微衛(wèi)星序列最初是由于能引發(fā)多種人類神經(jīng)性疾病而“享譽盛名”,后來被作為分子標記廣泛應(yīng)用于生物學(xué)領(lǐng)域。然而,無論是實驗生物學(xué),還是計算生物學(xué),對微衛(wèi)星序列的相關(guān)研究主要是針對基因組較大的生物,如真核生物和原核生物。病毒是一類微小的生命體,在自然環(huán)境中無法存活,靠寄生在活細胞內(nèi)延續(xù)生命。目前,病毒中微衛(wèi)星序列的相關(guān)報道相當(dāng)有限。本論文利用現(xiàn)有的基因組和核酸序列公共數(shù)據(jù)庫資源,借助數(shù)學(xué)的、統(tǒng)計學(xué)的和計算機的手段,對真核生物、原核生物和病毒基因組序列中的微衛(wèi)星序列,尤其是病毒基因組中的微衛(wèi)星序列進行比較分析,并探討微衛(wèi)星序列在病原體和宿主的感染與防御機制中可能發(fā)揮的作用。 本論文內(nèi)容主要涉及以下方面： 1.從病毒到人類所有進化等級上的生物體序列中微衛(wèi)星序列的比較分析(第2章) 本研究工作的材料是包括多種模式生物在內(nèi)的32種生物,涵蓋動物、植物、真菌、原生生物、真細菌、古細菌和病毒,分析了其中微衛(wèi)星序列的分布情況,并探討了微衛(wèi)星序列在基因組組成和擴增中可能發(fā)揮的作用。研究發(fā)現(xiàn),無論是處于進化最低層的病毒,還是處于進化最高層的智人,其序列中微衛(wèi)星的含量基本都達到了60%,更有甚者,間日瘧...

【文章頁數(shù)】：132 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
目錄
第1章 緒論
    1.1 生物體基因組的結(jié)構(gòu)特征
        1.1.1 原核生物基因的結(jié)構(gòu)特征
        1.1.2 真核生物基因的結(jié)構(gòu)特征
        1.1.3 病毒基因的結(jié)構(gòu)特征
    1.2 主要的生物信息數(shù)據(jù)庫
        1.2.1 基因組序列數(shù)據(jù)庫
        1.2.2 核酸序列數(shù)據(jù)庫
    1.3 微衛(wèi)星序列概述
        1.3.1 微衛(wèi)星序列的發(fā)現(xiàn)
        1.3.2 微衛(wèi)星序列的分布
        1.3.3 微衛(wèi)星序列的功能
        1.3.4 微衛(wèi)星序列的應(yīng)用
        1.3.5 微衛(wèi)星序列的識別和抽提工具
    1.4 微衛(wèi)星DNA擴增的分子機制
        1.4.1 微衛(wèi)星DNA的特殊結(jié)構(gòu)
        1.4.2 微衛(wèi)星DNA擴增的復(fù)制模型
        1.4.3 微衛(wèi)星DNA擴增的修復(fù)模型
        1.4.4 微衛(wèi)星DNA擴增的重組模型
    1.5 微衛(wèi)星序列的擴增與人類疾病
        1.5.1 編碼區(qū)外顯子微衛(wèi)星序列擴增引發(fā)的人類疾病
        1.5.2 5'-UTRs微衛(wèi)星序列擴增引發(fā)的人類疾病
        1.5.3 3'-UTRs微衛(wèi)星序列擴增引發(fā)的人類疾病
        1.5.4 編碼區(qū)內(nèi)含子微衛(wèi)星序列擴增引發(fā)的人類疾病
        1.5.5 啟動子區(qū)微衛(wèi)星序列擴增引發(fā)的人類疾病
    1.6 本論文的研究工作
第2章 微衛(wèi)星序列與基因組擴增
    2.1 引言
    2.2 數(shù)據(jù)集
    2.3 方法理論
        2.3.1 微衛(wèi)星序列的抽提
        2.3.2 統(tǒng)計學(xué)分析
    2.4 結(jié)果與討論
        2.4.1 基因組中有形成短串聯(lián)重復(fù)序列的傾向
        2.4.2 短串聯(lián)重復(fù)堿基和基因組擴增
        2.4.3 重復(fù)序列的“壓力邊界”
    2.5 本章小結(jié)
第3章 微衛(wèi)星序列與病毒基因組的協(xié)同進化分析
    3.1 引言
    3.2 數(shù)據(jù)集
    3.3 微衛(wèi)星序列的提取
    3.4 結(jié)果
        3.4.1 微衛(wèi)星序列和基因組大小之間的相關(guān)性
        3.4.2 重復(fù)單元和基因組大小之間的相關(guān)性
    3.5 討論
    3.6 本章小結(jié)
第4章 主成分分析用于分析病毒基因組中微衛(wèi)星序列的差異
    4.1 引言
    4.2 數(shù)據(jù)集
    4.3 方法理論
        4.3.1 微衛(wèi)星序列的抽提
        4.3.2 相對豐度和相對密度
        4.3.3 主成分分析
    4.4 結(jié)果與討論
        4.4.1 主成分分析用于微衛(wèi)星序列研究
        4.4.2 微衛(wèi)星序列的堿基組成偏好性分析
        4.4.3 微衛(wèi)星序列的相對豐度和相對密度表征
    4.5 本章小結(jié)
第5章 比較基因組法分析甲型流感病毒(Influenza A virus)中的微衛(wèi)星片段
    5.1 引言
    5.2 數(shù)據(jù)集
    5.3 方法理論
        5.3.1 微衛(wèi)星序列的抽提
        5.3.2 隨機序列模型的選擇
        5.3.3 統(tǒng)計學(xué)分析
    5.4 結(jié)果與討論
        5.4.1 微衛(wèi)星序列分布的廣泛性
        5.4.2 自然序列和隨機模型產(chǎn)生的序列中串聯(lián)重復(fù)片段的極顯著性差異
        5.4.3 微衛(wèi)星序列與基因組變異
    5.5 本章小結(jié)
第6章 微衛(wèi)星序列在馬鈴薯病毒屬(Potyvirus)物種中的組成分析
    6.1 引言
    6.2 數(shù)據(jù)集
    6.3 方法理論
        6.3.1 微衛(wèi)星序列的抽提
        6.3.2 微衛(wèi)星序列的分析表征
    6.4 結(jié)果與討論
        6.4.1 微衛(wèi)星序列的相對密度表征
        6.4.2 微衛(wèi)星序列的相對豐度表征
        6.4.3 微衛(wèi)星序列的堿基組成分析
        6.4.4 微衛(wèi)星序列的進化意義和馬鈴薯病毒屬病毒的遺傳多樣性
    6.5 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻
附錄A 攻讀學(xué)位期間所發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄
致謝



本文編號：4035750