本文關(guān)鍵詞：SegHMC:一種基于Segmental HMM模型的順式調(diào)控模塊識別算法，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：順式調(diào)控模塊(Cis-regulatory module,CRM)在真核生物基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控中起著重要作用,識別順式調(diào)控模塊是當(dāng)前計算生物學(xué)的一個重要課題.雖然當(dāng)前有許多計算方法用于識別順式調(diào)控模塊,但識別準(zhǔn)確率仍有待進(jìn)一步提高.將順式調(diào)控模塊的多種特征信息結(jié)合在一起,有助于提高識別順式調(diào)控模塊的準(zhǔn)確率.基于此,本文提出了一種識別順式調(diào)控模塊的算法Seg HMC(Segmental HMM model for discovery of cis-regulatory module).該算法建立了一種關(guān)于順式調(diào)控模塊識別問題的Segmental HMM模型,進(jìn)一步擴(kuò)展了順式調(diào)控模塊調(diào)控結(jié)構(gòu)(或調(diào)控語法)的表示,不僅將順式調(diào)控模塊表示為模體(Motif)的組合,還進(jìn)一步將模體共同出現(xiàn)的頻率、模體順序偏好以及順式調(diào)控模塊中相鄰模體間的距離分布等特征引入到順式調(diào)控模塊的調(diào)控語法中.在模擬數(shù)據(jù)集和真實生物數(shù)據(jù)集上的實驗結(jié)果表明,本文方法識別順式調(diào)控模塊的準(zhǔn)確率顯著優(yōu)于當(dāng)前的主要方法.
【作者單位】： 西安電子科技大學(xué)計算機(jī)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控 模體 Segmental HMM 順式調(diào)控模塊識別
【基金】：國家自然科學(xué)基金(61173025,61373044,61502366) 中國博士后科學(xué)基金(2015M582621)資助~~
【分類號】：Q811.4;TP391.4
【正文快照】： 在基因的表達(dá)調(diào)控系統(tǒng)中,轉(zhuǎn)錄因子(Transcription factor,TF)通過與所調(diào)控基因附近被稱 為轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(Transcription factor binding site,TFBS)或模體(Motif)的特定DNA序列片段相結(jié)合,來啟動基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控[1-2].在真核生物中,多個轉(zhuǎn)錄因子對基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,并不是孤

  本文關(guān)鍵詞：SegHMC:一種基于Segmental HMM模型的順式調(diào)控模塊識別算法，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：451110