【摘要】：耗散粒子動力學(DPD)模擬是一種重要的研究流體動力學特性的計算模擬方法,基于Intel MIC平臺設計實現(xiàn)了面向大規(guī)模耗散粒子動力學模擬,充分結合了DPD模擬本身的特性和MIC平臺的特征。對DPD模擬中的近鄰列表構建和短程作用力關鍵代碼實現(xiàn)了向量化優(yōu)化,在CPU和MIC協(xié)處理器之間采用任務計算負載平衡機制,支持MPI進程內線程數(shù)量負載平衡控制。分別在原型程序上和LAMMPS集成中做了性能對比分析,實驗結果顯示了引入相關優(yōu)化技術的有效性,為進一步研究面向MIC眾核平臺的分子動力學相關工作奠定了基礎。
[Abstract]:Dissipative particle dynamics (DPD) simulation is an important computational simulation method for the study of hydrodynamic characteristics. Based on the Intel MIC platform, the large-scale dissipative particle dynamics simulation is designed and realized. The characteristics of DPD simulation and MIC platform are fully combined. In this paper, the nearest neighbor list construction and short range force key code in DPD simulation are optimized by vectorization. The task computing load balancing mechanism is adopted between CPU and MIC coprocessor to support the load balancing control of the number of threads in the MPI process. The performance of the prototype program is compared with that of LAMMPS integration. The experimental results show the effectiveness of the introduction of correlation optimization technology, which lays a foundation for further research on molecular dynamics correlation for MIC multi-kernel platform.
【作者單位】： 中國科學院計算機網絡信息中心;中國科學院計算科學應用研究中心;
【基金】：國家重點研發(fā)計劃“高性能計算”重點專項項目(2016YFB0201700) 中國科學院-英特爾并行計算中心項目(902016000200) 中國科學院青年創(chuàng)新促進會(2016156)
【分類號】：O347.7

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本文編號：2288105