采用16S rDNA擴(kuò)增子測序方法探究了5種植被[艾草(Artemisia argyi)、一年蓬(Erigeron annuus)、馬唐(Digitaria sanguinalis)、鬼針草(Bidens pilosa)和飛揚草(Euphorbia hirta)]根際的微生物群落.結(jié)果表明,變形桿菌(37.8%±2.1%)、酸桿菌門(17.7%±3.8%)和擬桿菌門(16.5%±6.15%)為此片紅壤的主要優(yōu)勢菌群.植被類型在一定程度上影響了根際土壤細(xì)菌群落豐度及多樣性.在門水平,鬼針草土樣中的擬桿菌門和硝化螺旋菌門、一年蓬土樣中的放線菌門相對富集;在目水平,假單胞菌目和噬纖維菌目分別在艾草土樣和鬼針草土樣中相對富集.樣本共有的OTUs數(shù)目約占各個樣本OTUs總數(shù)的50%,各樣品特有的OTUs占比1%～4%.不同植被覆蓋下土樣細(xì)菌的α-多樣性指數(shù)無顯著性差異,飛揚草土樣的物種豐度(Chao1=2 388)和多樣性指數(shù)(H′=9.508)略高于其它樣品,艾草土樣的物種豐度(Chao1=2 154)和多樣性指數(shù)最低(H′=8.964).PCoA與OTU聚類分析顯示,鬼針草土樣與飛揚草土樣的...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 樣品收集
    1.2 土壤總基因組DNA的提取和16S rRNA基因片段的擴(kuò)增
        1.2.1 樣品處理與全基因組的提取
        1.2.2 細(xì)菌16S rRNA基因片段的擴(kuò)增
    1.3 擴(kuò)增子Miseq高通量測序
    1.4 原始序列的處理與統(tǒng)計
    1.5 土壤細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)和多樣性分析
        1.5.1 細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)分析
        1.5.2 細(xì)菌多樣性分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 不同土壤微生物群落的α-多樣性
    2.2 土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)組成和核心種群
    2.3 不同土壤樣品菌群結(jié)構(gòu)相似性和β-多樣性
3 結(jié)論與討論



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