本文關(guān)鍵詞：轉(zhuǎn)化生長因子β1、ica操縱子對肺癌患者生物材料細(xì)菌生物膜形成的影響，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《昆明醫(yī)科大學(xué)》 2015年

新一代測序技術(shù)對宣威肺癌全基因組和全外顯子組的研究

王瀟  

【摘要】：目的 肺癌是一種發(fā)病率和死亡率極高、預(yù)后極差的惡性腫瘤,目前臨床存在早期診斷困難、治療效果不佳等問題。在我國云南宣威地區(qū),肺癌發(fā)病率遠(yuǎn)高于世界平均水平,特別是女性肺癌的發(fā)病率更是居世界首位。新一代測序技術(shù)是描繪基因組特征的有力工具,可有效檢測出導(dǎo)致腫瘤發(fā)生發(fā)展的基因突變,在腫瘤發(fā)病機(jī)制研究、藥物治療靶點(diǎn)篩查、臨床診療及疾病預(yù)防等方面發(fā)揮重要作用。隨著新一代基因測序技術(shù)的發(fā)展,測序時間縮短、費(fèi)用降低,基因測序技術(shù)已成為研究腫瘤致病基因的重要方法。本課題應(yīng)用全基因組測序技術(shù)和全外顯子測序技術(shù)對云南宣威肺癌組織進(jìn)行測序,并對相關(guān)候選基因進(jìn)行相關(guān)生物信息學(xué)分析,擬探討部分腫瘤相關(guān)基因在宣威肺癌發(fā)生、發(fā)展、浸潤、轉(zhuǎn)移等方面所起的作用,為進(jìn)一步深入研究宣威肺癌的發(fā)病機(jī)制提供一定的基礎(chǔ)。方法1.收集昆明醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院病理科手術(shù)切除的22對云南宣威肺腺癌癌組織及相應(yīng)的癌旁形態(tài)學(xué)正常組織,術(shù)中取材。2.使用Complete Genomics的復(fù)合探針-錨定分子連接(unchained combinatorial probe anchor ligation, cPAL)測序技術(shù)對2例云南宣威肺癌患者的癌組織及癌旁組織樣本進(jìn)行全基因組測序。3.使用生物信息學(xué)軟件MAS 3.0對相關(guān)候選基因進(jìn)行基因本體(gene ontology,GO)功能富集度分析、信號通路分析,尋找與宣威肺癌相關(guān)的信號通路及重要基因網(wǎng)絡(luò)。4.采用華大基因Agilent SureSelect Human All Exon 51Mb (V4)捕獲平臺對20例宣威肺腺癌癌組織進(jìn)行全外顯子組測序,篩選共同的變異基因。5.綜合分析全基因組測序和全外顯子組測序結(jié)果,對候選基因與患者的臨床病理學(xué)資料進(jìn)行相關(guān)性分析,并在線分析候選基因的功能、信號通路、生物學(xué)過程、組織分布等特征,全面了解候選基因在宣威肺癌中的作用機(jī)制。結(jié)果1.通過對兩例宣威肺癌的全基因組測序,分別檢測出181303和149844個體細(xì)胞突變,且體細(xì)胞突變多位于內(nèi)含子區(qū)域,編碼區(qū)的比例分別為8%和2%,單個核苷酸的改變在CG序列上出現(xiàn)最為頻繁,而且多是C轉(zhuǎn)換為T,生殖細(xì)胞的堿基置換和體細(xì)胞的堿基比例不一致�？偣埠Y查出34個體細(xì)胞SNP,64個體細(xì)胞CNVs片段以及82個體細(xì)胞SVs。2.通過生物信息學(xué)分析,34個候選基因的生物學(xué)功能主要包括信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞有絲分裂、粘附、周期調(diào)控、MAPK通路激活等。此外,相關(guān)候選基因主要涉及細(xì)胞粘附、細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期調(diào)控、MAPK信號通路、Wnt信號通路、TGF-beta信號通路、Calcium信號通路。3.通過對20例宣威肺腺癌的全基因組測序,總共檢測出304928個SNP變異,40359個Indels,其中有89239個新的突變位點(diǎn),74813個位點(diǎn)位于外顯子區(qū)域,最后篩選出7個共同基因和13個候選基因。4.本研究檢測到的基因突變中包含了許多新的突變位點(diǎn),其中PRKCZ基因未見在其它肺癌研究中報道過,其基因功能、信號通路、生物學(xué)過程在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中起重要作用,為今后宣威肺癌的研究提供了新的線索和方向。結(jié)論宣威肺癌患者的基因組中存在大量基因突變,本研究中的突變基因可能通過激活相關(guān)信號通路,在宣威肺癌的發(fā)生、發(fā)展中起重要作用,并有可能成為宣威肺癌的遺傳易感標(biāo)志。

【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：昆明醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R734.2
【目錄】：

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本文編號：106922