牛角是一個(gè)重要的形態(tài)特征,對(duì)野生狀態(tài)下個(gè)體的生存競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)具有重要的影響。然而,無(wú)角表型的自然突變體早在8000年前就已在歐洲和非洲黃牛群體中觀(guān)察到,且早期研究已證實(shí)該性狀以顯性方式遺傳。四川擁有豐富的地方黃牛資源,但歷史上全部為有角表型。近幾十年中,四川先后引入荷斯坦牛和西門(mén)塔爾牛凍精雜交改良本地黃牛,該過(guò)程也將決定無(wú)角表型的等位基因?qū)氲搅嗽摶虺刂?現(xiàn)已觀(guān)察到了一定比例的無(wú)角牛。目前已有至少三個(gè)獨(dú)立的遺傳標(biāo)記被證實(shí)與黃牛無(wú)角表型間存在完全的相關(guān)性,即該三個(gè)遺傳標(biāo)記中任何一個(gè)發(fā)生突變均會(huì)導(dǎo)致無(wú)角表型。為了驗(yàn)證四川黃牛群體中的無(wú)角表型相關(guān)遺傳標(biāo)記,進(jìn)而為分子標(biāo)記輔助選擇提供理論基礎(chǔ),我們開(kāi)展了以下研究:(1)黃牛無(wú)角表型候選遺傳標(biāo)記篩選。以蜀宣花牛為試驗(yàn)材料,收集48頭無(wú)角牛和16頭有角牛的耳組織樣本,保證個(gè)體間無(wú)親緣關(guān)系。針對(duì)3個(gè)與無(wú)角表型完全相關(guān)的遺傳標(biāo)記(P202ID、P80kbID、P219ID)和4個(gè)不完全相關(guān)的遺傳標(biāo)記(P5ID、PG1855898A、PC1768587A、PG1654405A),設(shè)計(jì)PCR引物擴(kuò)增目標(biāo)片段,采用毛細(xì)管電泳法、Sanger測(cè)序和瓊脂糖電泳方法進(jìn)...

【文章頁(yè)數(shù)】：55 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 黃牛無(wú)角表型的出現(xiàn)歷史與培育利用
    1.2 牛角的組織發(fā)育過(guò)程
    1.3 黃牛無(wú)角表型功能基因及遺傳標(biāo)記的研究進(jìn)展
        1.3.1 參與角發(fā)育的相關(guān)功能基因
        1.3.2 決定黃牛無(wú)角表型的遺傳位點(diǎn)
        1.3.3 與黃牛無(wú)角表型相關(guān)的遺傳標(biāo)記
    1.4 基于多遺傳標(biāo)記預(yù)測(cè)個(gè)體表型的決策模型
        1.4.1 機(jī)器學(xué)習(xí)與決策模型
        1.4.2 決策模型分類(lèi)
    1.5 本研究的目的與意義
2 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 無(wú)角和有角表型個(gè)體收集
        2.1.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)
    2.2 實(shí)驗(yàn)器材
    2.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.4 分析軟件
    2.5 實(shí)驗(yàn)試劑及配制
    2.6 實(shí)驗(yàn)方法
        2.6.1 黃牛無(wú)角表型候選遺傳標(biāo)記的基因型檢測(cè)
        2.6.2 黃牛母系組成分析
        2.6.3 轉(zhuǎn)錄組分析
    2.7 基于決策樹(shù)的機(jī)器學(xué)習(xí)模型建立
        2.7.1 建模工具
        2.7.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.7.3 模型構(gòu)建
        2.7.4 模型評(píng)估
3 結(jié)果與分析
    3.1 黃牛無(wú)角表型候選遺傳標(biāo)記檢測(cè)結(jié)果
        3.1.1 基因分型
        3.1.2 位點(diǎn)間連鎖不均衡分析
        3.1.3 母系起源分析
    3.2 牛角表型預(yù)測(cè)
        3.2.1 突變位點(diǎn)與角性狀的關(guān)聯(lián)分析
        3.2.2 機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)角表型
    3.3 無(wú)角性狀區(qū)域的基因篩選
        3.3.1 基因富集化分析
        3.3.2 基因共表達(dá)分析
        3.3.3 基因同源性分析
4 討論
    4.1 四川黃牛群體中的無(wú)角表型相關(guān)遺傳標(biāo)記
    4.2 建立決策模型預(yù)測(cè)個(gè)體的角表型
    4.3 黃牛無(wú)角表型相關(guān)候選功能基因分析
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡(jiǎn)歷



本文編號(hào)：4033773