目的探討荔枝核干預(yù)結(jié)腸腺癌(COAD)進(jìn)展和轉(zhuǎn)移的黃酮類(lèi)成分和作用靶點(diǎn)。方法通過(guò)DRAR-CPI和SWISS數(shù)據(jù)庫(kù)檢索荔枝核中19個(gè)黃酮類(lèi)化合物的潛在作用靶點(diǎn)。從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載COAD基因表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床特征數(shù)據(jù),采用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)法建立COAD的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)和識(shí)別共表達(dá)模塊,以共表達(dá)模塊和潛在作用靶點(diǎn)中共同靶點(diǎn)作為化合物干預(yù)COAD的作用靶點(diǎn)。通過(guò)String數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析、KEGG和GO分析。通過(guò)cytoHubba插件提取Hub基因作為COAD潛在生物標(biāo)志物,通過(guò)Cytoscape建立成分、靶點(diǎn)、通路的互作網(wǎng)絡(luò)。HPA數(shù)據(jù)庫(kù)驗(yàn)證潛在生物標(biāo)志物的表達(dá),通過(guò)分子對(duì)接技術(shù)虛擬篩選與潛在生物標(biāo)志物作用的化合物。結(jié)果經(jīng)WGCNA分析得到18個(gè)共表達(dá)模塊,其中7個(gè)模塊與生存時(shí)間、腫瘤分期等臨床特征相關(guān),turquoise模塊與COAD進(jìn)展轉(zhuǎn)移相關(guān)。荔枝核中19個(gè)黃酮類(lèi)化合物作用于380個(gè)潛在作用靶點(diǎn),選擇與turquoise模塊重復(fù)的34個(gè)靶點(diǎn)作為作用靶點(diǎn),GO分析結(jié)果顯示作用靶點(diǎn)富在304個(gè)GO條目,其中生物過(guò)程229條、細(xì)胞組成31條、分子功能44條;...

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圖1荔枝核黃酮類(lèi)化合物的“靶點(diǎn)-通路-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖

為進(jìn)一步研究荔枝核中黃酮類(lèi)化合物治療CRC的作用制劑，本研究從TCGA中下載并最終篩選出38例癌旁組織、367例COAD組織的基因表達(dá)原始數(shù)據(jù)。如圖2所示，共得到5392個(gè)差異表達(dá)基因，其中上調(diào)2815個(gè)（右側(cè)）、下調(diào)2577個(gè)（左側(cè)）。圖2COAD差異表達(dá)基因火山圖

圖2COAD差異表達(dá)基因火山圖

圖1荔枝核黃酮類(lèi)化合物的“靶點(diǎn)-通路-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖2.3基因模塊選擇和化合物作用靶點(diǎn)的確定

圖3COAD樣本聚類(lèi)結(jié)果及對(duì)應(yīng)的樣本臨床信息

根據(jù)基因差異表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床特征數(shù)據(jù)使用R語(yǔ)言中WGCNA包繪制樣本樹(shù)狀圖，如圖3所示。選擇性別、生存狀態(tài)、生存時(shí)間、年齡、TNM分期、N分期（淋巴轉(zhuǎn)移情況）、T分期共7個(gè)臨床特征進(jìn)行相關(guān)性分析。為符合無(wú)尺度網(wǎng)絡(luò)，設(shè)軟閾值β=5，通過(guò)層次聚類(lèi)和基于最小模塊至少30個(gè)基因的動(dòng)態(tài)分支切....

圖4COAD差異表達(dá)基因聚類(lèi)樹(shù)狀圖

圖3COAD樣本聚類(lèi)結(jié)果及對(duì)應(yīng)的樣本臨床信息圖5基因模塊與臨床表征相關(guān)性熱圖

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