精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)時(shí)代背景下,伴隨生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域數(shù)據(jù)爆發(fā)式增長(zhǎng)與技術(shù)跨越式發(fā)展,單純依賴人工編審的傳統(tǒng)知識(shí)庫(kù)構(gòu)建策略已不合時(shí)宜且不切實(shí)際,從海量文獻(xiàn)中抽取信息和挖掘知識(shí)成為近年研究重點(diǎn)與應(yīng)用熱點(diǎn)。經(jīng)過(guò)學(xué)術(shù)和產(chǎn)業(yè)界的積極探索,命名實(shí)體識(shí)別、術(shù)語(yǔ)抽取、關(guān)系抽取、事件抽取和共指消解等文本挖掘技術(shù)已取得重要進(jìn)展,然而當(dāng)面向精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)知識(shí)庫(kù)構(gòu)建中的“基因-變異-疾病”關(guān)系抽取特定研究任務(wù)時(shí),現(xiàn)有的關(guān)系抽取方法、模型和算法仍存在諸多局限和不足,難以滿足實(shí)際需求,主要表現(xiàn)在以下五個(gè)方面:（1）命名實(shí)體識(shí)別算法高度依賴特征工程,特征選擇、特征表達(dá)和特征預(yù)處理過(guò)程耗時(shí)費(fèi)力,重要詞法特征與句法特征湮沒(méi)于詞性特征、依存特征和上下文特征集合中;（2）關(guān)系類型定義單純考慮醫(yī)學(xué)背景,基于關(guān)聯(lián)強(qiáng)弱或概率高低的分類無(wú)法表達(dá)上下位關(guān)系,缺少頂層關(guān)系類型指導(dǎo)關(guān)系映射,缺乏底層關(guān)系觸發(fā)指示詞表輔助關(guān)系定位;（3）缺乏用于“基因-變異-疾病”關(guān)系抽取算法研究的標(biāo)準(zhǔn)語(yǔ)料庫(kù)和易用的語(yǔ)料庫(kù)構(gòu)建工具,關(guān)系抽取語(yǔ)料庫(kù)構(gòu)建主要依靠專家人工編審,專家需要在理解語(yǔ)境內(nèi)容的基礎(chǔ)上,結(jié)合先驗(yàn)知識(shí)判斷不同位置與不同表述實(shí)體組合的關(guān)系狀態(tài)與關(guān)系類型,語(yǔ)料規(guī)模和質(zhì)... 

【文章頁(yè)數(shù)】：125 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
縮略語(yǔ)表
摘要
Abstract
前言
第一章 融合深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)的高性能、可拓展“基因-變異-疾病”命名實(shí)體識(shí)別算法
    1.1 引言
    1.2 材料與方法
        1.2.1 材料
        1.2.2 預(yù)處理過(guò)程
        1.2.3 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)過(guò)程
        1.2.4 后處理過(guò)程
    1.3 結(jié)果與討論
        1.3.1 性能評(píng)價(jià)
        1.3.2 不同組件的貢獻(xiàn)分析
        1.3.3 錯(cuò)誤分析
    1.4 小結(jié)
第二章 融合無(wú)監(jiān)督聚類和領(lǐng)域本體限定的多層次、細(xì)粒度“基因-變異-疾病”關(guān)聯(lián)關(guān)系類型
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 材料
        2.2.2 預(yù)處理過(guò)程
        2.2.3 語(yǔ)義關(guān)系類型構(gòu)建過(guò)程
        2.2.4 語(yǔ)義關(guān)系類型評(píng)價(jià)過(guò)程
    2.3 結(jié)果與討論
        2.3.1 構(gòu)建結(jié)果
        2.3.2 覆蓋度評(píng)價(jià)
        2.3.3 指導(dǎo)能力評(píng)價(jià)
    2.4 小結(jié)
第三章 融合遠(yuǎn)程監(jiān)督指導(dǎo)與專家人工編審的半自動(dòng)、高質(zhì)量“基因-變異-疾病”語(yǔ)料庫(kù)構(gòu)建
    3.1 引言
    3.2 材料和方法
        3.2.1 材料
        3.2.2 預(yù)處理過(guò)程
        3.2.3 機(jī)器注釋過(guò)程
        3.2.4 專家編審過(guò)程
    3.3 結(jié)果與討論
        3.3.1 構(gòu)建結(jié)果
        3.3.2 機(jī)器注釋分析
        3.3.3 專家編審分析
    3.4 小結(jié)
第四章 融合深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)與領(lǐng)域先驗(yàn)知識(shí)的多實(shí)體、跨語(yǔ)句“基因-變異-疾病”關(guān)系抽取算法
    4.1 引言
    4.2 材料與方法
        4.2.1 材料
        4.2.2 預(yù)處理過(guò)程
        4.2.3 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)過(guò)程
        4.2.4 后處理過(guò)程
    4.3 結(jié)果與討論
        4.3.1 性能評(píng)價(jià)
        4.3.2 不同組件貢獻(xiàn)分析
        4.3.3 錯(cuò)誤分析
    4.4 小結(jié)
第五章 融合異源編審數(shù)據(jù)與多元標(biāo)注文獻(xiàn)的易交互、可溯源“基因-變異-疾病”知識(shí)圖譜構(gòu)建和可視化平臺(tái)
    5.1 引言
    5.2 材料與方法
        5.2.1 材料
        5.2.2 知識(shí)集成過(guò)程
        5.2.3 知識(shí)存儲(chǔ)過(guò)程
        5.2.4 知識(shí)檢索和可視化展示過(guò)程
    5.3 結(jié)果與討論
        5.3.1 構(gòu)建結(jié)果
        5.3.2 應(yīng)用場(chǎng)景
        5.3.3 局限分析
    5.4 小結(jié)
第六章 結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
附錄A ClinVar關(guān)系文獻(xiàn)分布情況統(tǒng)計(jì)表
附錄B 語(yǔ)義關(guān)系構(gòu)建選用文獻(xiàn)來(lái)源匯總表
附錄C BERT模型補(bǔ)充詞表
附錄D “基因-變異-疾病”知識(shí)圖譜構(gòu)建和可視化平臺(tái)
作者在學(xué)期間取得的學(xué)術(shù)成果
附件
主要簡(jiǎn)歷
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]國(guó)外生物醫(yī)學(xué)文本語(yǔ)料庫(kù)分類及特點(diǎn)研究[J]. 晏歸來(lái),安新穎,范少萍,周永稱.  醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志. 2018(10)
[2]精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)知識(shí)庫(kù)的構(gòu)建[J]. 劉雷,王星.  中華醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)雜志. 2018(06)
[3]中國(guó)、美國(guó)、英國(guó)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計(jì)劃比較研究[J]. 吳思竹,錢慶,楊林.  中國(guó)醫(yī)院管理. 2017(09)
[4]開放環(huán)境科技語(yǔ)料庫(kù)質(zhì)量評(píng)價(jià)研究[J]. 屈鵬.  情報(bào)理論與實(shí)踐. 2016(05)
[5]一種基于知識(shí)挖掘與知識(shí)組織的知識(shí)型數(shù)據(jù)庫(kù)——中國(guó)疾病知識(shí)總庫(kù)之臨床醫(yī)藥學(xué)知識(shí)服務(wù)系統(tǒng)介紹[J]. 楊志.  中華醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)雜志. 2008(03)
[6]中國(guó)生物醫(yī)學(xué)知識(shí)庫(kù)(全文版)檢索與應(yīng)用[J]. 溫華影,高嶺,姚延芳,步肇宏.  中國(guó)現(xiàn)代醫(yī)生. 2008(08)
[7]中國(guó)醫(yī)院知識(shí)倉(cāng)庫(kù)建設(shè)與服務(wù)標(biāo)準(zhǔn)[J]. 張群山.  中國(guó)醫(yī)院管理. 2003(11)



本文編號(hào)：3693659