目的:為了探索乳腺癌發(fā)生和發(fā)展的分子機制,本研究利用GEO數(shù)據(jù)庫中的芯片數(shù)據(jù),挖掘乳腺癌組織與正常乳腺組織中的差異表達(dá)基因,并研究其功能和機制,為乳腺癌的早期篩查、診斷及臨床治療提供理論依據(jù)。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫中,下載3組GPL570平臺的乳腺癌基因芯片數(shù)據(jù),利用R軟件篩選正常乳腺組織與乳腺癌組織差異表達(dá)基因,差異表達(dá)限定為差異倍數(shù)大于1倍且P值<0.05。對挑選出來的差異表達(dá)基因進行GO富集分析、Pathway分析、KEGG通路分析、STRING蛋白互作分析、在Kaplan-Meier Plotter（http://kmplot.com/analysis/）在線分析,挑選對乳腺癌生存預(yù)后起到明顯作用的基因,通過UALCAN（http://ualcan.path.uab.edu/）在線分析目的基因在TCGA數(shù)據(jù)庫中的乳腺癌和正常組織中的表達(dá)情況。q RT-PCR檢測目的基因在組織標(biāo)本中的表達(dá)水平,進一步通過質(zhì)粒轉(zhuǎn)染構(gòu)建過表達(dá)目的基因的人乳腺癌細(xì)胞系MDA-MB-231和MCF-7,進行細(xì)胞增殖實驗、凋亡實驗、遷移侵襲實驗等功能實驗,研究其相關(guān)機制,并建立動物模型體內(nèi)實驗。結(jié)果:... 

【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省211工程院校985工程院校教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：83 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

差異表達(dá)基因的火山圖和熱圖

華 中 科 技 大 學(xué) 博 士 學(xué) 位 論 文GO:0016627 oxidoreductase activity, acting on the CH-CHgroup of donors0.043632454 10GO:0016684 oxidoreductase activity, acting on peroxide asacceptor0.043632454 9GO:0016860 intramolecular oxidoreductase activity 0.043632454 9GO:0045236 CXCR chemokine receptor binding 0.047101095 5GO:0048029 monosaccharide binding 0.047101095 11GO:0052689 carboxylic ester hydrolase activity 0.047101095 18GO:0019838 growth factor binding 0.047210117 17

圖 3.差異基因 KEGG 通路富集的條形圖和氣泡圖（A）KEGG 通路所對應(yīng)的 P 值和基因數(shù)的條形圖；（B）KEGG 通路所對應(yīng)的 P 值和基因數(shù)的氣泡圖。1.2.4 差異表達(dá)基因的 PPI 分析基于 STRING 數(shù)據(jù)庫，做出差異基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析見圖 4A。其中相互作用節(jié)點數(shù)目排名的前 10 個基因見圖 4B。


本文編號：3621047