本文關(guān)鍵詞：線粒體COI基因作為根結(jié)線蟲條形碼的適用性分析

  更多相關(guān)文章： 根結(jié)線蟲 DNA條形碼 線粒體細胞色素C氧化酶I基因 物種鑒定

【摘要】：為評估線粒體COI基因作為根結(jié)線蟲(Meloidogyne spp.)DNA條形碼的適用性,對收集的25個根結(jié)線蟲群體的線粒體COI基因進行擴增、測序,檢測其擴增和測序成功率。將測序獲得的COI基因序列與Q-bank中下載的根結(jié)線蟲COI基因序列共同進行比對分析,利用MEGA 6.0計算種內(nèi)、種間遺傳距離進行"Barcoding Gap"檢驗以及構(gòu)建NJ系統(tǒng)進化樹作聚類分析,檢驗COI基因?qū)ΩY(jié)線蟲的物種識別能力。結(jié)果表明:線粒體COI基因擴增和測序成功率極高,擴增成功率達96%,測序成功率為100%。種間平均遺傳距離為0.126,遠遠超過種內(nèi)平均遺傳距離0.002的10倍,種內(nèi)遺傳距離與種間遺傳距離存在明顯的"Barcoding Gap"間隔區(qū)。系統(tǒng)發(fā)育分析顯示,COI基因可有效分辨出本研究15種根結(jié)線蟲中的10種,物種識別率約為67%。線粒體COI基因具有極高的擴增和測序成功率、較高的物種識別能力,且擴增片段長度適宜,符合物種鑒定DNA條形碼基因的標準,可作為根結(jié)線蟲候選條形碼基因。
【作者單位】： 天津出入境檢驗檢疫局;南京農(nóng)業(yè)大學(xué);寧波出入境檢驗檢疫局;
【關(guān)鍵詞】： 根結(jié)線蟲 DNA條形碼 線粒體細胞色素C氧化酶I基因 物種鑒定
【基金】：國家質(zhì)檢總局課題(2011IK176) 國家科技支撐計劃項目(2012BAK11B03) 天津局科技項目(2013TK072)
【分類號】：S432.45
【正文快照】： 根結(jié)線蟲(root-knot nematode,RKN)是一類嚴重危害農(nóng)作物的專性固定內(nèi)寄生線蟲[1]。受根結(jié)線蟲形態(tài)特征的不穩(wěn)定性及性別和發(fā)育階段限制,傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)對根結(jié)線蟲分類鑒定有較大局限性[2]。而DNA序列的分子鑒定方法,如PCR-RFLP[3,4]、SCAR標記[5,6]、實時熒光PCR[7-9]、LAMP[10,1

【相似文獻】

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本文編號：1009194