本文選題：序列比對　切入點(diǎn)：AVX指令集　出處：《東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報》2016年11期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：新一代高通量測序技術(shù)發(fā)展產(chǎn)生大規(guī)模DNA序列片段,快速準(zhǔn)確地將短序列比對到參考基因組成為生物信息學(xué)重要研究課題之一。針對BWT索引技術(shù)序列比對算法研究,提出基于Intel微架構(gòu)AVX指令集優(yōu)化BWT算法,通過改進(jìn)計(jì)算方式實(shí)現(xiàn)算法并優(yōu)化。結(jié)果表明,應(yīng)用AVX指令集可減少CPU訪存次數(shù),降低算法時間復(fù)雜度,提高序列比對效率,為基因數(shù)據(jù)分析提供更高效快速序列比對方法,加快對全基因組序列處理。
[Abstract]:The new generation of high-throughput sequencing technology produces large scale DNA sequence fragments. It has become one of the important research topics of bioinformatics to quickly and accurately align short sequences to reference genomes. An optimized BWT algorithm based on Intel microarchitecture AVX instruction set is proposed. The algorithm is realized and optimized by improving the calculation method. The results show that the application of AVX instruction set can reduce the number of CPU memory access, reduce the time complexity of the algorithm, and improve the efficiency of sequence alignment. To provide a more efficient and rapid sequence alignment method for gene data analysis, and to speed up the processing of the whole genome sequence.
【作者單位】： 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)電氣與信息學(xué)院;武漢理工大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】：國家“863計(jì)劃”項(xiàng)目(2013AA10230304)
【分類號】：Q811.4;TP311.13

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