本文關(guān)鍵詞：鵝等級(jí)前卵泡發(fā)育中的基因表達(dá)差異富集及AKR1D1基因功能初探

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【摘要】：鵝等級(jí)前卵泡的生長和發(fā)育直接影響鵝的產(chǎn)蛋性能,鵝在等級(jí)前卵泡中有兩個(gè)特殊的階段：卵泡的募集階段(small white follicles, SWF,2-4mm)和優(yōu)勢(shì)卵泡的篩選階段(small yellow follicles, SYF,8-10mm)。這兩個(gè)選擇過程出現(xiàn)在不同的卵泡發(fā)育階段,結(jié)果也大不相同,卵泡的募集可以選出大量的小卵泡一起進(jìn)入下一階段發(fā)育,而優(yōu)勢(shì)卵泡的篩選只能選出唯一一個(gè)卵泡。為了探究這兩個(gè)階段卵泡在鵝產(chǎn)蛋過程中基因差異性表達(dá)的分子網(wǎng)絡(luò)機(jī)制,本實(shí)驗(yàn)分別以SWF和SYF兩個(gè)階段的鵝等級(jí)前卵泡為實(shí)驗(yàn)材料,進(jìn)行Illumina/Solexa測(cè)序及數(shù)字基因表達(dá)譜(DGE)分析,以期對(duì)這兩個(gè)階段卵泡呈現(xiàn)差異性表達(dá)的基因進(jìn)行鑒別及篩選,并對(duì)其進(jìn)行GO分析和KEGG pathway分析;DGE測(cè)序結(jié)果表明,AKR1D1在小白卵泡和大黃卵泡中均有表達(dá),且其表達(dá)存在顯著差異,AKR1D1主要的生物功能是膽汁酸的合成和類固醇激素的清除,而類固醇激素的動(dòng)態(tài)平衡是影響卵泡正常發(fā)育的關(guān)鍵,因此對(duì)AKR1D1基因在卵泡發(fā)育過程中的功能進(jìn)行初步探索,主要研究結(jié)果如下：1.在構(gòu)建的SWF和SYF文庫中分別檢測(cè)到了1.59G和1.71G的數(shù)據(jù),經(jīng)過一些列質(zhì)量控制過濾之后,得到了可信度較高的1.56G和1.68G的Clean序列。2.利用RSEM軟件,將SWF和SYF過濾后的測(cè)序序列分別進(jìn)行基因組定位分析,兩組所得定位百分比分別為88.80%和89.21%,均高于70%,表明結(jié)果較為理想。3.通過DGE技術(shù),本次在SWF和SYF兩個(gè)階段的卵泡組織中共檢測(cè)到160個(gè)差異表達(dá)基因,其中有114個(gè)基因表達(dá)上調(diào),46個(gè)基因表達(dá)下調(diào)。4.通過對(duì)差異基因進(jìn)行GO和KEGG Pathway富集,富集到了很多可以詮釋SWF和SYF兩個(gè)階段卵泡發(fā)育差異的通路,比如細(xì)胞增殖、細(xì)胞分化、營養(yǎng)的傳輸、能量的供給、氨基酸代謝和脂質(zhì)代謝等通路,而可以推斷出其中的類固醇合成、細(xì)胞增殖和細(xì)胞分化過程在SWF卵泡發(fā)育階段扮演著重要的角色。5.本研究成功獲得鵝AKR1D1基因的CDS區(qū)序列981bp,編碼326個(gè)氨基酸。鵝與雞、火雞AKR1D1基因的氨基酸相似性均高于90%;鵝AKR1D1蛋白主要定位于細(xì)胞質(zhì)和線粒體,不屬于分泌蛋白,存在18個(gè)潛在磷酸化位點(diǎn)和3個(gè)糖基化位點(diǎn),蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)呈彎曲螺旋狀：qRT-PCR結(jié)果顯示鵝AKR1D1在2-4mm卵泡顆粒層和膜層表達(dá)最高,在F5膜層和F1顆粒層中表達(dá)最低。
【關(guān)鍵詞】：鵝 等級(jí)前卵泡 SWF SYF 差異富集 AKR1D1
【學(xué)位授予單位】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S835
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-8
• 主要符號(hào)說明8-11
• 前言11
• 1. 文獻(xiàn)綜述11-20
• 1.1 禽類卵泡發(fā)育的動(dòng)態(tài)模式11-15
• 1.1.1 原始卵泡庫的建立11
• 1.1.2 卵泡的募集11-13
• 1.1.3 優(yōu)勢(shì)卵泡的選擇13-15
• 1.1.4 排卵15
• 1.2 禽類卵泡發(fā)育特點(diǎn)及等級(jí)劃分15-17
• 1.2.1 禽類卵泡發(fā)育特點(diǎn)15-16
• 1.2.2 禽類等級(jí)前卵泡發(fā)育特點(diǎn)16
• 1.2.3 禽類卵泡的等級(jí)劃分16-17
• 1.3 AKR1D1在卵泡發(fā)育過程中的作用17-20
• 1.3.1 AKR1D1的發(fā)現(xiàn)、結(jié)構(gòu)、分布及功能17-18
• 1.3.2 AKR1D1通過類固醇激素對(duì)卵泡發(fā)育的作用18-20
• 1.4 研究的目的與意義20
• 2. 材料與方法20-30
• 2.1 試驗(yàn)材料20-22
• 2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物20
• 2.1.2 器材、試劑及相關(guān)軟件20-22
• 2.2 試驗(yàn)方法22-30
• 2.2.1 樣品的制備22-24
• 2.2.2 數(shù)字基因表達(dá)譜的構(gòu)建24-26
• 2.2.3 DGE差異表達(dá)基因的驗(yàn)證26-29
• 2.2.4 數(shù)據(jù)分析29
• 2.2.5 AKR1D1基因CDS的擴(kuò)增29
• 2.2.6 AKR1D1編碼區(qū)序列拼接29-30
• 2.2.7 AKR1D1編碼區(qū)序列生物信息學(xué)分析30
• 2.2.8 AKR1D1在各個(gè)階段卵泡顆粒層、膜層的熒光定量分析30
• 3. 結(jié)果與分析30-50
• 3.1 SWF和SYF之間的基因表達(dá)差異富集30-41
• 3.1.1 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估30-34
• 3.1.2 SWF與SYF之間的差異表達(dá)基因34-37
• 3.1.3 SWF與SYF之間的差異表達(dá)基因的GO和KEGG富集37-41
• 3.1.4 差異表達(dá)基因驗(yàn)證41
• 3.2 鵝AKR1D1基因生物信息學(xué)及在各級(jí)卵泡中的表達(dá)41-50
• 3.2.1 鵝AKR1D1基因編碼區(qū)cDNA的克隆41-44
• 3.2.2 鵝AKR1D1基因CDS區(qū)相似區(qū)和系統(tǒng)發(fā)育樹分析44-45
• 3.2.3 AKR1D1蛋白結(jié)構(gòu)分析45-49
• 3.2.4 AKR1D1在鵝卵泡發(fā)育中的顆粒層和膜層的表達(dá)49-50
• 4. 討論50-54
• 4.1 鵝等級(jí)前卵泡發(fā)育中的基因表達(dá)差異富集分析50-52
• 4.1.1 兩個(gè)階段鵝等級(jí)前卵泡的功能差異基因50
• 4.1.2 兩個(gè)階段卵泡差異基因參與的分子過程50-51
• 4.1.3 基于差異表達(dá)基因的主要信號(hào)通路51
• 4.1.4 兩個(gè)階段卵泡差異基因富集分析的不足和后續(xù)改進(jìn)51-52
• 4.2 鵝AKR1D1基因生物信息學(xué)及在各級(jí)卵泡中表達(dá)分析52-54
• 4.2.1 AKR1D1編碼區(qū)序列生物學(xué)分析52-53
• 4.2.2 AKR1D1在各個(gè)階段卵泡膜層、顆粒層的定量分析53-54
• 5 結(jié)論54-55
• 參考文獻(xiàn)55-61
• 致謝61-62
• 攻讀學(xué)位期間參與的科研項(xiàng)目和發(fā)表的學(xué)術(shù)論文62

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