急性淋巴細胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)是常見血液惡性疾病中的一種,其主要由造血干/祖細胞相關基因異常積累導致,而且在兒童中更為常見。在細胞遺傳學和分子水平上,ALL具有很強的遺傳異質性,包括染色體缺失、易位、倒位和基因位點突變等多種異常。由于ALL的這種遺傳異質性,使得為患者選擇有效的治療方案相當困難。隨著基因組學技術的進步,ALL相關研究得以大量展開,為ALL的精準醫(yī)療提供了可能。本研究主要以公開的ALL數據為基礎,同時結合公共數據庫和文獻資料的文本挖掘信息,利用現代化網絡技術構建了兩個不同類型的ALL知識庫。其中之一主要用于探索挖掘ALL轉錄組數據并實現數據的可視化展示。該知識庫在對172例急性B淋巴細胞白血病患者的轉錄組數據和生存數據分析的基礎上,實現了自定義實時分析繪制表達譜熱圖、差異基因表達對比圖、融合基因Circos圖和基因突變熱圖等功能。通過簡單的交互操作即可實現ALL數據的綜合分析,有效的縮短了終端研究人員與ALL大數據間的距離,有助于釋放當前龐大的數據資源的價值。另一個則聚焦于ALL基因突變與融合研究信息和臨床注釋信息的...

【文章頁數】：52 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1 急性淋巴細胞白血病
        1.1 造血干細胞的分化與白血病的產生
        1.2 急性淋巴細胞白血病分型
        1.3 急性淋巴細胞白血病與基因組異常
    2 高通量測序技術與RNA測序應用
    3 生物信息知識庫
    4 Web開發(fā)與工具介紹
        4.1 Web簡介
        4.2 HTML簡介
        4.3 CSS簡介
        4.4 JavaScript簡介
        4.5 PHP簡介
        4.6 Python簡介
        4.7 R簡介
        4.8 數據庫管理系統與MySQL簡介
        4.9 Web服務器與Nginx軟件簡介
第二章 B-ALL數據可視化應用知識庫的構建
    1 引言
    2 材料與方法
        2.1 數據來源
        2.2 差異基因分析
        2.3 基因基本信息抓取
        2.4 數據庫設計
        2.5 Web實現
    3 B-ALL可視化知識庫功能模塊
        3.1 融合基因展示模塊
        3.2 基因信息與表達量模塊
        3.3 分組樣本差異基因分析模塊
        3.4 突變展示及自定義分組差異分析模塊
第三章 ALL基因突變與融合臨床注釋知識庫的構建
    1 引言
    2 材料與方法
        2.1 擬定突變基因及融合基因列表
        2.2 確定條目注釋內容
        2.3 注釋信息收集
        2.4 數據庫設計
        2.5 Web實現
    3 知識庫數據內容及Web功能模塊
        3.1 知識庫數據內容
        3.2 用戶驗證模塊
        3.3 用戶管理模塊
        3.4 數據信息管理模塊
        3.5 數據查詢模塊
第四章 討論
參考文獻
致謝
攻讀碩士學位期間已發(fā)表或錄用的論文



本文編號：3760992