核盤(pán)菌（Sclerotinia sclerotiorum）能夠侵染世界范圍內(nèi)的600多種植物,是一種寄主范圍極其廣泛的死體營(yíng)養(yǎng)型植物致病真菌。多種油料經(jīng)濟(jì)作物能夠被其侵染,在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)上造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失。核盤(pán)菌是一種白色絲狀真菌,有自己完整的生活史,菌絲能夠形成質(zhì)地堅(jiān)硬的黑色菌核結(jié)構(gòu),該結(jié)構(gòu)可以適應(yīng)極端環(huán)境并且長(zhǎng)期存活。一旦條件允許,菌核就會(huì)萌發(fā)生成有性結(jié)構(gòu)子囊盤(pán),成熟的子囊盤(pán)釋放大量的子囊孢子,子囊孢子可以萌發(fā)后再次形成菌絲,菌核上也能生長(zhǎng)出白色菌絲。無(wú)論是菌絲還是子囊孢子都能夠侵染寄主,引發(fā)大范圍的農(nóng)作物致病,因此核盤(pán)菌的防治十分困難。為了更深入的了解核盤(pán)菌不同形態(tài)發(fā)育過(guò)程中的基因表達(dá)情況,更進(jìn)一步完善核盤(pán)菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的信息,我們進(jìn)行了菌絲,菌核與子囊盤(pán)三個(gè)發(fā)育階段的比較轉(zhuǎn)錄組分析。獲取新基因并進(jìn)行注釋,對(duì)核盤(pán)菌基因的可變剪接與SNP位點(diǎn)進(jìn)行合理的預(yù)測(cè)分析。結(jié)合表達(dá)量的變化情況,通過(guò)GO,KEGG及COG的注釋及分類(lèi),對(duì)相關(guān)基因進(jìn)行功能模塊的預(yù)測(cè)。對(duì)于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的數(shù)據(jù),選取其中較大的一類(lèi)鋅指蛋白轉(zhuǎn)錄因子家族基因進(jìn)行深入分析,對(duì)其在核盤(pán)菌中不同形態(tài)發(fā)育過(guò)程中的表達(dá)情況進(jìn)行統(tǒng)計(jì),... 

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【部分圖文】：

核盤(pán)菌生活史示意圖(JeffreyA.Rollins)

圖 2.1 菌核和子囊盤(pán)的發(fā)育過(guò)程he Development of Sclerotium and Apothecia（from Jeffrey A.RolA-Seq 數(shù)據(jù)質(zhì)控合成邊測(cè)序（Sequencing By Synthesis，SBS）技術(shù)，Illumina Hi平臺(tái)對(duì) cDNA 文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，產(chǎn)出大量的高質(zhì)量 Reads 為原ta）經(jīng)過(guò)去除測(cè)序接頭以及引物序列；過(guò)濾低質(zhì)量值數(shù)據(jù)。經(jīng)過(guò)之后得到的高質(zhì)量 Reads 或堿基，獲得 Clean Data。使用序列2 將轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 Reads 比對(duì)到基因組上，然后通過(guò)分析比對(duì)結(jié)果剪接點(diǎn)（Splicing Junction）。將比對(duì)到指定的參考基因組上的ed Reads，對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)為 Mapped Data。

吉林大學(xué)博士學(xué)位論文部分是功能未知基因，Swissprot_annotation 數(shù)據(jù)庫(kù)注釋獲親和、轉(zhuǎn)座子、脂肪酶、乙酰輔酶 A、功能未知的絲氨。菌核中特異性表達(dá)的基因有 129 條，蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)中只為 U3 小核仁 RNA 相關(guān)蛋白，MAPK 信號(hào)通路的調(diào)節(jié)關(guān)的疏水蛋白Cryparin 前體和細(xì)胞壁完整性及抗性響應(yīng)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]結(jié)合于GATA元件的Ⅳ型鋅指蛋白[J]. 陳曉紅,印莉萍.  生命的化學(xué). 1999(04)

博士論文
[1]基于RNA-seq的叢枝菌根真菌Gigaspora rosea基因構(gòu)成及其共生發(fā)育相關(guān)基因的分析[D]. 唐年武.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]禾谷鐮刀菌AREA基因的功能研究[D]. 侯瑞.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[3]轉(zhuǎn)錄因子Ss-Nsd1和Ss-Fox1調(diào)控核盤(pán)菌有性及無(wú)性發(fā)育的功能研究[D]. 穆文輝.吉林大學(xué) 2013

碩士論文
[1]蕓薹生鏈格孢轉(zhuǎn)錄因子基因Ab06986的克隆與功能研究[D]. 張敏.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]禾谷鐮刀菌Fgwc1、Fgwc2和Fgvvd基因的功能分析[D]. 宋陽(yáng)陽(yáng).華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]核盤(pán)菌菌核的菌絲型萌發(fā)與侵染特性研究[D]. 母紅巖.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]核盤(pán)菌bZIP轉(zhuǎn)錄因子Ss-Adal的功能研究[D]. 陳景源.吉林大學(xué) 2014
[5]草酸在核盤(pán)菌（Sclerotinia sclerotiorum）與寄主植物互作中的生物學(xué)作用[D]. 李雙勝.浙江大學(xué) 2013



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