檢測,語義分割可以為我們提供關(guān)于圖像的更加細(xì)粒度的信息,使得機(jī)器對于圖像內(nèi)容的理解更加智能化,這也為語義分割的實(shí)現(xiàn)帶來了巨大的困難和挑戰(zhàn)。然而近些年來,隨著深度學(xué)習(xí)技術(shù)的日益成熟,大量高效且精確的分割系統(tǒng)已經(jīng)成功地被應(yīng)用到無人駕駛、人機(jī)交互、圖像搜索和增強(qiáng)現(xiàn)實(shí)等場景中,這些系統(tǒng)的設(shè)計大多是基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(ConvolutionalNeuralNetworks,CNNS)實(shí)現(xiàn)的。圖2-1語義分割示意圖。左為原圖,右為分割結(jié)果圖2.2卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是一系列包含卷積操作的深層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的統(tǒng)稱,是深度學(xué)習(xí)的核心算法。20世紀(jì)90年代,LeCun等人首次發(fā)明了LeNet-5網(wǎng)絡(luò)[56]用于手寫數(shù)字識別,并取得了98%的準(zhǔn)確率,這為以后的CNNs架構(gòu)提供了基本雛形。然而由于當(dāng)時計算機(jī)計算能力的薄弱以及數(shù)據(jù)量的不足,當(dāng)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的規(guī)模增大時,反向傳播算法就會出現(xiàn)梯度消失的問題,這導(dǎo)致卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)沒有獲得學(xué)術(shù)界的足夠重視。直到2006年,Hinton等人正式提出深度學(xué)習(xí),并在《科學(xué)》期刊上發(fā)表論文[57]詳細(xì)給出了梯度消失問題的解決辦法。隨后,他又帶領(lǐng)團(tuán)隊參加了2012年ImageNet圖像分類挑戰(zhàn)賽,基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)提出了AlexNet[58]結(jié)構(gòu)并獲得了最高的分類準(zhǔn)確率,其錯誤率遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于第二名使用傳統(tǒng)方法的團(tuán)隊。至此,深度學(xué)習(xí)開始了引領(lǐng)人工智能領(lǐng)域一波新的高潮,其在各個行業(yè)和領(lǐng)域,如智能翻譯、智
東南大學(xué)碩士學(xué)位論文8共享,這樣的特點(diǎn)有助于網(wǎng)絡(luò)學(xué)習(xí)輸入特征的空間信息和減少網(wǎng)絡(luò)參數(shù)。卷積層以固定步長移動卷積核,使得卷積核與輸入特征圖中相應(yīng)的點(diǎn)相乘求和得到輸出的特征圖。圖2-2展示了步長為1的二維卷積。圖2-2二維卷積示意圖我們用,表示輸入特征圖中的第i行第j列元素,用,表示卷積核第m行第n列參數(shù),卷積核的長寬均為k,用表示偏置項,用,表示輸出特征圖中第i行第j列元素,則卷積的計算方法如式2-1所示。,=∑∑,+,+1=01=0+(2-1)如果輸入的特征圖是三維的,即有D個特征,則對每個特征和相應(yīng)的卷積核做二維卷積計算,并將結(jié)果求和,即得到輸出的二維特征。其計算方法如式2-2所示。,=∑∑∑,,,+,+1=01=01=0+(2-2)假設(shè)輸入特征的維度是W*H*D,卷積核大小為F*F*D,對輸入特征四周補(bǔ)零數(shù)為P,卷積的步長為S,則輸出特征的長寬分別如式2-3、2-4所示!=+2+1(2-3)′=+2+1(2-4)當(dāng)卷積的步長S大于1時,卷積的同時也能起到降采樣的作用。卷積層最大的用途在于提取圖像的相關(guān)特征,淺層的卷積提取圖像的細(xì)節(jié)信息,深層的卷積提取圖像的語義信息,這也是網(wǎng)絡(luò)層數(shù)越深,特征學(xué)習(xí)能力越強(qiáng)的原因。2.2.2激活層卷積實(shí)際上是一種線性變換,即使是多層卷積的直接疊加依然是一種線性變換,深層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)為了能夠擬合任意的非線性變換,通常還需要在每個卷積層的后面加上一層非線性操作,這就是激活層。這一設(shè)計靈感來源于生物系統(tǒng)中的神經(jīng)元,即只有當(dāng)前面的樹突傳遞的信號的加權(quán)值之和大于某一個特定的閾值時,后面的神經(jīng)元才會被激活。對應(yīng)到特征圖中,我們可以獲取那些對最終判別結(jié)果有用的特征。激活層常用的激活函數(shù)有以下三種:sigmoid,tanh,ReLU。它們的相應(yīng)的函數(shù)表達(dá)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He. Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)
[2]醫(yī)學(xué)圖像分割方法綜述[J]. 劉宇,陳勝. 電子科技. 2017(08)
本文編號:3220911
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