青藏高原凍土區(qū)作為全球范圍內凍土環(huán)境的典型代表,在日益嚴重的溫室效應影響下,其面積正在逐年遞減。我國雖為世界第三凍土大國,凍土學的研究在國際上處于領先地位,但對于凍土微生物仍知之甚少。這都表明對青藏高原凍土微生物的進一步分析在我國微生物領域是個亟待深入的研究方向。本文中土壤樣品均取自于青藏高原凍土區(qū),經過預處理后使用土壤DNA試劑盒提取每個樣品中基因組,使用Illumina公司Miseq測序平臺對6個細菌樣本和6個古菌樣本分別進行宏基因組測序。通過物種分類、OTU聚類、Alpha多樣性分析和Beta多樣性分析等多種方法對微生物群落結構進行分析。得到以下實驗結果：青藏高原多年凍土中包含的細菌有變形菌門,Armatimonadete,綠彎菌門,纖維桿菌門,熱袍菌門,異常球菌-棲熱菌門,綠菌門,擬桿菌門,芽單胞菌門,梭桿菌門,藍藻門,酸桿菌門,硝化螺旋菌門,疣微菌門,厚壁菌門,放線菌門,和未分類細菌等類群,其中變形菌門和厚壁菌門是優(yōu)勢菌群。青藏高原多年凍土中包含的古菌有廣古菌門、泉古菌門,和未分類古菌類群,其中泉古菌門為優(yōu)勢菌群。K25和K26兩樣品間的群落結構僅因取樣深度不同而差異較大；K... 

【文章來源】：北京化工大學北京市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數】：74 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

-丨樣品采集地點Fig2-1Thesamplingsites

2. 2.結果與分析樣本序列原始長度分布如圖2-2所示，QC之后序列長度大部分分布在400-500之間，平均長度均在440以上（如圖2-3)，各樣本序列數均在500以上，因此本次測序長度基本覆蓋V3V4區(qū)全長，滿足分析要求。Length distribution of reads；| Ii j1I 1 1 ！300 350 400 4S0length<bp)圖2-2序列原始度分布圖Fig2-2 Original sequence length distribution去除嵌合體序列和非靴區(qū)序列后各樣本剩余序列如表2-5和表2-6,數據顯示經預處理后剩余序列數目龐大，具有分析價值。16

圖2-3 QC后的序列長度分布圖Fig2-3 Sequence length distribution after QC表2-S細1?.樣品序列預處理結果統(tǒng)計Table2-5 Bacterial sample sequence preprocessing resultsstatistics總序列數 非把區(qū)序列數 嵌合體序列數 預處理后序列數26928 0 3942 2298624817 0 3489 21328 35672 0 6168 29504 30250 1 5026 25223 28738 0 7300 21438 21811 1 2359 19451表2-6占菌樣品序列預處理結果統(tǒng)計Table2-6 Archaea sample sequence preprocessing resultsstatistics

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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本文編號：3223105