隨著基因組計劃在全球范圍內(nèi)的快速發(fā)展,現(xiàn)代生物學的知識體系不斷更新和豐富,越來越多的生物大分子被挖掘,生物學的研究重點慢慢從數(shù)據(jù)積累向數(shù)據(jù)比較和數(shù)據(jù)分析過渡,生物信息學開始飛速發(fā)展。許多與人類、動物、植物、細菌和其他生命形式相關的特定基因數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫被一一建立。面對如此大規(guī)模的生物數(shù)據(jù),深度剖析其中包含的有用信息,深入分析這些生物序列之間的相似程度成為當前生物信息學的研究重點。本文以七種病毒的DNA序列為研究對象,提出了基于模式熵的DNA序列相似性分析方法,論文主要的內(nèi)容如下:(1)介紹了常用的DNA相似性分析方法、近似熵等算法和特性,并進行了matlab仿真分析,提出了基于互模式熵的DNA序列相似性分析方法;首先采用基于整數(shù)值的DNA表示方法對七種病毒的DNA序列進行了轉(zhuǎn)換,計算了每個序列之間的互模式熵值,實驗結(jié)果表明互模式熵算法用于DNA序列的相似性研究中是可行的。最后分析了不同的DNA表示方法對序列之間互模式熵值的影響,基于整數(shù)表示方法下的序列之間的互模式熵值能更準確地判斷出序列之間的相似性程度。(2)討論了編碼長度m對DNA序列之間互模式熵值的影響,仿真實驗結(jié)果表明:使用...

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 引言
    1.2 研究背景及意義
    1.3 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.3.1 國外的研究現(xiàn)狀
        1.3.2 國內(nèi)的研究現(xiàn)狀
    1.4 本文主要工作及結(jié)構(gòu)安排
    1.5 本章小結(jié)
第2章 DNA序列基礎概述
    2.1 DNA序列的相關概念
        2.1.1 核酸
        2.1.2 DNA分子的結(jié)構(gòu)
        2.1.3 遺傳學中心法則
    2.2 DNA序列的表示方法
        2.2.1 基于數(shù)值的DNA表示方法
        2.2.2 基于2D圖形的DNA表示方法
        2.2.3 基于3D圖形的DNA表示方法
    2.3 本章小結(jié)
第3章 常用的DNA序列相似性分析方法
    3.1 DNA序列相似性分析方法類別
        3.1.1 信息理論方法
        3.1.2 統(tǒng)計特征方法
        3.1.3 序列比對方法
    3.2 基于近似熵的DNA序列相似性分析方法
        3.2.1 近似熵算法的步驟及含義
        3.2.2 近似熵算法的圖形解釋
        3.2.3 近似熵算法的特性仿真
        3.2.4 近似熵算法的特點
    3.3 本章小結(jié)
第4章 基于模式熵的DNA序列相似性分析
    4.1 模式熵理論
        4.1.1 模式熵
        4.1.3 互模式熵
    4.2 數(shù)據(jù)處理
        4.2.1 實驗數(shù)據(jù)
        4.2.2 DNA序列的表示
    4.3 基于互模式熵的DNA序列相似性的全局分析
        4.3.1 基于互模式熵的DNA序列相似性分析
        4.3.2 DNA的表示方法對DNA序列之間互模式熵值的影響
        4.3.3 編碼長度m對 DNA序列之間互模式熵值的影響
        4.3.4 與動態(tài)時間彎曲距離算法的比較
        4.3.5 與互近似熵算法的比較
    4.4 基于模式熵的DNA序列相似性的動態(tài)分析
        4.4.1 滑動窗口大小的確定
        4.4.2 基于模式熵的DNA序列動態(tài)分析
        4.4.3 同源DNA序列相似區(qū)間段的分析
    4.5 本章小結(jié)
第5章 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
    5.2 展望
參考文獻
致謝
攻讀碩士學位期間的研究成果



本文編號：4009275