本文關(guān)鍵詞：文蛤HDAC1基因克隆、時(shí)空表達(dá)及生長(zhǎng)相關(guān)SNP位點(diǎn)篩查

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【摘要】：為探索HDAC1基因在文蛤生長(zhǎng)發(fā)育中的作用,研究通過(guò)已構(gòu)建的文蛤轉(zhuǎn)錄組文庫(kù),利用SMART RACE技術(shù)擴(kuò)增得到文蛤HDAC1(Mm-HDAC1)基因的c DNA全長(zhǎng)序列,分析了其生物信息學(xué)、組織及發(fā)育階段表達(dá)特征,并用直接測(cè)序法在外顯子中篩查生長(zhǎng)相關(guān)的SNP位點(diǎn)。結(jié)果顯示,Mm-HDAC1基因的c DNA全長(zhǎng)3065 bp,開(kāi)放閱讀框1599 bp,編碼532個(gè)氨基酸;氨基酸序列比對(duì)發(fā)現(xiàn),文蛤與其他物種同源性為74.3%—78.7%。熒光定量PCR(q RT-PCR)結(jié)果表明,Mm-HDAC1基因在文蛤6個(gè)組織中均有表達(dá),其中外套膜中的表達(dá)量相對(duì)最高,并與其他組織間有極顯著差異(P0.01);不同發(fā)育時(shí)期的表達(dá)差異結(jié)果表明,MmHDAC1基因在殼頂幼蟲(chóng)期表達(dá)量最高,顯著高于其他發(fā)育時(shí)期(P0.05)。SNP位點(diǎn)篩查結(jié)果表明,在MmHDAC1基因的外顯子區(qū)域發(fā)現(xiàn)了19個(gè)SNP位點(diǎn),其中有3個(gè)SNP位點(diǎn)(627AT、924TC和1266TC)與文蛤生長(zhǎng)相關(guān)。
【作者單位】： 浙江萬(wàn)里學(xué)院浙江省水產(chǎn)種質(zhì)資源高效利用技術(shù)研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 文蛤 組蛋白去乙�；� cDNA 熒光定量 SNP
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31372527) 國(guó)家現(xiàn)代貝類(lèi)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系項(xiàng)目(CARS-48) 浙江省重大科技專(zhuān)項(xiàng)(2012C12907-4) 國(guó)家水產(chǎn)種質(zhì)資源平臺(tái)項(xiàng)目(2015DKA30470)資助~~
【分類(lèi)號(hào)】：S917.4
【正文快照】： 組蛋白去乙酰化酶1(Histone deacetylase 1,HDAC1)是HDACs家族中的重要一員,在卵母細(xì)胞成熟、胚胎發(fā)育、神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)生、骨骼分化、心臟發(fā)育、表皮分化、干細(xì)胞分化等過(guò)程中都發(fā)揮重要作用[1]。HDAC1是發(fā)現(xiàn)的第一個(gè)哺乳動(dòng)物組蛋白脫乙酰化酶,推測(cè)其可能是基因轉(zhuǎn)錄的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因

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1 張洪偉;青蝦ITS1序列SNP位點(diǎn)的篩選及其在雜交遺傳分析中的應(yīng)用[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年

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本文編號(hào)：531466